Stijn bestudeert de ecologie en evolutie van melkzuurbacteriën door middel van vergelijkende studies van hun genoomsequenties. Hij ontwikkelt software om nieuwe types van inzichten te kunnen opdoen uit zulke datasets, of om ze op grotere schaal te kunnen verwerken. Hij past deze en bestaande bio-informatische tools toe om te bestuderen hoe verschillende species van melkzuurbacteriën aan elkaar verwant zijn, hoe ze zich aanpasten aan verschillende levensstijlen (bv. vrij-levend vs gastheer-aangepast) en hoe ze interageren met hun virussen en andere mobiele genetische elementen.