Expertise

Mijn onderzoek richt zich op de taxonomie, fylogenie en populatiegenetica van dieren, en in het bijzonder van weekdieren (Mollusca), al komen ook tal van andere diergroepen aan bod, zoals platwormen (Platyhelminthes), ringwormen (Annelida) en miljoenpoten (Diplopoda). De gebieden waar ik mijn onderzoek uitvoer omvatten België en Europa, Macaronesië (Azoren, Kanarische Eilanden, Madeira and Kaapverdische Eilanden), Thailand, Vietnam, Nepal, Cuba, en Benin. Mijn onderzoek gebeurt aan de hand van morfologische en moleculaire technieken. Mijn interesse gaat daarbij vooral uit naar soortvorming in het algemeen en naar die van hermafrodieten in het bijzonder. Ik ben ook erg geïnteresseerd in de praktische aspecten van taxonomie (bv. zoölogische nomenclatuur) en evolutionair denken. Daarom verdedig ik de rol van taxonomie als maatschappelijk essentiële discipline en ben ik actief op het vlak van de “evolutie vs creationisme” problematiek, waarover ik regelmatig seminaries geef en artikels publiceer. Daarnaast werk ik ook rond geïntroduceerde en invasieve diersoorten, met een bijzondere aandacht voor landslakken. In dat verband ben ik editor binnen het “EASIN – European Alien Species Information Network” programma en leid ik ook een soortidentificatie team dat, op aanvraag, specimens en dierlijke fragmenten identificeert (zie: A barcoding facility for organisms and tissues of policy concern http://bopco.myspecies.info/). Vanuit mijn functie in het Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen, is mijn onderzoek sterk gebonden aan natuurhistorische collecties.

Techniek

De technieken waarmee ik vetrouwd ben, omvatten: anatomische dissectie (Gastropoda), morfometrie, eiwitelektroforese, DNA extractie, PCR, DNA sequencing, DNA fragment analyse (RAPD, RFLP, SSCP, microsatellieten, …), clusteringstechnieken, fylogenetische en populatiegenestische gegevensverwerking en interpretatie, soortidentificaties en -aflijning.

Gebruikers

Brede publiek, journalisten (TV, radio, geschreven pers), beleidsmakers, forensische onderzoekers, douane, CITES-beambten, voedselagentschap, pest managers, biologen, leerkrachten, commerciële sector, burgerwetenschappers, natuurhistorische verenigingen, verzamelaars, …

Trefwoorden

Fylogenie, Taxonomie, Natuurlijke selectie, Evolutie, Populatiegenetica, Diversiteit van de soorten, Ongewervelde dieren, Exoten

De verbluffende schoonheid van levende wezens roept een onvermijdelijke vraag op: hoe wordt het gemaakt? Volgens de tweede wet van de thermodynamica neemt de entropie in een gesloten systeem altijd onomkeerbaar toe. In de wereld van de voortdurend toenemende entropie bouwt evolutie echter complexiteit uit chaos. Wat zijn de natuurwetten onder dit proces? Gelukkig zijn alle 3,7 miljard jaar aan levensontwikkeling zorgvuldig gedocumenteerd in het genoom van elk organisme. Het is eerlijk om te zeggen dat ik elke dag leer lezen. Van de vele fundamentele en nog steeds onbeantwoorde vragen over evolutie is mijn favoriet: wat drijft sympatrische speciatie? Inderdaad, hoe kan het dat sommige soorten in een belachelijk korte tijd uiteenvallen in honderden nieuwe soorten (zoals de bekende cichliden van het Malawimeer), terwijl andere soorten miljoenen jaren als één kruisende populatie blijven bestaan ​​(zoals de hypervariabele schimmel Schizofillum communae, die ondanks 20% intraspecifieke diversiteit als één soort wordt beschouwd). Dit is geen gekke vraag om te stellen: waarom wordt de aarde bewoond door miljoenen soorten in plaats van één hypervariabele schimmel, zoals Schizofillum communae? Voor sommige soortengroepen geeft geen enkele bestaande hypothese een afdoende antwoord. Ik heb mijn masterdiploma in zoölogie (Lomonosov Moscow State University, Moskou, 2009) en PhD in bio-informatica (Skoltech, Moskou, 2020) behaald in de hoop dat verworven vaardigheden kunnen helpen verborgen patronen van evolutie te vinden. In mijn PhD-project, getiteld "Positieve selectie in parallelle evolutie", heb ik de herhaalbaarheid van adaptieve evolutie op verschillende fylogenetische afstanden bestudeerd. Positieve selectie is iets waar elke evolutionair bioloog van houdt: het is een kracht die nieuwe aanpassingen creëert. Het is echter algemeen aanvaard dat genoomwijde parallelle aminozuurevolutie voornamelijk wordt bepaald door genomische beperkingen en epistatische interacties, niet door positieve selectie. Bij het analyseren van een grote set van genomische datasets van Vertebrata en Invertebrata ontdekte ik een opvallend overschot aan genoomwijde parallelle evolutie van aminozuren (laten we het OGBPAE noemen) in een van de groepen - Lake Baikal Amphipoda. Het is een uniek geval, dat alleen kan worden verklaard door positieve selectie, die in veel regio's genoomwijd werkt. Maar wat voor soort aanpassing zou dit patroon kunnen veroorzaken en waarom is het aanwezig in bijna alle 350 Lake Baikal Amphipoda-soorten? Om een ​​antwoord te vinden, sloot ik me aan bij Svardal Lab aan de Universiteit van Antwerpen. Blijkbaar behoort de Lake Baikal Amphipoda-soortengroep tot een groep van de grootste soortengroepen ter wereld, die het meest lijkt op de legendarische Lake Malawi Cichlid-soortengroep. In Svardal Lab vonden we bewijs dat het eerder ontdekte OGBPAE-patroon een gevolg zou kunnen zijn van oude hybridisatie, die explosieve speciatie van de groep heeft gefaciliteerd door broodnodige genetische variatie te bieden. Om deze hypothese te testen, ben ik in september 2022 een project gestart met de naam "Does hybridization facilitate explosive speciation of Lake Baikal amphipods?", gefinancierd door een MSCA postdoctorale beurs. Naast het Lake Baikal Amphipoda-project ben ik betrokken bij de studie van de speciatie van cichliden in het Malawimeer, een belangrijk project van Svardal Lab. In samenwerking met de Universiteit van Cambridge hebben we vijf grote chromosoominversies gevonden, die betrokken zijn bij de vormgeving van de speciatie van cichliden in Malawi en de vorming van nieuwe systemen voor geslachtsbepaling in jonge groepen soorten. Voor dit project heb ik selectiekenmerken onderzocht, die de fixatie van de inversies ondersteunden. Ik heb bewijs gevonden dat genetisch materiaal, verantwoordelijk voor zicht en gedrag, verband houdt met inversies.

Techniek

Mijn professionele basisvaardigheden liggen op het gebied van computationele biologie en bioinformatica. Ik gebruik programmeertalen (R, Perl, Python) en diverse bioinformatica-software. Verder, heb ik ook ervaring in moleculaire laboratoriumtechnieken en in zoölogisch veldwerk.

Gebruikers

Deze expertise wordt vooral gebruikt in de fundamentele wetenschap, met name door specialisten in evolutionaire genomica en soortvorming. Het kan ook van beperkt gebruik zijn door de conservatiebiologie.

Trefwoorden

Speciatie, Evolutionaire genomica, Bio-informatica

Mijn voornaamste expertise is evolutionaire genoomanalyse van whole-genome sequencing data en RAD sequencing data. Ik heb ervaring in populatie-genomics analyse en metabarcoding studies. De huidige focus van mijn werk is de rol van hybridisatie en genetische uitwisseling in diversificatie en adaptatie. In het bijzonder onderzoek ik hoe hybridisatie adaptieve radiaties van vissoorten beïnvloedt.

Techniek

Mijn belangrijkste professionele vaardigheden liggen in de computationele biologie en bioinformatica. Ik gebruik programmeertalen (R, Python) en verschillende bioinformatica software voor sequencing read kwaliteitscontrole en uitlijning, variant detectie, kwaliteit filtering, en verschillende analyses. Ik heb uitgebreide ervaring in moleculaire laboratoriumtechnieken en in zoölogisch veldwerk, voornamelijk in tropische gebieden.

Gebruikers

Deze deskundigheid wordt vooral gebruikt in de fundamentele wetenschap, met name door specialisten op het gebied van evolutionaire genomica en soortvorming. Zij is ook van nut voor beleidsmakers en wetenschappers in het kader van de conservatie biologie.

Trefwoorden

Speciatie, Bio-informatica, Evolutionaire genomica

Ik ben een postdoctoraal onderzoeker aan het Svardal lab, Universiteit van Antwerpen (België). Mijn onderzoeksinteresse gaat uit naar populatiegenetica, en het raakvlak tussen genetica en ecologie. Om deze vragen te beantwoorden heb ik gewerkt aan een scala van organismen, waaronder hagedissen, vissen en kikkers en heb ik DNA geëxtraheerd uit zowel oude, formaline gefixeerde als verse weefselmonsters. Ik heb verschillende methodologische technieken gebruikt zoals lineaire morfometrie, geometrische morfometrie en omgevingsvariabelen om morfologische informatie te verkrijgen. Mijn huidige postdoc tracht de genomische link te onderzoeken van een functionele significante eigenschap, osteoderm, met een hagedis als modelorganisme. Hiertoe zal een referentiegenoom worden geconstrueerd en zal de differentiële genexpressie van verschillende weefsels worden onderzocht.

Techniek

DNA-extracties en amplificatie, RNA-extracties en library preparaten, Hi-C-extracties en library preparaten, fylogenetische analyses

Gebruikers

Biologen

Trefwoorden

Erfelijk, Genotype-fenotype correlatie, Chromatine configuratie, Populatiegenetica

Ik ben een evolutionair ecoloog die geïnteresseerd is in hoe dieren reageren op veranderingen in hun omgeving door middel van levensgeschiedenisbeslissingen om maladaptatie te verminderen en populatie persistentie te vergemakkelijken.

Techniek

Veldwerk (vogelringen, nestkastmonitoring), laboratoriumwerk (barcodering, metabarcoding), basisruimtelijke analyse voor milieugegevens, Bayesiaanse statistiek, kwantitatieve genetica.

Gebruikers

Langlopende populatiestudies die verschillende vogelsoorten met uiteenlopende levensgeschiedenissen bestrijken.

Trefwoorden

Fenologie, Aanpassing/adaptatie, Opwarming van de aarde

• De diversiteit en prevalentie van de Bartonella-bacterie en het Monkeypox-virus bij verschillende soorten knaagdieren en spitsmuizen in het regenwoud van Yangambi (DRC). • Het Ebola-virus op het grensvlak tussen mens en dier om het risico op epidemische uitbraken bij dieren en mensen te evalueren. • De historische introductie en oorsprong van invasieve Nijltilapia en hun Monogenea parasieten in Afrika ten zuiden van de Sahara • Verborgen collecties: het blootleggen van de diversiteit en evolutionaire geschiedenis van virussen uit gearchiveerde specimens

Techniek

Dierlijke biologie, Systematiek en taxonomie van dieren, Biogeografie en fylogeografie, Ecologische en evolutionaire genetica, Bio-informatica en computationele biologie, Evolutiebiologie, Genetica, Dierlijke genetica, Infectieziekten, Analyse van next-generation sequencing data, Computationele evolutionaire biologie, Comparatieve genomica en populatiegenomica, Virologie

Gebruikers

Organisaties of bedrijven met activiteiten in volksgezondheid, natuurbehoud, epidemiologie, parasitologie

Trefwoorden

Virologie, Epidemiologie, Biologie, Parasitologie

- Morfologische en moleculaire identificatie van kleine zoogdieren (vnl. knaagdieren), mollusken en insecten. - Advies m.b.t. het beheer van door knaagdieren veroorzaakte problemen in landbouw en volksgezondheid, met een bijzondere expertise in Afrika.

Techniek

- Eiwitelektroforese, PCR-technieken (random amplified polymorphic DNA, Single Strand Conformation Polymorphisms, etc.), DNA-sequencing - Geavanceerde statistische technieken - Uitrusting voor veldonderzoek van knaagdieren

Gebruikers

- Overheden - Organisaties of firma's met activiteiten in pestbestrijding in de land- en tuinbouw, natuurbescherming, voedselcontrole, controle op de internationale handel van beschermde diersoorten (bv. CITES), forensisch dierenonderzoek, epidemiologie, ontwikkelingssamenwerking - Farmaceutische industrie (specifiek voor de statistische gegevensverwerking)

Trefwoorden

Biostatistiek, Natuurbehoud, Ziekte ecologie, Detectie van dieren, Ongediertebestrijding

Het fundamentele deel van mijn onderzoek is erop gericht te begrijpen onder welke omstandigheden de overdracht van pathogenen meer of minder efficiënt is in populaties van wilde dieren. Voor de meeste zoönotische pathogenen blijft deze informatie grotendeels onbekend door de afwezigheid van relevante veldgegevens om deze theorieën te testen. Voor dit doel richt ik me op knaagdiergemeenschappen omdat deze zoogdieren in grote aantallen verzameld kunnen worden, gemakkelijk gemanipuleerd kunnen worden in experimenten en een groot aantal zoönotische reservoirs vertegenwoordigen in vergelijking met andere zoogdieren. Het onderzoek omvat veldexperimenten, laboratoriumwerk (serologie, PCR, Sanger of metagenomische MinION-sequencing) en het ontwikkelen van statistische modellen om hypotheses te testen. Ik voer dit werk voornamelijk uit in samenwerking met de Sokoine University of Agriculture in Tanzania. Het toegepaste deel van mijn onderzoek richt zich op de bestrijding van door knaagdieren en vectoren overgedragen ziekten. In die context heb ik onderzocht hoe het Lassavirus kan worden bestreden in knaagdierpopulaties in Guinee en hoe effectief langwerkende insectennetten zijn voor de bestrijding van malaria in Burundi en DRC. Ik onderzocht ook de verspreiding van het Monkeypox- en Chikungunya-virus in de DRC en SARS-COV-2 in België. Momenteel coördineer ik een internationaal project waarin we onderzoeken hoe antropogene veranderingen de biodiversiteit en de opkomst van infectieziekten in Afrika beïnvloeden. Voor dit project werk ik voornamelijk samen met de Universiteit van Kisangani in DRC.

Techniek

wiskundige modellering modellering van ecologische niches veldwerk in Afrika laboratoriumwerk (PCR, serologie, sequentiebepaling van pathogenen)

Gebruikers

Governement

Trefwoorden

Infecties

- Evaluatie van landschapsconnectiviteit. - Onderzoek naar leefbaarheid van natuurlijke populaties en genetische analyse van (natuurlijke) populaties

Techniek

- Populatie- en landschapsmodellering - Neutrale genetische merkers (DNA, allozymen) - Statistische data-analyse

Gebruikers

- Overheden - NGOs en studiebureaus betrokken bij ruimtelijke planning, natuurbeheer, soortbescherming

Trefwoorden

Infectie-ecologie, Kwantitatieve genetica, Landschapsmodel, Gedragsecologie, Populatiedynamiek

Analyse van de sequencinggegevens van het hele genoom.

Techniek

Sequencing kwaliteitscontrole en -uitlijning. Variantendetectie (enkel nucleotide, SNP, en inbrengen/verwijdering, INDEL, polymorfisme. Kwaliteitsfiltering. Opzetten van geautomatiseerde analysepijpleidingen

Gebruikers

Onderzoekers, overheidsinstanties en bedrijven die genoomsequentiegegevens gebruiken voor alle soorten toepassingen, bijvoorbeeld fundamenteel en toegepast biologisch en medisch onderzoek, met inbegrip van instandhoudingsbiologie, enz.

Trefwoorden

Evolutionaire genetica, Genomica, Genetische adaptatie, Moleculaire genomica, Computationele biologie, Populatiegenetica, Genenstroom

Mijn onderzoek richt zich op evolutionaire psychologie, met name de studie van menselijk gedrag in een evolutionaire context. Dit onderzoek wordt gebaseerd op 3D vorm analyses, enquêtes en genetische data.

Techniek

Geometrische morfometrie, multivariate statistische analysetechnieken, associatiestudies van het genoom.

Gebruikers

onderzoekers actief in in onderzoeksdomein.

Trefwoorden

Ontwikkelingsinstabiliteit, Partnerkeuze, Fluctuerende asymmetrie, Mannelijkheid, Aantrekkelijkheid