LC MS van Melphalan adducten en gerelateerde (bio-)moleculen
Vloeistofchromatografie (LC) en massaspectrometrie (MS) zijn de dag van vandaag niet meer weg te denken uit een modern laboratorium. Een combinatie van beide technieken (LC-MS) geeft onderzoekers een uiterst krachtige analytische techniek die toelaat om verbindingen te scheiden, identificeren en kwantificeren. Nieuwe ontwikkelingen en technologieën maken analyses nóg sneller en gevoeliger waardoor zeer complexe mengsels van uiteenlopende soorten moleculen in lage concentraties en kleine stalen bestudeerd kunnen worden.
In onze onderzoeksgroep wordt LC-MS gebruikt voor het bestuderen van nucleosiden en modificaties van deze nucleosiden. Aangezien deze moleculen de biologische bouwstenen vormen van onze genetische code, zijn modificaties hiervan uiterst belangrijk voor het begrijpen van o.a. carcinogenese.
De kans dat een nucleobase uit de DNA-streng gemodificeerd wordt, is slechts 1 op 106-108! Dergelijke gemodificeerde nucleosiden vormen dus maar een zeer kleine fractie van de totale hoeveelheid aan nucleosiden in DNA, wat een zeer gevoelige analysetechniek vereist. Bovendien bevatten stalen van biologische afkomst naast de bestudeerde verbindingen meestal ook andere componenten waardoor een scheidingsmethode noodzakelijk is.
Voor het analyseren van deze biologische stalen ontwikkelen we specifieke LC-MS(MS) methoden. In een eerste fase worden de componenten in het staal van elkaar gescheiden m.b.v. (U)HPLC. Elke chromatografische piek (elke component) wordt geanalyseerd en gedetecteerd door de massaspectrometer: de geïoniseerde moleculen worden gescheiden op basis van de verhouding massa/lading en gedetecteerd. Fragmenteren van de moleculen in een tandem MS experiment laat toe om de structuur van de nucleosiden te bestuderen.
Verschillende types van massaspectrometers laten toe zowel kwalitatieve als kwantitatieve experimenten uit te voeren. M.a.w. de samenstelling van een ongekend staal kan bepaald worden alsook de concentratie van componenten in dit staal.
Enkele toepassingen van lopend onderzoek naar gemodificeerde nucleosiden:
- Het in kaart brengen van de gevormde DNA-adducten in longmetastase weefsel. Deze verbindingen ontstaan wanneer het chemotherapeuticum melphalan covalent bindt op de DNA-streng.
- Het bepalen van de methylatiegraad van deoxycytidine in een specifiek deel van het DNA in het kader van een studie rond cardiovasculaire veroudering.
Andere aanverwante onderwerpen kunnen altijd in overleg uitgewerkt worden.