Vanhoutte's onderzoek richt zich op de mise-en-scène van wetenschap en kennis in de negentiende eeuw. Hij hanteert een media-archeologische benadering om vergeten of uitgestorven technologieën en de bijbehorende dromen te herontdekken die tot op heden de publieke perceptie en culturele narratieven beïnvloeden. Vanhoutte leidt een grootschalig interdisciplinair Excellence of Science (EOS-FWO/FNRS)-project, waarin de rol van de magische lantaarn als massamedium wordt onderzocht. Hij coördineert tevens een masterprogramma in Theater- en Filmstudies.