Projecten

Abstract

Een belangrijk doel in de evolutionaire biologie is het bepalen van de genetische basis van het ontstaan van soorten. Het karakteriseren van die genetische loci die verantwoordelijk zijn voor reproductieve isolatie tussen soorten-in-wording staat hierin centraal. Grootschalige genomische data sets voor paren van divergerende populaties zijn een potentiële schat van informatie omtrent de genetische architectuur van reproductieve isolatie (i.e. het aantal betrokken genen, hun effecten op fitness, en hun organisatie in het genoom). Het efficiënt extraheren van deze informatie blijft echter een grote uitdaging in de hedendaagse evolutionaire genetica. Daarenboven ontbreken we momenteel een degelijk begrip over hoeveel informatie dergelijke data sets nu juist kunnen verschaffen over het soortvormingsproces. In dit onderzoeksproject stel ik voor om nieuwe statistische inferentiemethoden, gestoeld op recente ontwikkelingen in de theoretische populatiegenetica, te ontwikkelen voor de bepaling van de genetische architectuur van reproductieve isolatie aan de hand van genomische data sets, en om deze methoden te gebruiken om de limieten van dergelijke statistische bepaling te karakteriseren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: Zwaenepoel Arthur

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Hybridisatie tussen wilde soorten en hun gedomesticeerde tegenhanger vormt een grote bedreiging voor de wilde populatie. Het kan leiden tot de introductie van schadelijke allelen die vanwege artificiële selectie prevalent zijn in gedomesticeerde soorten en zelfs tot genetische overspoeling van het wilde genotype, wat resulteert in een de facto extinctie van de wilde soort. Daarentegen kan hybridisatie ook resulteren in de introductie van adaptieve allelen die voordelen bieden aan de wilde soort. Contact tussen de twee soorten kan ook leiden tot een uitwisseling van virussen, wat ernstige gevolgen kan hebben in een niet-natuurlijke gastheer. De Europese wilde kat (Felis silvestris) leeft in nauw contact met en is onderhevig aan hybridisatie en mogelijke virusuitwisseling met zijn gedomesticeerde tegenhanger (Felis catus). Het is van cruciaal belang voor het behoud van de soort om de patronen en drijfveren van introgressie en de rol die virussen hierin spelen te begrijpen. Om dit te onderzoeken zal ik whole-genome sequencing data van wilde katten gebruiken en statistische genomische algoritmen toepassen om regio's van adaptieve introgressie en zuiverende selectie te identificeren. Verder zal ik virale genomen van wilde katten karakteriseren en fylodynamica gebruiken om te testen op virusuitwisseling tussen de twee soorten. Om deze doelen te bereiken zal ik een samenwerking opstellen tussen laboratoria aan de UAntwerpen en de ULiège die specialiseren in dit type analysen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Co-promotor: Gryseels Sophie
• Mandaathouder: Meeus Michaël

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Fenotypische plasticiteit wordt beschouwd als het belangrijkste mechanisme waardoor organismen zich kunnen aanpassen aan klimaatwijziging op een relatief korte tijdschaal. Nochtans is er weinig kennis over de bornnen varn variatie in individuele plasticiteit noch over de implicaties hiervan. Dit project onderzoekt intrinsieke en extrinsieke bronnen van variatie in plasticiteit in de timing van het broedseizoen, een van de best onderzochte modelsystemen voor fenologische veranderingen in relatie tot klimaatwijziging. De eerste drie hoofdstukken van het doctoraat gebruiken diverse lange-termijn datasets van vogelpopulaties om te onderzoeken hoe plasticiteit wordt beïnvloed door directe omgevingsinvloeden (populatiedichtheid op verschillende ruimtelijke schalen), de omgeving waarin het dier is grootgebracht (grootte van het broedsel, data afkomstig van een uitgebreid veldexperiment) en aangeboren individuele kenmerken (persoonlijkheid). In het vierde hoofdstuk wordt een recent ontwikkelde methodologie gebruikt om na te gaan hoe de werkelijke timing van het broeden (met inbegrip van plasticiteit) overeenstemt met de optimale timing, waarbij niet enkel het aantal jongen maar ook de adulte overleving in rekening wordt gebracht. De gevraagde financiering is noodzakelijk om dit vierde hoofdstuk te kunnen realiseren. Hierdoor zal het impact van de thesis sterk verbreed worden door niet alleen bronnen van variatie in plasticiteit beter te begrijpen, maar ook de implicaties in kaart te brengen voor individuele fitness en uiteindelijk het voortbestaan van populaties.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Herstellen van ecosystemen om de dreiging van (her-)opduikende infectieziekten te stoppen: Er is steeds meer bewijs dat landschapsdegradatie gekoppeld is aan het risico op zoonotische overspringing. Grootschalig herstel wordt steeds vaker genoemd als een effectieve oplossing om te beschermen tegen verschillende door de mens veroorzaakte invloeden en wordt ook verondersteld bescherming te bieden tegen zoonotische ziekteoverspringing. Er is echter weinig bekend over de mechanismen waarmee herstel deze bescherming kan bieden. Er wordt vaak aangenomen dat herstel de processen in omgekeerde volgorde weerspiegelt die optreden tijdens degradatie; het is echter waarschijnlijk dat deze relatie feitelijk asymmetrisch is. Herstelde landschappen kunnen zelden worden teruggebracht naar een staat die vergelijkbaar is met die van ongerepte ecosystemen, en vaak moeten herstelde landschappen voldoen aan een scala van milieu- en sociaaleconomische eisen die hen inherent verhinderen dit te doen. Bovendien is de ruimtelijk-temporele schaal die nodig is voor positieve verandering contextafhankelijk, en het type herstel dat nodig is om te beschermen tegen zoonotische overspringing is momenteel onbekend. Ecosysteemherstel kan sterk variëren in type, schaal en context en kan ook veranderen hoe mensen interageren met hun omgeving, wat onverwachte gevolgen kan hebben voor zoonotische ziekteoverspringing. Gezien de complexiteit van deze interacties en hun effect op ziekten, is het van vitaal belang dat we begrijpen hoe herstel specifiek de verspreiding van wilde dieren en het opkomende risico op overspringen van ziekten kan beïnvloeden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Kirkpatrick Lucinda

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het Congobekken is niet alleen een hotspot van biodiversiteit voor verschillende plant- en diersoorten, maar ook voor infectieziekten. Verschillende zoönotische infecties circuleren van nature in de regio en springen regelmatig over wilde dieren op mensen. Veel van deze infecties worden overgedragen via geleedpotige vectoren zoals teken. Huisdieren zoals honden kunnen teken en hun infecties relatief gemakkelijk overbrengen van natuurlijke naar door mensen gedomineerde habitats. Door teken overgedragen infecties die normaal gesproken onder wilde dieren circuleren, hebben dus een belangrijk ecologisch potentieel om op te duiken in menselijke populaties. Om het risico op het opduiken van door teken overgedragen infecties te kunnen beperken, identificeren we twee grote noden in de provincie Tshopo, Democratische Republiek Congo: (1) een verhoogde capaciteit voor het uitvoeren van laboratoriumtesten voor de (vroege) detectie, identificatie en karakterisering van zoönotische infectieziekten en (2) een verhoogd bewustzijn van de risico's die teken bij huisdieren vormen voor zowel mensen als huisdieren zelf. Steve Ngoy, een expert in tekenecologie, bioveiligheidsprocedures en bemonstering van zoogdieren, wordt onze actor van verandering. Hij zal intense opleidingen volgen aan de UAntwerpen en de KU Leuven om geavanceerde moleculaire laboratoriumanalyses uit te voeren op teken die verzameld werden bij huisdieren. Daarnaast zal hij samenwerken met masterstudenten om het bewustzijn over door teken overgedragen infecties in lokale gemeenschappen te verhogen en hen te onderwijzen over veilige technieken om teken te verwijderen, terwijl hij zijn verzameling van teken van huisdieren uitbreidt. De laboratoriumvaardigheden zullen vervolgens worden overgedragen aan andere onderzoekers op CSB-UNIKIS door middel van een lokale laboratoriumtrainingsworkshop. Alles bij elkaar verwachten we dat dit project zal bijdragen aan de paraatheid voor epidemieën en pandemieën in Tshopo, DRC.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gryseels Sophie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De algemene doelstelling van dit project is om bij te dragen tot een open onderzoeksecosysteem voor lange-termijn ecologische datasets. Meer specifiek zal het project instrumenten ontwikkelen als koppeling tussen het open-data platform voor lange-termijn onderzoek van vogelpopulaties "SPI-Birds" (https://spibirds.org/en) en andere relevante ruimtelijke en temporele datasets met informatie over landgebruik, vegetatie en klimaat. De metadata en ontwikkelde scripts worden toegevoegd aan het open platform waardoor onderzoekers grootschalige ecologische koppelingen kunnen onderzoeken die data vereisen op een ruime geografische schaal. Bij wijze van pilootstudie en demonstratie zal dit project hypothesen testen over de rol van boskarakteristieken en landgebruik (waaronder urbanizatie) als modulerende factoren van de synchronie tussen fenologie bij vogels (tijdstip van broeden) en klimaatvariatie. Het project zal samenwerken met het nieuwe FAIRBIRDS project (ERA-net) dat zich toelegt op de ontwikkeling van een open data en open software platform.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De belangrijkste aanvrager, Biobest Group N.V., is wereldwijd leider in biologische bestuiving en biologische bestrijding in beschermde gewassen. Een belangrijke pijler binnen Biobest is de gratis technische service die wordt aangeboden wanneer een teler producten koopt. Een technisch adviseur van Biobest zal de teler wekelijks of tweewekelijks bezoeken om de IPM-strategie te bespreken en te optimaliseren. Door de jaarlijkse groei van 15 tot 20% staat Biobest voor vele uitdagingen op het gebied van werving, training en logistiek. Een nauwkeurig, betrouwbaar en vertrouwenswaardig advies begint met een goede monitoring van plagen en nuttige insecten in tijd en ruimte. Helaas brengt monitoring kosten met zich mee, wat vaak een obstakel is voor veel telers. Daarom zoekt Biobest de markt af naar betaalbare alternatieven en investeert het veel middelen in nieuwe innovatieve technologie. Crop-Scanner is het monitoringsinstrument van Biobest voor gegevensinvoer. Vliegende insecten kunnen worden gevangen met gele kleefvallen. Hiervoor ontwikkelde Biobest de Crop-Scanner add-on Trap-Scanner, een algoritme dat zes verschillende plagen en nuttige insecten identificeert op smartphonefoto's. Onlangs werd dit systeem geoptimaliseerd in samenwerking met het bedrijf PATS (Nederland) naar een volledig automatisch systeem met een vaste camera (Trap-eye). In maart 2021 investeerde Biobest 7,5 miljoen euro in het Canadese bedrijf Ecoation. Dit bedrijf biedt een visueel aantrekkelijk dashboard waar telers real-time monitoringgegevens kunnen invoeren en heatmap kunnen visualiseren. Het ultieme doel van Biobest is een zelflerend voorschrijvend DSS dat automatisch IPM-advies geeft en de doeltreffendheid van de vrijgegeven nuttige insecten verhoogt. De routekaart naar dit doel begon met gedetailleerde monitoringgegevens (beschrijvende analyse), gevolgd door een op regels gebaseerd beslissingsondersteuningssysteem (DSS) (IF THEN ELSE-model). Dit project zal zich richten op de volgende stap, de voorspellende analyse. Kortom, deze stap beschrijft populatiemodellen die 1) voorspellen of een plaag onder controle is of niet op basis van het aantal nuttige insecten op de planten, of/en 2) populatiedichtheden van roofdier en prooi in de nabije toekomst voorspellen. Eenvoudige een-op-een roofdier-prooi-modellen werden al ontwikkeld in het LA-Traject PeMaTo (nr: 140948) (Moerkens et al., 2021, Brenard, 2020). Wiskundige modellen gebaseerd op differentiaalvergelijkingen zijn standaard in de populatie-ecologie (Gause et al., 1936). De wetenschappelijke nieuwigheid ligt echter in de complexe ecologische dynamiek die ontstaat wanneer meerdere plagen en roofdieren aanwezig zijn. De toegevoegde waarde van kunstmatige intelligentie binnen het vakgebied van de populatie-ecologie zal worden onderzocht.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Arbovirussen zijn afhankelijk van bloed voedende arthropoden als een vector voor de overdracht tussen vertebraten gastheren, hetzij mens of dier. Tijdens enzootische transmissie periodes overleven arbovirussen in sylvatische cycli d.m.v. vertebraten waarvan vele nog onbekend zijn. Dit project is gericht op het verkrijgen van inzicht in de ecologie en levenscyclus van deze virussen en hun vertebraten gastheren. Het onderzoek is gericht op het Afrikaans continent, aangezien meerdere zoönotische virussen hun origine terug te leiden is tot Sub-Sahara Afrika. De focus is voornamelijk op kleine wilde dieren, zoals knaagdieren en vleermuizen, met als doel het bepalen van hun bijdrage tot de aanwezigheid en verspreiding van arbovirussen. Mijn hypothese is dat deze dieren, met hun hoge dichtheid en turnover, een reservoir zijn dat de sylvatische cycli ondersteunt tijdens epizootische periodes. Deze soorten leven vaak in de nabijheid van mensen, waardoor transmissie mogelijk is. Om de hypothesen te testen, zal ik wilde dieren uit Afrika testen en genetische analyseren op arbovirus RNA. Daarnaast zal ik gastheer soorten, verspreiding bereiken en fylogeografische relaties bepalen en transmissiemodellen creëren. Onze resultaten zullen bijdragen tot een beter begrip van het voorkomen en verspreiden van arbovirussen in dieren, wat leidt tot een verbeterde voorspelling, preventie en controle van arbovirus-epidemieën in dieren en in zekere mate bij mensen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gryseels Sophie
• Mandaathouder: De Kesel Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De hoofddoelstelling van INVABIO is het versterken van het biodiversiteitsbeleid door het aanpakken van de implementatiekloof veroorzaakt door de complexiteit van het beoordelen van specifieke biodiversiteitseffecten bij vergunnings- en sanctiebesluiten. INVABIO zal een nieuw kader ontwikkelen dat zich toespitst op het kwalitatief en kwantitatief beoordelen van individuele specimens en habitats. We brengen ecologische, juridische en economische inzichten samen in een interdisciplinair INVABIO-kader met een betere beleidsuitvoering tot doel. Bijkomend zal INVABIO het tekort aan gedetailleerde informatie over de beoordeling van biodiversiteit in vergunnings- en sanctioneringsbeslissingen aanpakken via een gecoördineerde Vlaamse data-inzameling om zo een uniek beeld creëren van de praktische uitvoering van EU-biodiversiteitswetgeving. We zullen wettelijk toegestane en illegale acties evalueren via hun werkelijke biodiversiteitseffecten. Daartoe zullen vier datasets worden verzameld, verwerkt en geanalyseerd door alle partners van het project. Deze kunnen worden onderverdeeld in twee soorten, waarvan de eerste betrekking heeft op de documentanalyse van: 1. Milieuvergunningen 2. Beslissingen inzake administratieve sancties 3. Strafrechtelijke sanctiebesluiten en het tweede type (4de dataset) betreft een survey onder ambtenaren en praktijkmensen met geanonimiseerde gegevens. Deze enquête zal dus geen persoonlijke gegevens of gevoelige informatie van de deelnemers verzamelen. De deelnemers zullen op verschillende manieren worden benaderd: via oproepen in nieuwsbrieven of via beroepsorganisaties, via rechtstreekse e-mails, via oproepen op de projectwebsite en via een sneeuwbaleffect. Wij beschikken niet over een volledige lijst van alle e-mailadressen die de oproep zullen ontvangen. We houden geen IP-adressen bij. We vragen alleen informatie over geslacht, leeftijdsgroep, nationaliteit en beroep. We kunnen de deelnemers dus niet identificeren. Het INVABIO-kader samen met de huidige beoordelingsstrategieën laat toe om de dominante invalshoeken te identificeren, commentaar te geven bij de wetenschappelijke validiteit van deze strategieën en veelbelovende pistes voor verbetering te formuleren. INVABIO laat toe om prioritaire gebieden te identificeren en strategische richtlijnen te ontwikkelen voor het biodiversiteitsbeleid. Doorheen het project zullen we aandacht hebben voor de toepasbaarheid van onderzoeksresultaten voor andere EU landen. INVABIO zal een webplatform uitbouwen om inzichten en resultaten tot bij de gebruikers te brengen. Het platform zal dienen als een beslissingsondersteunend instrument voor regelgevende instanties die betrokken zijn bij de uitvoering van biodiversiteitswetgeving, door toegang te verlenen tot een unieke dataset. Bovendien zullen gebruikers een interactief instrument kunnen gebruiken dat, op basis van het INVABIO-kader, specifiek en wetenschappelijk onderbouwd advies zal geven bij de beoordeling van de ernst van biodiversiteitseffecten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Adaptieve radiaties zijn toonbeelden van evolutionaire processen, gekenmerkt door snelle diversificatie van één voorouderlijke lijn in een reeks van nauw verwante soorten. We begrijpen nog steeds niet hoe speciatie, een langzaam proces, in zulke snelle sprongen kan voorkomen. Recente genoombrede moleculaire studies suggereren dat snelle diversificatie kan worden aangewakkerd door hybridisatie. In dit project zal ik een integraal beeld verkrijgen van de effecten van hybridisatie op het ontstaan en behoud van diversiteit in een adaptieve radiatie. De regenboogvissen in het Matanomeer, Sulawesi, zijn een zeldzaam geval van adaptieve radiatie met aanwijzingen voor zowel historische als huidige hybridisatie met een voorouderlijke rivierlijn, uniek geschikt om het samenspel van hybridisatie en speciatie in situ te onderzoeken. Ik zal de eerste genoombrede karakterisering van deze radiatie uitvoeren. Met behulp van volledige genoombepaling en innovatieve statistische benaderingen zal ik evolutionaire relaties binnen de radiatie oplossen, de rol van historische en huidige hybridisatie tijdens de diversificatie aan de orde stellen, en verbanden tussen genetische uitwisseling en ecologische divergentie identificeren. Door de genomische context te bepalen voor alle soorten van de radiatie bevorder ik de regenboogvisradiatie als een nieuw modelsysteem in de evolutiebiologie en stimuleer ik de ontwikkeling van statistische benaderingen gunstig voor toekomstig evolutionair onderzoek.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: De Keyzer Els

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Epidemieën en pandemieën - waarvan de meeste worden veroorzaakt door opkomende ziekten die zoonotisch en door vectoren overgedragen zijn - bedreigen wereldwijd onze gezondheid en welzijn in een alarmerend tempo. Het voorkomen van toekomstige uitbraken van ziekten zal cruciaal zijn om het menselijk welzijn te waarborgen en vereist transformerende veranderingen. "Biodiversiteit-is-goed-voor-onze-gezondheid" is een nieuw paradigma geworden in het verminderen van het risico op ziekten. Bijgevolg is natuurrestauratie gericht op het herstel van biodiversiteit - geïsoleerd of in combinatie met volksgezondheidsinterventies - geïdentificeerd als een belangrijk instrument voor het verminderen van het risico op ziekten. Hoewel er wereldwijd duizenden lopende en geplande natuurrestauratieprojecten zijn, ontbreekt het ons aan kennis a) of dergelijke restauraties daadwerkelijk de cascade van infectie-uitscheiding-verspreiding onderbreken en het risico op ziekten verminderen, b) of ze het risico eerder versterken en c) over succesfactoren die restauraties karakteriseren die het risico op ziekten verminderen. BEPREP zal deze kennislacune vullen en praktische begeleiding bieden. In ruimtelijk en temporeel gerepliceerde veldstudies en experimenten in casestudies in Europa en de tropen zullen we a)-c) bestuderen en de causale mechanismen van infectiedynamiek en van de drijvende krachten langs de cascade van infectie-uitscheiding-verspreiding blootleggen. De participatieve en sectorsoverschrijdende aanpak van BEPREP door actieve betrokkenheid van inheemse en lokale gemeenschappen zal het identificeren van succesfactoren van best practice restauraties en interventies mogelijk maken, inclusief op de natuur gebaseerde oplossingen, om toekomstige maatregelen voor het herstel van biodiversiteit te begeleiden die gezonde ecosystemen bevorderen. Deze succesfactoren zullen bijdragen aan a) het onderbreken van de cascade van infectie-uitscheiding-verspreiding en b) uiteindelijk het voorkomen van ziekte-uitbraken. De resultaten van BEPREP helpen bij het creëren van een Europese samenleving die voorbereid is op en reageert op ziekterisico's. BEPREP zal dus de ecologische overgang versnellen die nodig is om aan de Biodiversiteitsstrategie voor 2030 van de EU te voldoen als een kernonderdeel van de Europese Green Deal en een groen herstel na de COVID-19-pandemie ondersteunen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Kirkpatrick Lucinda

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het verlies van biodiversiteit in hotspots van biodiversiteit is, naast andere sociaal-ecologische factoren, cruciaal om toekomstige pandemieën te begrijpen, te voorkomen en erop te reageren. Ondanks deze kennis benadrukt de huidige COVID-19-crisis de beperkingen van de implementatie van One Health-aanpakken. Een belangrijke beperking is het gebrek aan context-aangepaste oplossingen die belanghebbenden gemakkelijk op het veld kunnen implementeren. Om dit te overwinnen, zal BCOMING voortbouwen op eerdere internationale projecten om innovaties te co-creëren met alle belanghebbenden van biodiversiteitshotspots om het risico van het ontstaan van infectieziekten te verminderen door middel van biodiversiteitsbehoud en strategieën voor ziektesurveillance. De activiteiten van het project zullen worden uitgevoerd in Europa en drie tropische biodiversiteitshotspots in Zuidoost-Azië, West-Afrika en het Caribisch gebied en zullen de volgende verwachte impact hebben: BCOMING zal leiden tot een beter begrip van de mechanismen die ten grondslag liggen aan de impact van biodiversiteit op het risico van het ontstaan van infectieziekten. Participatieve tools die worden ontwikkeld, zullen het ontwerpen van context-aangepaste strategieën voor biodiversiteitsbehoud en herstel vergemakkelijken die het risico op zoönotisch overdracht verminderen. De ontwikkelde surveillancemethoden en tools voor het detecteren van pathogenen zullen de capaciteit verbeteren om opkomende ziekten te detecteren en toekomstige epidemieën te stoppen voordat ze kunnen uitgroeien tot pandemieën. Het consortium vormt een sterke multi-actorgroep van partners met een geschiedenis van succesvolle samenwerking, waaronder academici uit biomedische, milieu- en sociale wetenschappen, particuliere bedrijven, NGO's, lokale en internationale belanghebbenden die de brede waaier van disciplines en expertise samenbrengen die nodig is om alle verwachte resultaten van de oproep te bereiken. De integratie van BCOMING in het Prezode-initiatief zal helpen om de innovaties van het project op te schalen en geavanceerde sociaaleconomische milieu strategieën te verspreiden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Sluydts Vincent

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De afgelopen eeuw heeft ongekende veranderingen in natuurlijke biotopen gezien als gevolg van menselijke activiteiten, mogelijk zelfs meer in Afrika dan elders. Dit heeft invloed gehad op de verspreiding en dynamiek van infectieziekten, met name zoönotische infecties, overgedragen van dieren in het wild op mensen. Bovendien hebben veranderingen in de menselijke demografie, landbouw en andere menselijke activiteiten in het milieu, inclusief gezondheidszorginterventies, ook de ziektedynamiek veranderd. Het begrijpen van de relatieve bijdrage van deze factoren kan helpen bij het voorspellen van de effecten van toekomstige milieuveranderingen op de verspreiding van ziekten. Dit FED-tWIN profiel zal museumcollecties en historische archieven gebruiken om retrospectief de impact van milieu- en antropogene veranderingen op vector- en ziektedynamiek te bestuderen. Ondanks hun enorme potentieel wordt dit 'ongeëxploreerd erfgoed' grotendeels onderbenut in epidemiologisch onderzoek. Hier zullen we longitudinale reeksen vectorcollecties en ziektevervoerders van het RMCA combineren, en in een later stadium ook andere instituten, met historische archieven zoals medische dossiers, luchtfoto's en wetenschappelijke publicaties. Door een multidisciplinaire aanpak te hanteren, waarbij ecologie, geografie, modellering en semi-kwantitatieve methoden worden gecombineerd, zullen we de veranderingen in de aanwezigheid, diversiteit en verspreiding van pathogenen, vectoren en dierlijke reservoirs documenteren en deze relateren aan veranderingen in 1) menselijke demografie, 2) klimaat, en 3) landbedekking en landgebruik op de verspreiding van door vectoren overgedragen en zoönotische ziekten. Door sociaalecologische studies en historische verslagen van inspanningen voor ziektebestrijding op te nemen, kunnen we lessen trekken om het huidige gezondheidsbeleid te verbeteren ('historische epidemiologie'). RECORDED heeft een perspectief van 10 jaar, maar als startpunt zullen we ons richten op drie door vectoren overgedragen ziekten die sterk worden beïnvloed door milieu- en antropogene verandering en die binnen de expertise en/of historische documentatie van beide instituten vallen: schistosomiasis, slaapziekte en builenpest. De initiële geografische focus ligt op Kisangani (DR Congo), in het hart van het Congolese regenwoud, vanwege de rijkdom aan historische archieven en collecties die bestaan in onze musea vanwege onze koloniale geschiedenis, maar ook omdat het een snelgroeiend economisch centrum is, verbonden met Kinshasa via de Congo-rivier. Door toenemende globalisering zullen veranderende ziektedynamiek in Kisangani daarom ook worden gekoppeld aan andere gebieden in de wereld.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Mariën Joachim

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Eco-evolutionaire dynamieken zijn de sleutel tot adaptaties en biologische diversificatie in heterogene omgevingen. Deze eco-vo interacties sturen ook de drie processen van verspreiding (vertrek, transfer en vestiging), en daarmee de organisatie van biodiversiteit in de ruimte. Een kwalitatieve en kwantitatieve theorie ontbreekt echter tot op heden. Dit onderzoeksnetwerk zal onderzoeks-gemeenschappen op het gebied van eco-evolutionaire dynamieken en verspreidingsecologie verenigen. Het onderzoeksnetwerk zal de integratie van deze velden bevorderen, niet alleen door het stimuleren van mobiliteit, maar ook door de verdere ontwikkeling van samenwerkingsexperimenten en synthese-acties. Meer in het bijzonder zal het netwerk relevant activiteiten organiseren, waaronder de organisatie van symposia, workshops, gestimuleerd door postdoctorale mobiliteit tussen de Vlaamse en Internationale partners.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Vele belangrijke zoönotische virussen bij de mens, zoals Ebola, Zika en de HIV-precursoren, zijn afkomstig van Afrotropische zoogdieren uit het Congobekken. Deze regio herbergt ook een van de grootste zoogdierdiversiteit ter wereld, waarvan duizenden specimens bewaard worden in de museumcollecties van KBIN, KMMA en CSB-UNIKIS. Uit hetzelfde Congobekken bewaart de KU Leuven duizenden gearchiveerde pathologische specimens van menselijke origine. Dit zijn niet alleen collecties van zoogdierweefsels en menselijke biopsies: ook het genomisch materiaal van de virussen die deze gastheren bij zich droegen is veilig opgeslagen in deze weefselcollecties. De belangrijkste doelstelling van dit project is het inschatten van het epidemiologisch potentieel van zoönotische virussen uit de Afrotropen. We zullen dit nagaan door de evolutiegeschiedenis van virussen te reconstrueren in relatie tot hun gastheren in het wild en bij de mens en door te testen of bepaalde taxonomische of ecologische groepen van zoogdieren een hogere diversiteit aan virussen herbergen, en/of virussen met een hoger potentieel om verschillende soorten te infecteren. Dit project verenigt een consortium van expert virologen, fylogenetici, museumcuratoren en taxonomen. Wij geloven dat dit inter-disciplinair project zal leiden tot baanbrekende nieuwe inzichten in de relatie tussen gastheerkenmerken en de relatieve waarschijnlijkheid voor verschillende virussen om op te duiken in nieuwe gastheersoorten - zoals de mens.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gryseels Sophie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Pokken of variola, was door zijn unieke combinatie van een hoge besmettelijkheid en sterftegraad (30%), één van de meest dodelijkste ziekten ooit. De ziekte werd gelukkig na wereldwijde vaccinatie in 1980 definitief uitgeroeid verklaard werd. Vandaag de dag steken echter nog steeds nauw verwante virussen de kop op. Meest zorgwekkend is het apenpokkenvirus. Dit virus circuleert voornamelijk in wilde dieren in het regenwoud van Centraal Afrika, maar infecteert er ook regelmatig bewoners die in en rond het woud wonen en kan zich soms ook van mens tot mens verspreiden. Zorgwekkend is dat het aantal humane infecties de laatste jaren sterk lijkt toe te nemen. Helaas, zijn goede studies over apenpokkenvirus schaars en is het niet goed geweten hoe het zich juist verspreid. Dit komt omdat de ziekte voornamelijk voorkomt in afgelegen gebieden met een slecht functionerend gezondheidszorgsysteem. In dit project bestuderen we de mechanismen achter de verspreiding van het appenpokkenvirus in de Democratische Republiek van Congo. Hiervoor hanteren we een multidisciplinaire aanpak die de verschillende aspecten van appenpokkenvirus transmissie onder de loep neemt, dit zowel in dieren, patiënten als in de algemene populatie. Het betreft daarom een uniek project waarbij humane studies en dierstudies geintegreerd worden om een totaalbeeld van apenpokkenvirus verspreiding te schetsen. De resultaten van dit project zullen cruciaal zijn voor de preventie en controle van dit opkomend virus.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Een cruciale factor om het voortbestaan of uitbreiding van infecties in natuurlijke systemen (en mogelijke spill-over naar mensen) te voorspellen, is de capaciteit van zogenaamde reservoir gastheren om de infectie te onderhouden en door te geven aan anderen. Naast verschillen tussen soorten is er ook belangrijke variatie tussen indivdiduen binnen soorten en ook variatie in de tijd, maar deze bronnen van variatie zijn minder onderzocht. Hier focusen we op variatie in besmettelijkheid in een natuurlijke populatie waarbij we gebruik maken van een vogel-teek-Borrelia modelsysteem. Koolmezen zijn een van de belangrijkste reservoir gastheren voor Borrelia garinii, een van de belangrijkste veroorzakers van de ziekte van Lyme. We onderzoeken hoe individuele koolmezen verschillen in hun capaciteit om de bacterie door te geven aan nieuwe teken, hoe dit varieert doorheen de jaarcyclus, en of episodes met stress leiden tot een reactivering van de besmettelijkheid. We doen dit in een goed onderzochte populatie waar we dezelfde vogels herhaald kunnen testen en dit kunnen koppelen aan leeftijd, geslacht, conditie en andere factoren. Een beperkt aantal vogels zal jaarrond in gevangenschap worden opgevolgd, en blootgesteld aan een beperkte mate van ecologisch relevante stress zoals variatie in voedselkwaliteit of nestgrootte. Het uiteindelijk doel is om het belang van deze individuele en temporele variatie na te gaan voor het basis reproductiegetal R0.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dieren hebben drie strategieën ontwikkeld om infecties te voorkomen en te overleven: i) vermijden van de ontmoeting met infectieuze agentia ("vermijden"), ii) beperken van de proliferatie van parasieten ("resistentie"), iii) beperken van de schade die door de infectie wordt veroorzaakt ("tolerantie"). Deze strategieën brengen echter kosten met zich mee voor de gastheer, wat resulteert in een afweging tussen verdedigingsmechanismen en fitnesskenmerken (bv. groei, voortplanting). Deze afweging kan verschillen naargelang o.a. het type parasiet, de infectiekans, levensgeschiedenis van de gastheer, leeftijd en persoonlijkheid. In de ecologie van infecties kunnen persoonlijkheidskenmerken zoals "boldness" en "exploration" in verband gebracht worden met de kans op besmetting in vele gastheer-parasiet systemen. Het is echter nog niet duidelijk of persoonlijkheid ook van belang is voor de heterogeniteit in verdedigingsstrategieën onder individuen. Ik zal deze kennisleemte aanpakken met de veeltepelmuis Mastomys natalensis en twee van diens parasieten (Morogoro virus en een nematode Trichuris mastomysi) als modelsysteem. Daarbij zal ik 1) de respons van muizen tegen een macro- en micro-parasiet infectie experimenteel testen, 2) de correlatie bepalen tussen resistentie, tolerantie en vermijding, 3) het verband onderzoeken tussen deze drie verdedigingsstrategieën en gastheerlijkheid en 4) informatie uit laboratoriumexperimenten integreren met waarnemingen in vrijlevende populaties.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Piscitelli Anna Pia

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Kunstmatig nachtelijk licht wordt steeds vaker erkend als een ernstige bedreiging voor de nachtelijke biodiversiteit. Vuurvliegen en glimwormen zijn kwetsbaar voor interferentie door kunstlicht gezien hun op licht gebaseerde seksueel communicatiesysteem. Uit recente studies blijkt dat nachtelijk licht een negatief effect heeft op de voortplanting van de grote glimworm (Lampyris noctiluca), wat mogelijkheid biedt voor selectie op eigenschappen om met lichtpollutie om te gaan. Deze soort is hiervoor een geschikt model door zijn relatief algemeen voorkomen en gemak om ze te vangen, en het eenvoudig op licht gebaseerd communicatiesysteem waarbij immobiele lichtgevende vrouwtjes mannetjes aantrekken. Ik zal de effecten van lichtpollutie bestuderen door de respons te meten van mannetjes op verschillende kleuren van kunstmatig licht via gedragsexperimenten en elektrofysiologische metingen. Ik zal onderzoeken of glimwormpopulaties evolueren om met licht als selectiedruk om te gaan, door glimwormpopulaties uit licht vervuilde en donkere streken te vergelijken zowel bij wildvang als in common-garden gekweekte dieren. Ik zal zowel gedragsmatige responsen als visuele sensitiviteit meten als relevante kandidaat eigenschappen m.b.t. lichtadaptatie. Ik zal evalueren of verschillen tussen populaties het resultaat zijn van fenotypische plasticiteit of genetische aanpassingen. Tenslotte zal ik nagaan of deze effecten van licht zouden kunnen gegeneraliseerd worden naar verwante soorten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: Van den Broeck Mira

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De expressie van osteodermen (benige elementen ingebed in de huid van vertebraten) kan verschillende functies dienen, waaronder bescherming tegen fysieke schade door predatoren en seksuele rivalen, en het helpen regelen van de warmte- en waterhuishouding. Gordelstaarthagedissen, een subfamilie endemisch voor Zuid Afrika, vertonen opvallende verschillen in dit adaptieve kenmerk. Bij één soort van deze groep, Hemicordylus capensis, treedt zelfs intrecifieke variatie op. Er is evenwel weinig geweten over de evolutionaire basis van deze variatie. Dit project zal de genomische basis van variatie in osteoderm expressie in deze soort blootleggen, en dit via een integratieve benadering die genomische en transcriptomische methoden combineert met fenotypische gegevens. Hiervoor zal genetische materiaal verzameld worden op het terrein, zodat ik een referentie genoom kan opstellen voor deze soort, en genomische data kan produceren voor populaties die verschillen in omgeving. Ik zal deze gegevens combineren met fenotypische data en zo het verband leggen tussen genomische differentiatie en fenotypische variatie. Daarnaast zal ik transcriptomische gegevens verzamelen en analyseren en aldus toetsen voor associaties tussen differentiële genexpressie en variatie in osteoderm expressie. Uiteindelijk zal dit project een licht werpen op de evolutionaire basis van een ecologisch belangrijk functioneel kenmerk.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Co-promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Van Damme Raoul
• Mandaathouder: Leitão Henrique

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

RNA virussen hebben een grote impact op de menselijke gezondheid en de samenleving. Met name virussen die voorheen onbekend waren en die plots bij mensen opduiken vanuit een dierlijke bron, kunnen catastrofale gevolgen hebben voor de menselijke populatie. Virologen zijn zich er terdege van bewust dat het grootste deel van de virusdiversiteit die niet-menselijke dieren infecteert voor ons onbekend is, maar de omvang van de discrepantie tussen onze veronderstelde kennis over RNA-virusdiversiteit en wat er nog moet worden ontdekt, is recentelijk pijnlijk duidelijk geworden door de karakterisering van verwanten van bekende zoogdier- en menselijke virussen - zoals influenza, filovirussen, coronavirussen - in zeer verschillende vertebraten-groepen zoals reptielen en vissen. In dit doctoraatsproject, stel ik voor dat een doctoraatsstudent RNA-virussen zoekt in sequentiedatasets - zowel diegene die openbaar beschikbaar zijn als die we zelf genereren uit onze uitgebreide verzamelingen van vertebraten stalen. Om deze zoektocht efficiënt uit te voeren, zullen we gebruik maken van recente vorderingen in sequentietechnologieën om protocollen te optimaliseren voor objectieve detectie van diverse leden van belangrijke virusfamilies zoals Arenaviridae, Coronaviridae, Hantaviridae, Paramyxoviridae en Retroviridae, in gearchiveerde dierenspecimens. We willen aantonen dat (potentieel divergente) verwanten van bekende leden van deze veel voorkomende virusfamilies ook vertebraten fylogroepen infecteren die gewoonlijk worden verwaarloosd bij virussurveillance. Met behulp van de nieuwe genomische diversiteitsgegevens van vertebraten-virussen, willen we ons begrip van de evolutionaire geschiedenis van belangrijke virusfamilies bijwerken en de 'prisoner of war'-hypothese testen, namelijk dat virusevolutie over lange evolutionaire tijdschalen wordt gestuurd door adaptatie aan de gastheer, hetgeen uiteindelijk zou leiden tot beperking van de snelheid van virale evolutie door de snelheid van evolutie van hun gastheren. Ik verwacht dat uit dit doctoraatsproject vier manuscripten met een hoge impact komen, en dat het ons begrip van de drijvende krachten achter evolutionaire divergentie en adaptaties van RNA-virussen aanzienlijk zal verbeteren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gryseels Sophie
• Mandaathouder: Dharmadhikari Tanmay

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De vissende kat is een middelgrote wilde kat die voorkomt in Zuid- en Zuidoost-Azië. Wereldwijd wordt hij als 'kwetsbaar' beschouwd en nationaal als 'bedreigd' op de rode lijst van de IUCN. Ondanks hun bedreigde status is er beperkte informatie beschikbaar over vissende katten in het wild. In Nepal komen ze voor in de Terai-regio (zuidelijke laagvlakten) met afzonderlijke populaties in Koshi Tappu Wildlife Reserve, Parsa, Chitwan, Bardia en Shuklaphanta National Parks. Buiten de beschermde gebieden is de vissende kat waargenomen bij het Jagdishpur-reservoir (een Ramsar-site). Maar de verbinding tussen deze populaties is niet goed begrepen. Om het informatiegebrek aan te vullen, is dit project ontworpen om de verspreiding, status, ecologie en populatieverbindingen van vissende katten te bestuderen, evenals hun relatie met lokale gemeenschappen in Nepal. Ik zal de populatiedichtheid en overvloed van vissende katten in de beschermde gebieden van Nepal beoordelen met behulp van de methode van fototrappen voor vangst-herhaling. Ik zal niet-invasieve genetische monsters verzamelen uit hun uitwerpselen op verschillende locaties die de vissende katsubpopulaties van Nepal vertegenwoordigen. Ik zal de hypothese testen dat vissende katpopulaties in verschillende beschermde gebieden genetisch verschillend zijn door het ontbreken van verbindingshabitatcorridors. Met behulp van uitwerpselmonsters zal ik ook de voeding van vissende katten analyseren. Ik zal ook 6-10 individuele vissende katten uitrusten met een radiohalsband om de leefgebieden en het landschapsgebruikspatroon in natuurlijke habitats en in de buurt van viskwekerijen te beoordelen. Ik zal een semi-gestructureerde enquête houden onder lokale gemeenschappen om hun perceptie van vissende katconservatie en bedreigingen te begrijpen. De studie zal bijdragen aan de conservatie van de vissende kat door essentiële informatie te verstrekken over hun ecologie en het identificeren van prioritaire acties voor hun langetermijnoverleving in Nepal.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit netwerk brengen wij wetenschappers samen die verschillende aspecten bestuderen van de evolutie en ecologie van virussen die voorkomen bij (Afrikaanse) wilde dieren. Onder deze virussen bevinden zich zoönosen: infecties die van nature circuleren bij dieren en af en toe mensen infecteren. Sommige van deze zoönotische infecties worden niet efficiënt overgedragen tussen mensen, zodat hun voorkomen bij de mens vooral afhangt van de aanwezigheid en het contact tussen de natuurlijke dierlijke gastheren en de mensen en de pathologische reactie van de mens. Dit soort infecties wordt doorgaans bestudeerd door ecologen, immunologen en pathologen. Andere zoönotische infecties bereiken de mens niet zo vaak en lopen meestal dood bij de mens, maar sommige kunnen zich efficiënt verspreiden zodra zij bij de mens opduiken, zoals het nieuwe coronavirus SARS-CoV-2. Dergelijke ziekteverwekkers zijn ofwel reeds toevallig "vooraangepast" aan de menselijke gastheer, ofwel kunnen zij snel de nodige eigenschappen ontwikkelen om zich onder mensen te verspreiden. Epidemiologen en evolutiebiologen bestuderen dan ook meestal deze laatste groep infecties. Om passende volksgezondheidsmaatregelen voor te bereiden, is een beter inzicht nodig in de wijze waarop deze virussen zich in een natuurlijke omgeving gedragen. De sleutel hiervoor ligt in de patronen van hun evolutionaire geschiedenis, hun natuurlijke transmissie-ecologie en de variatie in reactie die door de verschillende gastheren wordt uitgelokt. Bovendien kunnen veel infecties niet strikt in een van de twee bovengenoemde typen worden ingedeeld, maar bereiken zij de mens en veroorzaken zij ziekte als gevolg van een complexe wisselwerking tussen de ecologie van de natuurlijke gastheer, de adaptieve evolutie van de ziekteverwekker, de epidemiologie en de immunologische en pathologische reactie bij de mens. Onderzoek naar dit soort infecties kan dus sterk profiteren van een synergie tussen verschillende disciplines: dierlijk veldwerk, moleculaire biologie, genomica, bio-informatica, ecologische en epidemiologische modellering, computationele fylogenetica en immunologie. Vlaanderen telt onderzoeksgroepen van wereldklasse in dit onderzoeksdomein en we willen ervoor zorgen dat deze kenniscapaciteit behouden blijft en verder uitgebouwd wordt. Om dit te bereiken moeten we onderzoeksideeën, expertise-specifieke wetenschappelijke inzichten, dierstalen, en vaardigheden en instrumenten voor veld-, laboratorium- en analytisch werk uitwisselen; en we moeten onze beginnende onderzoekers opleiden met de nodige sets van state-of-the-art vaardigheden. Wij willen een wetenschappelijk onderzoeksnetwerk formaliseren over de ecologie en evolutie van wilde dieren en zoönotische virussen tussen onderzoeksgroepen met complementaire expertise maar overlappende onderzoeksinteresses. Het uiteindelijke doel is om de kwaliteit van het onderzoek in Vlaanderen te behouden en verder te verhogen en partnerschappen te ontwikkelen voor gezamenlijke interdisciplinaire projecten en in het algemeen het stimuleren van netwerkvorming voor beginnende onderzoekers in de ecologie en evolutie van infectieziekten. We zullen deze netwerking realiseren door de organisatie van jaarlijkse zomerworkshops. Deze workshops op gevorderd niveau zullen in de eerste plaats gericht zijn op postdoctorale onderzoekers uit de partnergroepen, en zullen blootstelling bieden aan verschillende onderzoeksinvalshoeken om gelijkaardige ultieme vragen in zoönotische infectie-evolutie-ecologie te begrijpen. Verdere inspiratie zal worden geboden door senior netwerkpartners en additionele uitgenodigde internationale topwetenschappers. De workshops zullen ook hands-on mogelijkheden bieden om verschillende vaardigheden en toolsets te leren. Deze kunnen dan verder worden uitgewerkt door uitwisselingsbezoeken aan de internationale partners voor training in state-of-the-art analysetechnieken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Inzicht in hoe de biodiversiteit evolueert is een bepalende vraag in de evolutiebiologie en een belangrijk instrument voor natuurbehoud en -herstel in deze tijden van klimaatverandering. Recent werk, waaronder het onze, suggereert dat nieuwe combinaties van oude genetische varianten een drijvende kracht zijn in een snelle adaptieve diversificatie. Theoretische biologie voorspelt dat inversies - chromosomale herschikkingen waarbij een segment van een chromosoom van begin tot eind wordt omgekeerd - een beslissende rol spelen in dit proces, bijvoorbeeld door aangepaste allelen aan elkaar te koppelen. Er zijn sterke aanwijzingen voor de rol van inversies in de adaptatie van natuurlijke soorten, maar het ontbreekt ons aan een kwantitatieve inschatting van de rol van inversies in de diversificatie van een grote groep verwante soorten. We zullen deze leemte opvullen door het voorkomen, de evolutie en de rol van inversies binnen de Lake Malawi cichliden, die een buitengewone waaier aan adaptaties vertonen, te karakteriseren. Hiervoor zullen we innovatieve moleculaire en computationele benaderingen combineren met een unieke set van hybriden tussen soorten die tot twee miljoen jaar geleden divergeerden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het gebied van de noordelijke Oost-Afrikaanse riftmeren - Kivu, Edward en Albert (KEA) - is een van de meest interessante regio's op gebied van biogeografie. De regio ligt op de kruising van drie grote ichthyo-geografische provincies ('Nilo-Sudan', 'East Coast' en 'Congo') en kende een turbulente tektonische geschiedenis. Ze fungeerde waarschijnlijk als een soortenreservoir tijdens recente klimaatveranderingen, zoals de grote droogte zo'n 15.000 jaar geleden, die resulteerde in een (bijna) volledige uitdroging van het Victoriameer. Recent hebben we de taxonomie van verschillende cichliden- en niet-cichlidengroepen bestudeerd en enkele checklists opgesteld voor delen van de KEA-regio en aangrenzende gebieden in het Congobekken. Het is duidelijk geworden dat de gekende biogeografische puzzel moet worden herzien. Aangezien een sterke taxonomische basis cruciaal is om biogeografische patronen te onderzoeken, willen we enkele sleutelgroepen (cichliden en niet-cichliden) herzien op basis van een gecombineerde morfologische en genetische benadering. We stellen voor om de klassieke morfometrische taxonomie te combineren met moderne genomische methoden om zo tot een optimale karakterisatie van deze weinig bestudeerde regionale visfauna te komen. Dit werk zal belangrijke inzichten verschaffen in de bio-geografische geschiedenis van de regio, zijn rol als toevluchtsoord voor soorten evalueren, en zijn eerder voorgestelde rol testen als de oorsprong van de ongeveer 600 soorten van de haplochomine cichlidenzwerm van het Victoriameer (Verheyen et al., 2003 ). Onze onderzoekshypothese is dat een 'out-of- Kivu' oorsprong voor cichliden en niet-cichliden, en de rol van toevluchtsoord van de KEA-meren in grote mate de ichthyo-diversiteit van de regio heeft gevormd. Hoewel goed bestudeerd in gematigde streken, wordt de rol van toevluchtsoorden in tropische zoetwatervissen grotendeels over het hoofd gezien, wat deze studie uitdagend en innovatief maakt. (1) We zullen een regio-brede COI-scan uitvoeren van alle visgroepen in de streek, behalve van de haplochromine cichliden (zie hieronder). Deze benadering zal waar nodig aangevuld worden met nucleaire merkers. We zullen dan de gevonden taxonomische problemen oplossen om de noodzakelijke solide basis te creëren om evolutionaire en biogeografische scenario's te formuleren. Eén geslacht is al aangeduid voor een morfometrische revisie: de kleine cypriniden van het geslacht Enteromius. (2) Vanwege de niet-informatieve aard van de resultaten van standaard sequentietechnieken, zoals 'COI-barcoding', in haplochrominen, zullen we ons concentreren op volledige genoomsequentiebepaling voor deze groep. We zullen ons vooral concentreren op het Albertmeer en rivierhabitats, omdat de fauna van Lake Edward al deel uitmaakt van een lopend FWO-doctoraatsprogramma (Nathan Vranken). We zullen stalen aan dit project toevoegen om het studieterrein uit te breiden van het Edwardmeer naar de KEA-regio. Hiervoor moeten de stalen correct worden geïdentificeerd. Het belangrijkste obstakel hier is het gebrek aan kennis van de haplochrominen van het Albertmeer. Daarom is een morfometrische revisie van deze groep gepland. (3) We zullen volledige genoomsequentiebepalingen doen voor geselecteerde niet-haplochrominen om de evolutionaire en ichthyo-geografische scenario's in detail te vervolledigen. Deze omvatten het soortenrijke cypriniden-geslacht Enteromius, de wijdverspreide cichlide, Oreochromis niloticus en de meervalensoorten Clarias liocephalus en Clarias gariepinus. Voor deze laatste suggereerde een recente publicatie de mogelijke rol van de Grote Meren, en in het bijzonder het Kivumeer, als het centrum van diversificatie van waaruit de soort zich over Afrika verspreidde. Als dit ook zou gelden voor Oreochromis niloticus, zou het Kivumeer de bakermat zijn van twee van de belangrijkste tropische vissoorten in aquacultuur.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

OMEgA bestudeert opkomende zoönotische ziekten bij Afrotropische zoogdieren door de ecologie van de infecties en de evolutionaire aspecten van de diversiteit van de pathogenen en hun geassocieerde natuurlijke gastheren te onderzoeken. Onze twee belangrijkste doelstellingen zijn (i) te ontrafelen hoe de fylogeografie, de evolutionaire geschiedenis en de ecologie van de gastheren inzicht kunnen geven in de diversiteit, de oorsprong en de verspreiding van deze zoönoseverwekkers; (ii) te onderscheiden welke ecologische mechanismen en milieuveranderingen (klimaat, landschap, verlies aan biodiversiteit, ...) de spill-over van de gastheren kunnen vergemakkelijken of de gastheerspecificiteit in stand kunnen houden, zelfs als er geen sterke moleculaire barrière is. Om deze vragen te beantwoorden, zullen we gebruik maken van Next-generation sequencing (NGS) methodes om specimens en weefsels uit museumcollecties en vers verzameld materiaal te screenen op de aanwezigheid van pathogenen, om de taxonomie van de gastheer, de fylogenetische en ecologische relaties tussen gastheersoorten en de verspreidingsgebieden van de genetisch gescheiden gastheerpopulaties te verifiëren. De resulterende informatie over de taxonomie van de gastheer, de biologie, de transmissie-ecologie van betrouwbaar geïdentificeerde pathogenen, afgeleid uit hun aanwezigheid, diversiteit, gastheerspecificiteit en evolutie, zal ons toelaten om de belangrijkste doelstellingen van de profielen te beantwoorden. Deze bevindingen zullen niet alleen onze fundamentele kennis over parasieten/pathogenendiversiteit vergroten, maar ook belangrijke gezondheidsaspecten aan de orde stellen, aangezien ze een nieuw licht zullen werpen op de omstandigheden die ertoe leiden dat zoönoseverwekkers van de mens in het wild van gastheer wisselen. Onze resultaten zullen bijdragen tot een beter begrip van de relatieve bijdragen van antropogene mondiale veranderingen (klimaatverandering, erosie van tropische bossen, veranderende landschapspatronen en menselijke activiteitspatronen) aan het ontstaan van nieuwe zoönotische ziekteverwekkers, waarvan sommige potentiële wereldwijde gezondheidsrisico's met zich meebrengen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Gryseels Sophie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het ontstaan van biodiversiteit door evolutie is een bepalende vraag in de evolutiebiologie en van groot belang voor het behoud in het licht van de wereldwijde verandering van de biodiversiteit. Een groot deel van de evolutie van de biodiversiteit op aarde werd gestuurd door adaptieve radiaties - uitbarstingen van snelle soortvorming op relatief korte evolutionaire tijdschalen. Huidige adaptieve radiaties stellen ons in staat het snelle ontstaan van biodiversiteit in real time te bestuderen. De Malili-meren in centraal Sulawesi, Indonesië, ook wel Wallace's Dream Ponds genoemd, zijn een hotspot van diversiteit, waar meerdere adaptieve radiaties voorkomen, en een hoge graad van endemisme in verschillende groepen, zoals slakken, garnalen, krabben en vissen. Een van deze adaptieve radiaties, de sailfin silversides (genus Telmatherina) hebben zich in de meren gediversifieerd en ongeveer 20 soorten en morfotypes voortgebracht met veel verschillende fenotypische en ecologische aanpassingen. Hoewel deze sailfin silversides ecologisch en morfologisch goed gekarakteriseerd zijn, zijn hun genomen nog niet onderzocht en zijn hun evolutionaire relaties nog grotendeels onopgelost. In het afgelopen jaar heb ik bij het analyseren van gegevens over genoomsequenties ontdekt dat drie van de soorten sailfin silversides een hybride zwerm vormen, wat betekent dat zij voortdurend hybridiseren, terwijl zij toch verschillende soorten blijven. Mijn eigen analyse tijdens het eerste jaar van mijn postdoctoraal onderzoek heeft aangetoond dat deze drie soorten op genomisch niveau moeilijker te onderscheiden zijn dan eerder werd verwacht. Daarom vraag ik nu financiering om 60 extra stalen (20 van elk van deze drie soorten) te sequeneren, om de genomische differentiatiegebieden tussen de drie soorten te identificeren. In dit project zal ik een gedetailleerde genomische karakterisering uitvoeren van de verschillen en overeenkomsten tussen de zuivere (niet gehybridiseerde) vormen van deze drie soorten. Met behulp van volledige genoomsequenties van 20 individuen van elk van de drie soorten, zal ik de genomische landschappen van divergentie tussen soortenparen van zuivere (niet gehybridiseerde) individuen construeren, door het berekenen van divergentiestatistieken zoals dxy en FST, over korte regio's van het genoom. Dit zal me in staat stellen om regio's te identificeren met genomische pieken van soortendivergentie (hoge waarden van FST of dxy), en "dalen" van lage divergentie (hoge gelijkenis). Deze financiering zal me specifiek in staat stellen om informatie bloot te leggen over de genomen van drie van de soorten waarop mijn postdoctoraal onderzoek gericht is. De resultaten over de genomische architectuur van en de landschappen van divergentie tussen deze drie vissoorten zullen onmisbaar zijn voor de juiste interpretatie van mijn resultaten in alle publicaties van mijn postdoc en daarna. Aangezien dit het eerste genomische onderzoek is van een enigmatische en bedreigde adaptieve radiatie in een weinig bestudeerde diversiteitshotspot en de eerste stappen worden gezet om een baanbrekende onderzoeksvraag aan te pakken, zullen de resultaten van dit project van groot wetenschappelijk belang zijn. Dit project zal mij helpen bij het opzetten van dit studiesysteem en het verwerven van vaardigheden voor genomische analyse, wat belangrijke stappen zijn voor het ontwikkelen van mijn eigen onderzoekslijn voortbouwend op mijn postdoctoraal onderzoek.

Onderzoeker(s)

• Promotor: De Keyzer Els

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoek naar de eco-epidemiologie van vleermuis-virussen wordt meestal uitgevoerd op basis van "één gastheer - één virus" - systemen. Wij stellen in dit project voor om dit soort onderzoek uit te breiden naar echte realistische natuurlijke systemen virusgemeenschappen (viromen) op het niveau van vleermuisgemeenschappen te bestuderen. We zullen gebruik maken van de nieuwste metagenomica technieken om de viromen in verschillende vleermuisgemeenschappen in Tanzania, en in vee dat met vleermuizen in aanraking komt, te karakteriseren. Zo zullen we de rol van de samenstelling van de vleermuisgemeenschappen, het verblijfshabitat, de onderlinge fylogenetische verwantschappen en de seizoenale voortplantingscycli op de abundantie en diversiteit van virussen nagaan. Door vee regelmatig te testen op virussen die normaal in vleermuizen voorkomen, kunnen we nagaan of de transmissie van vleermuis-virussen naar andere gastheren eerder zeldzame stochastische gebeurtenissen zijn of indien de frequentie van deze gebeurtenissen wordt onderschat. We verwachten dat dit project zal leiden tot de identificatie van de eco-evolutionaire drijfveren van virus-diversiteit in de natuur, en belangrijke inzichten zal leveren over het risico op overdracht van virussen van vleermuizen naar andere zoogdieren, inclusief de mens.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Joffrin Léa

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Herstellen van ecosystemen om de dreiging van (her-)opduikende infectieziekten te stoppen: Er is steeds meer bewijs dat landschapsdegradatie gekoppeld is aan het risico op zoonotische overspringing. Grootschalig herstel wordt steeds vaker genoemd als een effectieve oplossing om te beschermen tegen verschillende door de mens veroorzaakte invloeden en wordt ook verondersteld bescherming te bieden tegen zoonotische ziekteoverspringing. Er is echter weinig bekend over de mechanismen waarmee herstel deze bescherming kan bieden. Er wordt vaak aangenomen dat herstel de processen in omgekeerde volgorde weerspiegelt die optreden tijdens degradatie; het is echter waarschijnlijk dat deze relatie feitelijk asymmetrisch is. Herstelde landschappen kunnen zelden worden teruggebracht naar een staat die vergelijkbaar is met die van ongerepte ecosystemen, en vaak moeten herstelde landschappen voldoen aan een scala van milieu- en sociaaleconomische eisen die hen inherent verhinderen dit te doen. Bovendien is de ruimtelijk-temporele schaal die nodig is voor positieve verandering contextafhankelijk, en het type herstel dat nodig is om te beschermen tegen zoonotische overspringing is momenteel onbekend. Ecosysteemherstel kan sterk variëren in type, schaal en context en kan ook veranderen hoe mensen interageren met hun omgeving, wat onverwachte gevolgen kan hebben voor zoonotische ziekteoverspringing. Gezien de complexiteit van deze interacties en hun effect op ziekten, is het van vitaal belang dat we begrijpen hoe herstel specifiek de verspreiding van wilde dieren en het opkomende risico op overspringen van ziekten kan beïnvloeden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Om zoönose bij mensen te verminderen en te voorkomen, is het noodzakelijk om te begrijpen hoe ziekteverwekkers worden overgedragen in populaties van hun wildreservoir. In feite circuleren de meeste ziekteverwekkers endemisch in het wild binnen gemeenschappen van meerdere gastheersoorten die verschillen in dichtheid, gevoeligheid, besmettelijkheid en gedrag. Een van de belangrijkste vragen binnen dit one-health-perspectief is of het vergroten van de biodiversiteit zal leiden tot een afname of toename van de infectieprevalentie, respectievelijk de verdunnings- en amplificatie-effecten. In dit project zullen we deze mechanismen onderzoeken gebruik makende van virussen in knaagdiergemeenschappen met behulp van een unieke combinatie van empirische gegevens, beschikbare stalen en state-of-the-art metagenomische sequenering en mathematische modellering. Meer specifiek zullen we een op CRISPR-Cas gebaseerde gastheerdepletietechniek integreren in bestaande sequeneringsprotocollen die ons in staat zal stellen om elk doelwit (bijv. gastheergen, adapters) van elk type (DNA of RNA), in elk monster (niet cellulair versus cellulair ), en in elke soort. Dit zal de diagnostische capaciteit voor mens en dier stalen op het ITG en de UAntwerpen aanzienlijk uitbreiden en, belangrijker nog, een dieper inzicht verschaffen in de ecologie en evolutie van zoönotische virussen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Mariën Joachim

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Cryptobentische schildvissen van het geslacht Gouania zijn endemisch voor de Middellandse Zee. Het geslacht omvat momenteel vijf soorten die zich vooral op vlak van lichaamsvorm van elkaar onderscheiden, met slanke en stevige morfotypes die onafhankelijk van elkaar zijn geëvolueerd in de Adriatische Zee en het oostelijke Middellandse-Zeebekken. Dit maakt Gouania tot een ideaal model om parallelle evolutie gedreven door sterke natuurlijke selectie krachten te bestuderen op verschillende niveaus zoals genen, genomen, morfologie en ecologie. Mijn doctoraatsproject bouwt voort op veelbelovende en intrigerende bevindingen van mijn bachelor- en masterscripties. Als een belangrijke eerste stap heb ik de taxonomie van het genus Gouania vastgelegd, wat geleid heeft tot het eerste gepubliceerde hoofdstuk van mijn doctoraatsthesis, en de basis vormt voor verder diepgaand onderzoek van dit systeem. Het tweede hoofdstuk van mijn proefschrift onderzoekt de rol van uiteenlopende microhabitat keuzes bij sympatrische Adriatische soorten van Gouania en het derde belicht de fylogenetische context van de Gouania radiatie op basis van volledige genomische gegevens. Hoewel in deze voorgaande hoofdstukken cruciale ecologische en (macro)evolutionaire factoren zijn onderzocht die de diversiteit die bij Gouania is waargenomen verklaren, ontvouwt het begrijpen en vergelijken van het potentieel tot soortvorming van organismen zich het best op het niveau van de afzonderlijke populaties binnen een soort. Dit brengt mij bij de gast-groep in Antwerpen (Prof. Svardal) die zeer gespecialiseerd is in populatie-genomische analyses. Daarom wil ik voor mijn laatste doctoraats hoofdstuk, dat het belangrijkste aandachtspunt zal zijn tijdens mijn door het BOF gefinancierde verblijf in Antwerpen, de drijvende krachten achter de lokale populatiestructuur van sympatrische Gouania soorten, G. pigra en G. orientalis, op het eiland Kreta en een eiland dat dichter bij het vasteland ligt, belichten. Kreta is in deze context interessant, omdat het grenst aan twee belangrijke mariene biogeografische regio's en ingebed is in complexe oceanografische circulatiesystemen die sterke seizoensgebonden schommelingen vertonen die de populatie connectiviteit van zeedieren kunnen beïnvloeden. Gouania hebben als volwassen dieren een redelijk sedentaire levenswijze en dispersie kan alleen plaatsvinden tijdens een korte pelagische larvale fase. Daarom zouden bij de onderzochte soorten soortgelijke patronen van sterke geografische populatiestructuur te verwachten zijn. Voorlopige COI barcoding gegevens suggereren echter uiteenlopende populatie-genetische patronen binnen de twee soorten, waarbij populaties van G. orientalis uit Kreta sterker geïsoleerd lijken te zijn dan populaties van G. pigra. Door het analyseren van volledige genoom populatiegegevens van verschillende sites, tracht ik micro-evolutionaire processen in deze twee soorten te onderzoeken, zoals populatiestructur, demografische geschiedenis en recente gebeurtenissen van hybridisatie en introgressie (incl. hun mogelijke richting), om de redenen te achterhalen voor de contrasterende patronen van geografische structuur die waargenomen worden tussen de twee soorten. Mijn verblijf aan de Universiteit van Antwerpen zal van cruciaal belang zijn voor deze onderneming, omdat Prof. Svardal en zijn groep, die gelijkaardige vragen in andere systemen hebben bestudeerd, essentiële expertise zullen leveren. Daarnaast zal ik Lagrangiaanse simulaties uitvoeren om passieve migratiepatronen van larven te modelleren, wat zal helpen om de geografische structuur die in de dataset is waargenomen, te verklaren. Alles bij elkaar zullen de resultaten van dit project bijdragen tot het algemeen begrip van soortvorming en populatiedynamica van weinig verspreidende organismen in het mariene rijk, een groep die vaak verwaarloosd wordt bij het ontwerp en beheer van mariene (beschermde) gebieden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: Wagner Maximilian

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het doel van het project is het ontwikkelen van een volledig operationele en robuuste gegevensverzamelingsworkflow voor de langdurige monitoring van de invoer van exotische dieren en wild vlees in België, evenals de daarmee gepaard gaande gezondheidsrisico's. We streven ernaar om de kennis van de omvang en diversiteit van de (illegale) handel in exotische dieren en wild vlees, en de bijbehorende pathogenen, te vergroten. We stellen voor om een gecentraliseerde database op te zetten van de ingevoerde exotische dieren en afgeleide producten die in België worden geïmporteerd; om het delen van deze database mogelijk te maken tussen de verschillende federale overheidsdiensten, agentschappen en andere belanghebbenden; om geoptimaliseerde in-het-veld protocollen op te zetten voor gegevensverzameling en biologische monstername; en om workflows op te zetten voor laboratoriumpathogentests en soortenidentificatie. Op deze manier wordt een efficiënt en duurzaam werkprogramma voor monitoring van de invoer van legale en illegale exotische dieren en dierlijke producten vastgesteld. Deze strategie maakt toekomstige evaluaties mogelijk van de impact van genomen maatregelen met betrekking tot grenscontroles en sensibilisering, en biedt een op bewijs gebaseerde beoordeling van het risico van opkomende infectieziekten door deze handel. Voor dit multidisciplinaire project werken we samen met experts van verschillende wetenschappelijke instellingen: Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen en Koninklijk Museum voor Midden-Afrika (dierentaxonomie en diversiteit), Sciensano (zoönose-pathogenen), Biologieafdeling - Universiteit Antwerpen (ziekte-ecologie en weefsel-databases). We zullen verder worden geadviseerd door het Belgisch Biodiversiteitsplatform (biologische databases) en Belnet (federale database IT). Bovendien zullen we experts uitnodigen van de natuurbeschermingsorganisaties Wildlife Conservation Society, WWF en Traffic om deel uit te maken van de Follow-upcommissie. Natuurlijk zullen de relevante federale overheidsdiensten en agentschappen (douane, FAVV, FOD Volksgezondheid, ...) nauw betrokken zijn bij alle discussies.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project stellen we lokale wetenschappers in staat om de unieke biodiversiteit van het Malili Lake System, Sulawesi, te beschermen door middel van samenwerking en training in innovatieve genomische methoden om de endemische biodiversiteit en de bedreigingen ervan te beoordelen. We bouwen partnerschappen op om de lokale biodiversiteit te beoordelen (identificatie van soorten, afbakening, verspreiding, overvloed) en inzicht te krijgen in de ecologische impact van invasieve vreemde soorten. Om ervoor te zorgen dat ons partnerinstituut mee is met nieuwe ontwikkelingen in genomica-onderzoek en sequencingtechnologie, rusten we hun labo uit voor genoomsequencing en zorgen we voor een grondige opleiding door middel van samenwerking, stages en workshops. Wij bouwen aan een partnerschap met meerdere belanghebbenden tussen de betrokken onderzoeksinstellingen, NGO's, lokale gemeenschappen en lokale beleidsmakers. De in dit project gecreëerde kennis wordt beschikbaar gesteld aan lokale gemeenschappen door de ontwikkeling en verspreiding van educatief materiaal. Door de milieukennis te vergroten, vergroten we de persoonlijke en emotionele betrokkenheid van lokale actoren bij de natuur en het milieu, waardoor lokale actoren in staat worden gesteld veranderingen teweeg te brengen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De adaptieve radiatie van amfipoden in het Baikalmeer heeft meer dan 340 soorten voortgebracht (20% van de zoetwateramfipoden in de wereld), waardoor het een van de grootste soortengroepen is na de beroemde radiaties van Afrikaanse cichliden, en een van de enige grote radiaties in gematigde klimaten. Ondanks deze iconische status is de radiatie nog niet onderworpen aan gedetailleerd genomisch onderzoek. Tijdens mijn doctoraat was ik in staat om buitensporige hoeveelheden parallelle adaptatie aan te tonen tussen de transcriptomen van soorten van deze adaptieve radiatie. In dit project zal ik genomische benaderingen gebruiken om te testen of de vorige resultaten verklaard kunnen worden door hybridisatie en adaptieve introgressie. Deze processen zijn aangetoond in andere adaptieve radiaties, maar hun functionele rol in snelle diversificatie is nog steeds omstreden. Mijn voorlopige resultaten wijzen erop dat hybridisatie tussen twee onafhankelijke lijnen van Baikalische amfipoden ontstond in de periode dat de snelle soortvorming begon. Bovendien vond ik intrigerende signalen van positieve selectie op geïntroduceerde loci. Aanvullende gegevens en een in dit project ontwikkelde specifieke methodologie zullen mij in staat stellen de processen die de speciatie in deze groep bepalen te ontrafelen. Profiterend van de sterke relevante ervaring van het gastlaboratorium zal ik de beschikbare transcriptomische datasets opnieuw analyseren samen met nieuw gesequencede genomen. Ik zal nauwkeurige richtingen van hybridisatie in de fylogenetische boom in kaart brengen, functionele associaties van geïntrogresseerde loci beschrijven, selectiesignaturen geassocieerd met introgressie testen, en inschatten in welke mate herhaalbare ecomorfologische kenmerken ondersteund worden door "herbruikbare" elementen van voorouderlijke genomen. Dit onderzoek heeft een baanbrekend potentieel omdat het een directe test biedt van een mogelijke katalyserende rol van hybridisatie bij snelle soortvorming in dit systeem.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: Burskaia Valentina

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De laatste jaren is er een groeiende aandacht voor wetenschappelijk onderzoek naar zoönotische en dierlijke pathogenen; nog meer toegenomen door de huidige pandemie van het zoönotische virus SARS-CoV-2. Dankzij een aanhoudende reeks succesvolle onderzoeksprojecten gefinanciers door derden heeft onze onderzoeksgroep Evolutionaire Ecologie haar onderzoek naar zoönotische en dierlijke pathogenen aanzienlijk uitgebreid, met een groeiende groep doctoraatstudenten, postdocs en zelfs ZAP die aan deze onderwerpen werken. Tegelijkertijd wordt er steeds meer verwacht van de veilige verwerking van weefselstalen van wilde dieren in condities van ten minste bioveiligheidsniveau 2. Om deze redenen ontbreekt het ons momenteel aan voldoende infrastructuur om stalen van onze uitgebreide en groeiende collectie zoogdieren te verwerken voor de verschillende, tegelijk-lopende projecten en onder de vereiste bioveiligheidsvoorwaarden; dit belemmert de voortgang van ons onderzoek naar wilde dieren en pathogenen aanzienlijk. Daarom vragen wij een bundel van apparatuur aan die samen de veiligheid van onze werkprocedures zullen verhogen en zal zorgen voor een opschaling van de stalen van wilde dieren die wij kunnen verwerken voor de opsporing en karakterisering van pathogenen. De gevraagde bundel is bedoeld om onze huidige beschikbare infrastructuur uit te breiden, en bevat apparatuur om een onlangs gerenoveerde laboratoriumruimte verder uit te rusten, speciaal voor het verwerken van potentieel besmettelijke en/of contaminatiegevoelige stalen (een bioveiligheidskabinet, gekoelde centrifuge, thermoshaker), voor het opslaan van nieuw verzamelde stalen en RNA-extracten (een -80°C ultravriezer), en voor het uitvoeren van sequencing van het volledige genoom van pathogenen (een PCR-kabinet, een Nanodrop). De resulterende state-of-the-art laboratoriumfaciliteiten zullen een succesvolle voortzetting van de huidige meer dan 10 projecten over infectiziekten mogelijk maken en zullen een hefboomeffect hebben op de groeiende expertise van de Evolutionaire Ecologie-groep op het gebied van zoönotisch onderzoek en onderzoek naar ziekteverwekkers bij in het wild levende dieren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gryseels Sophie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Nauwkeurige en betrouwbare kennis van het dieet is van fundamenteel belang om de ecologie en de levensgeschiedenis van organismen te begrijpen. Daarom is er een overvloed aan indirecte, vaak invasieve, strategieën en methoden ontwikkeld om de voedingscomponenten van dieren te kwantificeren. De meeste van deze methoden geven echter een vertekend beeld van het dieet en hebben een beperkte nauwkeurigheid. Bovendien zijn ze arbeidsintensief en vereisen ze taxonomische expertise om prooidieren correct te identificeren. In een poging om deze beperkingen te omzeilen, zijn op DNA gebaseerde methoden, met name DNA metabarcoding, voorgesteld als een alternatief om de voedingsecologie te bestuderen. De meeste metabarcodingstudies tot op heden doen een beroep op gespecialiseerde faciliteiten die gebruik maken van short-read platforms om deze studies uit te voeren, maar de nieuwe, draagbare en goedkopere MinION van Oxford Nanopore Technologies' is het paradigma aan het veranderen. De voorgestelde studie beoogt de ontwikkeling van een tijd- en kosteneffectieve benadering voor de correcte evaluatie van de samenstelling van het dieet met behulp van de MinION.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Diedericks Genevieve

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Hoewel de meeste opkomende infectieziekten afkomstig zijn van wilde dieren, zijn de ecologische mechanismen die verklaren hoe parasieten overleven en overspringen op de mens niet goed begrepen. Dit komt omdat pathogenen bij wilde dieren meestal onopgemerkt blijven totdat ze ook mensen infecteren en omdat wilde dieren geen deel uitmaken van surveillanceprogramma's (bv. in tegenstelling tot vee). Als onderdeel van mijn postdoc project, zal ik onderzoeken hoe zoönotische bacteriën overleven in knaagdiergemeenschappen in Afrika. Ik zal in die gemeenschappen onderzoeken welke knaagdiersoorten reservoirs zijn van deze bacteriën en welke secundaire gastheren. Dit zal toelaten twee belangrijke vragen in het vakdomein ecologie te testen: (i) Welke factoren bepalen de persistentie van multi-gastheer pathogenen?; (ii) Heeft de structuur van de knaagdiergemeenschap een invloed op co-infectiepatronen. Om deze vragen te testen heb ik knaagdieren gevangen in de Democratische Republiek Congo en Tanzania in verschillende habitats waar de knaagdiergemeenschappen verschillen. Oorspronkelijk zou ik deze stalen screenen op de aanwezigheid van twee modelbacteriën (anaplasma en bartonella) omdat we die we vaak in knaagdiergemeenschappen aantreffen met behulp van PCR en Sanger-sequencing. De extra BOF-financiering zou ik echter gebruiken om de stalen te screenen op de aanwezigheid van alle bacteriën met behulp van MinION-sequencing. De MinION is een derde generatie sequencer met de mogelijkheid om grote DNA-fragmenten te analyseren. Dit zal de kwaliteit van het werk aanzienlijk verbeteren aangezien het mogelijk zal zijn de stalen te screenen op alle mogelijke pathogene bacteriën in multiplex. Ik verwacht immers dat met metagenomics sequencing veel meer pathogenen zal detecteren die meerdere knaagdiergastheren infecteren. Deze nieuwere techniek zal dus toelaten de twee onderzoeksvragen overtuigender te beantwoorden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Mariën Joachim

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Arbovirussen zijn afhankelijk van bloed voedende arthropoden als een vector voor de overdracht tussen vertebraten gastheren, hetzij mens of dier. Tijdens enzootische transmissie periodes overleven arbovirussen in sylvatische cycli d.m.v. vertebraten waarvan vele nog onbekend zijn. Dit project is gericht op het verkrijgen van inzicht in de ecologie en levenscyclus van deze virussen en hun vertebraten gastheren. Het onderzoek is gericht op het Afrikaans continent, aangezien meerdere zoönotische virussen hun origine terug te leiden is tot Sub-Sahara Afrika. De focus is voornamelijk op kleine wilde dieren, zoals knaagdieren en vleermuizen, met als doel het bepalen van hun bijdrage tot de aanwezigheid en verspreiding van arbovirussen. Mijn hypothese is dat deze dieren, met hun hoge dichtheid en turn-over, een reservoir zijn dat de sylvatische cycli ondersteunt tijdens epizootische periodes. Deze soorten leven vaak in de nabijheid van mensen, waardoor transmissie mogelijk is. Om de hypothesen te testen, zal ik wilde dieren uit Afrika testen en genetische analyseren op arbovirus RNA en antilichamen. Daarnaast zal ik gastheer soorten, verspreidings bereiken en fylogeografische relaties bepalen en transmissiemodellen creëren. Onze resultaten zullen bijdragen tot een beter begrip van het voorkomen en verspreiden van arbovirussen in dieren, wat leidt tot een betere voorspelling, controle en preventie van arbovirus-epidemieën bij mensen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gryseels Sophie
• Mandaathouder: De Kesel Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoek naar de eco-epidemiologie van vleermuis-virussen wordt meestal uitgevoerd op basis van "één gastheer - één virus" -systemen. Wij stellen in dit project voor om dit soort onderzoek uit te breiden naar echte realistische natuurlijke systemen virus-gemeenschappen (viromen) op het niveau van vleermuisgemeenschappen te bestuderen. We zullen gebruik maken van de nieuwste metagenomica technieken om de viromen in verschillende vleermuisgemeenschappen in Tanzania, en in vee dat met vleermuizen in aanraking komt, te karakteriseren. Zo zullen we de rol van de samenstelling van de vleermuisgemeenschappen, het verblijfshabitat, de onderlinge fylogenetische verwantschappen en de seizoenale voortplantingscycli op de abundantie en diversiteit van virussen nagaan. Door vee regelmatig te testen op virussen die normaal in vleermuizen voorkomen, kunnen we nagaan of de transmissie van vleermuis-virussen naar andere gastheren eerder zeldzame stochastische gebeurtenissen zijn of indien de frequentie van deze gebeurtenissen wordt onderschat. We verwachten dat dit project zal leiden tot de identificatie van de eco-evolutionaire drijfveren van virus-diversiteit in de natuur, en belangrijke inzichten zal leveren over het risico op overdracht van virussen van vleermuizen naar andere zoogdieren, inclusief de mens.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Gryseels Sophie
• Mandaathouder: Joffrin Léa

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Adaptieve radiaties zijn toonbeelden van evolutionaire processen, gekenmerkt door snelle diversificatie van één voorouderlijke lijn in een reeks van nauw verwante soorten. We begrijpen nog steeds niet hoe speciatie, een langzaam proces, in zulke snelle sprongen kan voorkomen. Recente genoombrede moleculaire studies suggereren dat snelle diversificatie kan worden aangewakkerd door hybridisatie. In dit project zal ik een integraal beeld verkrijgen van de effecten van hybridisatie op het ontstaan en behoud van diversiteit in een adaptieve radiatie. De regenboogvissen in het Matanomeer, Sulawesi, zijn een zeldzaam geval van adaptieve radiatie met aanwijzingen voor zowel historische als huidige hybridisatie met een voorouderlijke rivierlijn, uniek geschikt om het samenspel van hybridisatie en speciatie in situ te onderzoeken. Ik zal de eerste genoombrede karakterisering van deze radiatie uitvoeren. Met behulp van volledige genoombepaling en innovatieve statistische benaderingen zal ik evolutionaire relaties binnen de radiatie oplossen, de rol van historische en huidige hybridisatie tijdens de diversificatie aan de orde stellen, en verbanden tussen genetische uitwisseling en ecologische divergentie identificeren. Door de genomische context te bepalen voor alle soorten van de radiatie bevorder ik de regenboogvisradiatie als een nieuw modelsysteem in de evolutiebiologie en stimuleer ik de ontwikkeling van statistische benaderingen gunstig voor toekomstig evolutionair onderzoek.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: De Keyzer Els

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Grote carnivoren in Ethiopië nemen af in aantal en in geografisch bereik, voornamelijk als gevolg van de druk van de menselijke bevolking en fragmentatie, verstedelijking, habitatverlies gevolgd door een geringe politieke interesse voor natuurbescherming. Om strategieën te formuleren om deze bedreigingen te verminderen, is het belangrijk om het voorkomen en de dichtheid van grote carnivoren te begrijpen, conflicten te onderzoeken, landschapsconnectiviteit te voorspellen en de levensvatbaarheid van populaties te evalueren. Het doel van dit onderzoeksproject is dus: 1. De factoren begrijpen die het voorkomen en de dichtheid van grote carnivoren in de Omo-vallei bepalen. 2. De landschapsconnectiviteit van het beschermde gebied beoordelen voor de beweging van grote carnivoren in de Omo-vallei. 3. De status van mens-grote carnivoor conflicten in de onderzoeksgebieden onderzoeken. 4. De levensvatbaarheid van wereldwijd bedreigde grote carnivoren in de Omo-vallei evalueren. Het aanpakken van de genoemde doelstellingen stelt ons in staat om samen te werken met belanghebbenden om de natuurbeschermingsacties te verbeteren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit onderzoeksproject heeft als doel ACIAR op een zorgvuldige en effectieve manier te ondersteunen bij investeringen in rechtsgebieden die te maken hebben met bestuursuitdagingen, risico's en beperkingen. Het doel van dit project is ACIAR richtlijnen te verschaffen over mogelijke partners en opdrachtnemende organisaties die effectief en passend kunnen worden ingezet binnen ACIAR-onderzoeksprojecten die zich voornamelijk richten op problemen in de landbouw in bergachtige gebieden in Myanmar, en om mogelijke onderzoeks- en ontwikkelingspaden te verkennen met niet-gouvernementele organisaties. Specifieke doelstellingen van het project zijn: - Verzamelen van informatie over wie (niet-gouvernementele organisaties, internationale onderzoeks- en ontwikkelingsaanbieders, particuliere sector, sleutelpersonen) actief is in relevante bergachtige gebieden (CDZ en Shan State). Dit omvat ook de mogelijkheid dat CGIAR-centra directe partners zijn in berglandbouwsystemen. -Beoordelen van het trackrecord en voer een voorlopig due diligence-onderzoek uit naar veelbelovende toekomstige partners. - Identificeren van hoogwaardige onderzoeks- en ontwikkelingslacunes in landbouwsystemen die aansluiten bij de strategische doelstellingen van ACIAR, met beoordeling van de haalbaarheid van een effectieve investering zonder financiering van overheidsinstanties. Desktopanalyses en externe interviews zijn geïdentificeerd als de meest effectieve en passende aanpak voor dit project. Er zullen ook een klein aantal besprekingen plaatsvinden met relevante personen in Australië en binnen instellingen zoals CGIAR, hetzij via telefoongesprekken of online waar dat passend is.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project bestaat uit drie luiken: ten eerste, het bundelen van bestaande wetenschappelijke kennis en feiten over tekenabundantie en besmettingsgraden met het oog op praktisch beheer van groendomeinen. Dit zal uitgewerkt worden tot een leidraad voor beheer. Ten tweede wordt in alle provinciale domeinen via veldbezoeken een inschatting gemaakt van het risico op besmetting door tekenziekten. Hiervoor worden op zowel risicoplaatsen (paden, speelzones...) als referentielocaties (bos) teken verzameld en de besmettingsgraad met pathogenen (ziekte van Lyme) moleculair vastgesteld. Ten derde wordt een vormingstraject uitgewerkt om deze kennis te delen met beheerders en in de praktijk te vertalen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Naast het consumeren en bederven van diervoeder en het beschadigen van infrastructuur in en rondom boerderijgebouwen, vormen knaagdieren een aanzienlijke bedreiging voor diergezondheid en One Health. Ze kunnen directe stress veroorzaken bij varkens en pluimvee, maar zijn vooral belangrijk als dragers van ziekteverwekkers. Deze omvatten economisch zeer belangrijke ziekten zoals varkensdysenterie, Aujeszky's ziekte, PCV2 en encefalomyocarditis. Wilde bruine ratten kunnen influenza A dragen en kunnen fungeren als tussenpersoon voor de overdracht van aviaire influenza tussen wilde vogels en pluimvee. Voor sommige andere ziekten zoals Afrikaanse varkenspest kunnen knaagdieren fungeren als mechanische reservoirs of ze kunnen teken ondersteunen die Afrikaanse varkenspest kunnen dragen. Knaagdieren spelen ook een rol in de epidemiologie van leptospirose en salmonellose, of bij het verspreiden van antibioticaresistente bacteriestammen zoals veegebonden MRSA. Ze kunnen de infectie opnemen van geïnfecteerde varkens of pluimvee en deze verspreiden binnen en tussen boerderijen. Ze kunnen dienen als een brug tussen wilde fauna en vee, en ze kunnen de infectie lokaal handhaven wanneer een boerderij wordt leeggemaakt en gedesinfecteerd na een ziekte-uitbraak of veewisseling. Er zijn dus zeer goede redenen voor knaagdierenbeheer op varkens- en pluimveebedrijven. Een belangrijke aanpak is altijd het gebruik van rodenticiden geweest. Echter, bezorgdheid over de milieuvriendelijkheid van de meest voorkomende rodenticiden heeft geleid tot veranderingen in de Europese en nationale regelgeving die hun gebruik beperken en nieuwe uitdagingen stellen voor efficiënt knaagdierenbeheer op boerderijen. Er is ook het probleem van resistentie tegen deze vergiften. Dit project RODENTGATE zal de knaagdiergerelateerde risico's voor diergezondheid in de varkens- en pluimvee-industrie onderzoeken en hoe dit kan veranderen met gewijzigd knaagdierenbeheer. Ecologisch gebaseerd knaagdierenbeheer is een strategie die een geïntegreerde aanpak van plaagbeheer combineert met grondige kennis van de knaagdierecologie, waardoor interventies precies kunnen worden gericht in tijd en ruimte, terwijl ze ecologisch en economisch duurzaam zijn. Dit vereist een zeer goed begrip van de knaagdierdemografie, levensgeschiedenis, ruimtegebruik, verspreidingscapaciteiten, evenals een passende documentatie van de aanwezigheid van ziekteverwekkers en transmissiepatronen in de knaagdierpopulatie. Een juist begrip van transmissiemechanismen is cruciaal omdat het doden van gastheren onverwachte effecten kan hebben op de verspreiding van een infectie. De specifieke doelstellingen van RODENTGATE zijn: 1) veranderingen in ziekterisico's voor varkens en pluimvee documenteren wanneer klassiek knaagdierenbeheer rond boerderijen wordt voorkomen en de knaagdierpopulaties rond boerderijen veranderen in overvloed of samenstelling; en 2) passende op bewijs gebaseerde en economisch duurzame strategieën voor ecologisch gebaseerd beheer van knaagdieren en door knaagdieren overgedragen infecties rond boerderijen voorstellen. Deze vragen zullen worden aangepakt door een multidisciplinair consortium van wetenschappers uit België, het Verenigd Koninkrijk, Duitsland, Nederland en Polen, door middel van een combinatie van analyse van bestaande gegevens, bemonstering van knaagdieren, omgeving en vee op boerderijen, moleculaire diagnose van ziekteverwekkers, veldwerk over knaagdierpopulatiebiologie en bewegingen, ecologische modellering, ontwikkeling van beheerstrategieën en communicatie met de varkens- en pluimvee-industrie en de ongediertebestrijdingsindustrie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Sluydts Vincent

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Momenteel ontbreekt een gedetailleerd inzicht in hoe organismen zich snel aan milieu veranderingen aanpassen. Dit inzicht is essentieel voor zowel het begrijpen van de impact van de mens op de natuur, als van de genetisch basis van adaptieve eigenschappen en fundamentele evolutionaire processen. Evolutionaire reacties op de visserij zijn veelbesproken maar bewijs hiervoor is schaars. Daarom zal ik genetische en fenotypische veranderingen in Malawi cichliden na ~40 jaar van intensieve visserij onderzoeken. Hierbij zal ik focussen op veranderingen in belangrijke levensgeschiedenis gerelateerde eigenschappen. DNA sequentiebepaling van museum stalen verzameld voor en tijdens het bevissen zal een nieuw inzicht geven in de genen onder selectie. Door de beschikbaarheid van genoomdata van cichiliden is het mogelijk om de geschiedenis van deze genen te onderzoeken. Door het gemak waarmee cichliden in het labo gekweekt kunnen worden kan ik genetische en omgevingsverschillen in eigenschappen die betrokken zijn bij door de visserij geïnduceerde evolutie experimenteel kwantificeren. Daarnaast zal ik de meest recente ontwikkelingen in DNA en RNA sequentiebepaling gebruiken om de genoom handtekening en de moleculaire pathways gerelateerd aan snelle aanpassingen op de levensgeschiedenis te bepalen. Uiteindelijk zal dit onderzoek het fundamenteel begrip van hoe het genoom zich snel kan aanpassen aan de visserij, en de relatie tussen selectieve druk, fenotypen en genotypen, sterk bevorderen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Co-promotor: De Boeck Gudrun
• Mandaathouder: Hooft van Huysduynen Alexander

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De evolutionaire oorsprong van diersoorten achterhalen kan een hele opgave zijn, vooral wanneer deze onderling kruisen en daarmee het genetisch patroon van hun evolutie verdoezelen. Technieken in het verwerven van genetische informatie zijn dermate verbeterd dat volledige genomen routineus ontcijferd kunnen worden. Eén van de nieuwe vragen is hoe we deze enorme hoeveelheid data optimaal kunnen benutten. Dit onderzoeksproject combineert beide uitdagingen, door analyse van de volledige genomen van een geslacht onderling kruisende katachtigen uit Latijns-Amerika. Het doel is om het gebruik van genomische data te optimaliseren, om zo de evolutionaire historie in een context van soortkruising en andere factoren op te helderen. Verschillende internationale partners zijn betrokken, en ik zal een nauwe samenwerking opstarten tussen UAntwerpen en PUCRS, een Braziliaanse universiteit met expertise in roofdieren. De nodige data zijn reeds deels beschikbaar in PUCRS, waar ik bijdroeg aan de voorlopige resultaten die vormgeven aan de drie streefdoelen van dit project: (1) het gebruik van volledige genomen, inclusief van museumexemplaren, om de evolutionaire verwantschappen bloot te leggen tussen de verschillende soorten pardelkatten, en (2) het aanvullen van deze resultaten met nieuwe methoden gebaseerd op alternatieve genomische verdelingen om een maximum aan informatie uit de data te halen ('multi-marker approach').

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: Lescroart Jonas

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Grijze wolven (Canis lupus) hebben recent grote delen van West-Europa heroverd waar ze meer dan een eeuw lang uitgeroeid waren. De keerzijde van dit natuurbehoudssucces is een toenemend conflict tussen natuur en extensieve landbouw, met name schapenhouderij. Op inrasteren na, wat enkel op kleine kuddes haalbaar is, is er geen duurzame manier om in gebieden met grootschalige extensieve schapenbegrazing depredatie te voorkomen. Hier wil ik van het natuurlijke gedrag van wolf gebruik maken om rigoureus te testen of we wolven kunnen conditioneren om schapen te vermijden, via aversieve conditionering. Ik zal hier verschillende methodes testen en optimaliseren, met name of wilde wolven 1), stimuli waarop ze aversief geconditioneerd werden en die ze associëren met schapen mijden, 2) minder prederen op schapen na aversieve voedselconditionering, en 3) of ze schapen voorzien van aversieve attributen vermijden. We voorzien autonome conditionerings-vallen in de buurt van schaapskuddes binnen wolventerritoria, die we via een netwerk van camera-vallen zullen monitoren. Deze vallen zijn bedoeld om wolven bij triggering van de val direct te bestraffen, en deze bestraffing te combineren met een tweede stimulus (bv een sterke geur), zodanig dat de conditionering ook op deze geur van toepassing is. Indien efficiënt, kunnen deze principes op termijn verder geoptimaliseerd worden om depredatie te voorkomen in gebieden waar andere methodes van kudde-bescherming niet mogelijk of wenselijk zijn.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Chastel Matthieu

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Herbivore insecten behoren tot de meest soortenrijke diergroepen. Het is echter niet duidelijk hoe deze diversiteit is ontstaan. Men vermoedt dat de evolutionaire interactie tussen insecten en hun waardplanten een belangrijke rol speelt. De grote variatie aan gifstoffen van planten en de gespecialiseerde ontgiftingsmechanismen in insecten zorgde voor co-evolutie en soortvorming. Het gebeurt echter dat deze soorten soms nieuwe waardplanten aanvallen. Zo kan er series van waardplant verschuivingen ontstaan dat mogelijk uiteindelijk leidt tot soortvorming. Het is onduidelijk welke mechanismen hiervoor verantwoordelijk zijn maar er word vermoed dat micro-organismen een rol spelen (de microbiële facilitatie hypothese). Er is steeds meer bewijs dat dieren intieme associaties hebben met microben, die een belangrijke invloed kunnen uitoefenen op het fenotype. In dit project gaan we in op deze vragen. We focussen ons op fruitvliegen die zich voeden met komkommerachtigen maar recentelijk soms nieuwe waardplanten aanvallen. In een eerste fase zullen we nagaan of verschillende soorten fruitvliegen gelijkaardige microbiota en metabolische responsen hebben op hun waardplanten. Daarna zullen we onderzoeken hoe de metabolische responsen van de vlieg en zijn microbiota reageren op een dieet van nieuwe waardplanten. In een laatste experiment zullen we testen hoe het verstoren van hun microbiota, de fitness van de vliegen beïnvloed.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry
• Mandaathouder: Hendrycks Wouter

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Hoewel veel opkomende infectieziekten worden veroorzaakt door pathogenen die hun oorsprong vinden in populaties wilde dieren blijven de ecologische mechanismen die bepalen hoe deze pathogenen overleven in de natuur slecht bestudeerd. Dit komt omdat het praktisch moeilijk is om voldoende veldgegevens te verzamelen tijdens epidemieën en omdat lange-termijn data noodzakelijk is. In dit project wil ik onderzoeken hoe verschillen in knaagdiergemeenschappen de prevalentie, persistentie en controle van pathogenen beïnvloeden die verschillende gastheersoorten kunnen infecteren. Deze mechanismen liggen immers aan de basis van een veelbesproken debat in conservatiebiologie: of verlies in biodiversiteit resulteert in een stijging of daling van het aantal infectieuze pathogenen dat van dier naar mens kan overspringen? Het onderzoek zal gebeuren aan de hand van een unieke collectie knaagdierstalen die werden verzameld tijdens veldwerk uitgevoerd in de Democratische Republiek Congo en Tanzania, en die ik zal testen op de aanwezigheid van verschillende pathogenen. Deze velddata zal ik combineren met extra veldexperimenten en simulaties van wiskundige modellen om uiteindelijk drie hypothesen te testen: (i) pathogenen neigen ernaar om verschillende gastheren te infecteren, (ii) persistentie van pathogenen is voornamelijk het resultaat van één gastheersoort, en (iii) de controle van deze gastheersoort volstaat om het pathogeen uit de knaagdiergemeenschap te elimineren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Mariën Joachim

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Momenteel ontbreekt het ons aan gedetailleerd inzicht in hoe organismen zich snel aanpassen aan veranderingen in het milieu. Dit inzicht is echter essentieel bij het voorspellen van de impact van mens op natuur. Het kan de genetische basis van adaptieve eigenschappen onthullen en inzicht geven in fundamentele evolutionaire processen. De meest directe vorm van menselijke impact op populaties is die van de jacht of visserij. Evolutionaire reacties op de visserij zijn veelbesproken, maar bewijs is schaars. Hiervoor zullen we genetische en fenotypische veranderingen in Malawi cichliden onderzoeken na ~40 jaar van intensieve visserij. We hebben recentelijk genoomsequentiegegevens geproduceerd van 510 individuen van zwak en intensief beviste populaties van nu en van 18 jaar geleden die in dit project zullen worden geanalyseerd. Door dit te combineren met innovatieve genoomsequencing van museumspecimens die voor en tijdens de visserij zijn verzameld, zal een ongekend inzicht worden verkregen in de genen die onder selectie staan. Bovendien zullen we het gemak en de relatieve snelheid van het kweken van cichliden in het labo benutten om de genetische en milieuverschillen in de kenmerken van de levensgeschiedenis die betrokken zijn bij de evolutie van de visserij experimenteel te kwantificeren. De integratie van fenotypische metingen met de genomische differentiatiemetingen in een kwantitatief genetisch kader zal ons toelaten om rechtstreeks te testen of selectie heeft gewerkt op levensgeschiedeniskenmerken. Ten slotte zullen we de genexpressieniveaus karakteriseren door middel van transcriptoomsequencing van weefsels die belangrijk zijn voor de groei en rijping in zwak en intensief beviste populaties in verschillende levensstadia. Dit zal inzicht geven in de adaptatie op een belangrijke tussenlaag tussen genotypen en fenotypen. Samengevat zal de combinatie van genoomsequencing van recente en historische natuurlijke populaties met gecontroleerde kweekexperimenten en transcriptoomsequencing ons inzicht in het verband tussen selectieve druk, fenotypen en genotypen sterk bevorderen en heeft het potentieel om aan het licht te brengen hoe genomen snel kunnen worden aangepast aan de visserij.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: Sawasawa Wilson

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De Natal veeltepelmuis is waarschijnlijk het meest voorkomende Afrikaanse knaagdier. In West-Afrika draagt deze muis het Lassa virus, dat op de mens kan worden overgedragen en dodelijke hemorragische koorts kan veroorzaken; in andere delen van Afrika draagt ze nauw verwante arenavirussen, maar deze zijn niet pathogeen voor de mens. Deze virussen lijken beperkt te zijn tot bepaalde geografische gebieden omdat ze specifiek zijn voor genetisch verschillende subgroepen van deze muizensoort. In Tanzania komen drie van deze subgroepen met drie verschillende niet-pathogene virussen met elkaar in contact. Het is daarom een ideale plek om te onderzoeken wat er met deze subgroepen gebeurt wanneer ze elkaar ontmoeten en hoe dit hun arenavirussen beïnvloedt. Meer specifiek wordt de divergentie van de gastheersubgroepen beschreven, worden de hybride zones gekarakteriseerd waar de subgroepen met elkaar in contact komen, wordt de associatie van verschillende arenavirussen met hun gastheersubgroepen beoordeeld en worden de evolutie en virale belasting van de arenavirussen in de hybride zones bestudeerd. Dit onderzoek zal inzicht geven in speciatieprocessen en zal helpen om de geografische spreiding en evolutie van arenavirussen te begrijpen, wat cruciaal is om toekomstige noodsituaties te voorspellen en interventies te plannen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Cuypers Laura

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het SARS‐CoV‐2 heeft zijn oorsprong in een Aziatische vleermuissoort maar het is ondertussen duidelijk dat het naast mensen ook verschillende niet‐verwante zoogdiersoorten kan besmetten. Gezien de circulatie van het virus onder mensen bestaat de kans dat zij het overdragen op wilde soorten; mocht dat gebeuren, dan kan er een nieuw reservoir ontstaan dat uiterst moeilijk te controleren zal zijn. Dit moet vermeden worden maar het is nog niet duidelijk welke in de natuur voorkomende soorten in België ontvankelijk zijn voor het virus. Het binnendringen van het virus in een gastheercel gebeurt door een binding aan het ACE2 proteïne, en wordt verder gefaciliteerd door de furine en TMPRSS2 proteases van de gastheer; deze eiwitten komen bij alle soorten voor maar hun sequenties (en bijgevolg de structurele kenmerken die vereist zijn voor interactie met het virus) kunnen verschillen en dat bepaalt of de gastheer gevoelig is voor infectie. Om na te gaan welke soorten mogelijk besmet kunnen worden, zullen wij de sequenties van de betrokken genen van de verschillende Belgische zoogdiersoorten bepalen, in samenwerking met de eiwitspecialisten van het department Farmacie de mogelijke structurele en functionele implicaties van variaties in aminozuursequenties in kaart brengen en aan de hand daarvan evalueren welke inheemse zoogdieren mogelijk een reservoir kunnen worden. Op basis daarvan kunnen dan specifieke maatregelen worden uitgewerkt om het ontstaan van dergelijk reservoir te vermijden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project zal onderzoeken hoe biodiversiteitsomstandigheden de verspreiding van pathogenen in menselijke populaties in Afrikaanse wouden al dan niet bevorderen. Dit is cruciaal voor het voorspellen en beheersen van het risico op nieuwe uitbraken onder veranderende biodiversiteitsscenario's. Om dit proces te onderzoeken, stellen we 1 ° voor om veranderingen in biodiversiteit te koppelen aan veranderingen in gemeenschappen van reservoirs en de ziekteverwekkers die ze dragen en 2 ° om verschillen in deze reservoirgemeenschappen te koppelen aan de menselijke gezondheid. De voorgestelde onderzoeksactiviteiten zullen zich concentreren op Monkeypox- en Ebola-virussen, maar een breder spectrum van ziekteverwekkers zal worden opgenomen, zodat we een bereik kunnen bestrijken van ziekteverwekkers die relatief vaak voorkomen in een verscheidenheid aan kleine zoogdieren (MPXV) tot ziekteverwekkers die zeldzaam zijn en worden aangetroffen in alleen zeer weinig soorten (EBV). De voorgestelde studie zal worden uitgevoerd in DR Congo en Ivoorkust, in gebieden waar deze opkomende ziekten eerder zijn waargenomen en optimaal gebruik maken van de grote monstercollecties die eerder door de consortiumpartners in deze gebieden zijn verzameld.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ons project is gericht op het ophelderen van de verbanden tussen biodiversiteit en ziekten op lokale en Europese schaal met behulp van gestandaardiseerde beoordelingen van biodiversiteit en ziekterisico's. Dit project zal dit probleem aanpakken door nieuwe belangrijke onderzoeksrichtingen te integreren, d.w.z. gastheer microbiome en meerdere niveaus van pathogene diversiteit aan de ene kant, seizoensgebonden en meerjarige dynamiek aan de andere kant, inclusief scenario's voor klimaatverandering, en interacties met sociaal-economische contexten. Deze wetenschappelijke vragen zijn een essentiële voorwaarde om de bestaande modellering van de relatie tussen biodiversiteit en ziekten te verbeteren en om een ​​kader te ontwikkelen waarmee voorspellingen kunnen worden gedaan over de effecten van ecosysteembeheerpraktijken op de menselijke en dierlijke gezondheid, biologische beschermingsstrategieën en / of klimaatverandering op de gezondheid van mens en dier. Als zodanig moeten en zullen deze vragen worden behandeld in samenwerking met de belangrijkste lokale en Europese belanghebbenden en beleidsmakers. Onze resultaten zullen worden verspreid onder een groter publiek, via een breed scala aan communicatiekanalen, en rekening houdend met de juiste taal en nationale / sociaal-professionele kenmerken van de verschillende doelgroepen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De Vlaamse overheid heeft opdracht gegeven voor een studie over diervriendelijke methoden voor ongediertebestrijding van ratten en muizen. Dit project wordt uitgevoerd door INBO, UAntwerpen werd ingehuurd als externe consulent voor dit project.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De meeste epidemiologische modellen voor infecties richten zich slechts op één ziekteverwekker, maar in werkelijkheid worden gastheren vaak door meer dan één pathogeen geïnfecteerd. Bovendien gaan veel modellen uit van willekeurige of zelfs homogene vermenging van individuen binnen gedefinieerde categorieën en houden ze geen rekening met heterogeniteit van gastheereigenschappen of gedragsveranderingen als gevolg van infectie. In dit project zullen we deze vragen behandelen met een Afrikaanse knaagdierenpopulatie als modelsysteem. Aan de hand van een uitgebreide set van bestaande capture-mark-recapture data van veeltepelmuizen Mastomys natalensis in Tanzania, met meer dan 9.000 bloedmonsters verzameld tijdens maandelijkse opnames sinds 2007 en nog steeds lopend, zullen we in staat zijn om co-infecties met verschillende pathogenen te onderzoeken, positieve en negatieve associaties tussen deze pathogenen te beschrijven en een longitudinale studie uit te voeren naar de dynamiek van de transmissie van deze pathogenen. Aan de hand van experimenten in het labo en in grote omheinde proefterreinen op het veld zullen we gegevens verzamelen over de onderlinge interacties van de pathogenen op transmissieniveau, en de effecten van (co-)infecties op contact rates en gedrag (en vice versa), rekening houdend met heterogeniteit. Deze gegevens en inzichten zullen de basis vormen voor de ontwikkeling van wiskundige modellen die rekening houden met deze aspecten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Volgens recent onderzoek is hybridisatie en genetische uitwisseling bij nauw verwante soorten wijdverspreider dan tot nu aangenomen. De effecten hiervan op de vorming en instandhouding van soorten dienen herbekeken te worden. Het Malawimeer met meer dan 800 nauw verwante soorten cichliden (bontbaarzen), ontstaan door adaptieve radiatie, vormt een intrigerend model voor de studie van de frequentie en de evolutionaire rol van genetisch uitwisseling tussen soorten. Malinsky et al. (2018) vonden reeds sterke aanwijzingen voor een belangrijke uitwisseling van genetische materiaal in de vroegste fases van de radiatie en suggereerden een link hiervan met adaptatie. De rol van dit fenomeen bleef, door beperkte bemonstering en beperkingen in statistische methodes, onderbestudeerd. In dit voorstel zal ik een genomisch kader ontwikkelen om verwantschappen tussen soorten, en genetische uitwisseling, samen te onderzoeken. Ik zal dit toepassen op een unieke gegevensbank van meer dan 2000 genomen van 276 cichlidensoorten uit het Malawimeer en zo unieke inzichten te bekomen in de abundantie van genetische uitwisseling tussen populaties, soorten en genera. Bijkomend zal ik een algoritme, ontwikkeld tijdens mijn Masters, verfijnen om de rol van natuurlijke selectie hierin te onderzoeken. Dit project zal wijd-toepasbare genomische methoden voortbrengen en fundamentele inzichten verschaffen in de rol van genetische uitwisseling in de vorming van één van de spectaculairste vertebratenradiaties.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: Gresham Sophie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Soorten die sterk op elkaar gelijken zijn niet altijd nauw verwant. Voorbeelden van dergelijke convergente evolutie zijn de flippers van penguins en dolfijnen, de vleugels van vleermuizen, vogels en insecten, en de sterk gelijkende ogen van mensen en inktvissen. Hoewel structuren er hetzelfde uitzien, kunnen de mechanismen van hoe ze ontwikkelden sterk verschillen. In het Edward-, Kivu-, Albert-, en Victoriameer komen samen 700 soorten cichliden voor. Deze baarsachtige vissen zijn enorm snel geëvolueerd. Een soort komt slechts in één van deze meren voor, maar vele soorten gelijken sterk op elkaar, zowel binnen een meer als tussen meren. Hoe sterk deze soorten verwant zijn is echter niet geweten. De snelle soortenvorming en de vele gelijkenissen maken deze cichliden tot een perfect systeem om te onderzoeken hoe verschillende vormen evolueren. Zijn gelijkaardige soorten nauw met elkaar verwant of zijn dezelfde aanpassingen onafhankelijk van elkaar ontwikkeld, en hoe komen deze aanpassingen tot stand? Om een antwoord te vinden, zullen wij morfologische en genomische gegevens verzamelen van 100 soorten uit de vier meren. We zullen gelijkenissen tussen soorten kwantificeren, hun verwantschappen ontrafelen, en de regio's in hun DNA identificeren die bijdragen aan gelijkenissen. Dit laat ons toe om te achterhalen hoe verwant deze recent geëvolueerde soorten zijn en hoe gelijkenissen tussen verschillende soorten cichliden uit de vier Oost-Afrikaanse meren tot stand zijn gekomen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Co-promotor: Van Steenberge Maarten

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Uitbraken van Zoönotische ziektes (ziektes overgedragen door dieren zoals bv. Ebola) hebben recent de belangrijke rol van dieren in ziekteoverdracht benadrukt. Zoönotische ziektes zijn vooral van belang wanneer mensen en dieren vaak met elkaar in contact komen. Ziektetransmissie is afhankelijk van contact tussen een geïnfecteerd individu met een vatbaar individu en de waarschijnlijkheid dat een vatbaar individu geïnfecteerd wordt. Habitatsveranderingen zorgt voor een transitie in de beschikbaarheid en verspreiding van bronnen wat invloed heeft op het aantal contacten tussen individuen en met toenemende stress ook invloed heeft op vatbaarheid voor ziektes. Daarom is betere kennis over hoe milieustress invloed heeft op veranderingen in ziekteoverdracht fundamenteel. De veeltepelmuis zal gebruikt worden om te onderzoeken hoe milieustress overleving, gedrag en virustransmissie beïnvloed. Hierbij zullen verschillende benaderingen toelaten de fysiologische invloed van stress in zowel labo- als veldexperimenten te onderzoeken, gecombineerd met een state-of-art technologie om gedrag van in het wild levende knaagdieren te volgen. De veeltepelmuis is drager van verschillende zoönotische ziektes en is een succesvolle soort in dichtbevolkte gebieden. Daarom is dit niet enkel een pioniersstudie die fundamentele inzichten zal opleveren maar zal deze studie ook bijdragen tot de opbouw van kennis over de invloed van habitatsveranderingen op transmissie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Kirkpatrick Lucinda

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Herbivore insecten zijn de meest soortenrijke diergroep. Het is echter niet duidelijk hoe deze diversiteit is ontstaan. Men vermoedt dat de co-evolutie tussen herbivore insecten en hun waardplanten een belangrijke rol speelt. De grote variatie aan defensieve toxines van planten en de gespecialiseerde ontgiftingsmechanismen in insecten zorgde voor het ontstaan van nieuwe soorten. Het gebeurt echter dat deze soorten soms nieuwe plantensoorten aanvallen. Zo ontstaat er een tijdreeks van dieetuitbreidingen gevolgd door specialisatie voor bepaalde planten. Het is onduidelijk welke mechanismen hiervoor verantwoordelijk zijn maar er word vermoed dat micro-organismen een rol spelen (de microbiële facilitatie hypothese). Zo blijkt nu dat de meeste dieren intieme associaties hebben met microben die in/op hun lichaam voorkomen en een belangrijke invloed kunnen uitoefenen op het dier. In dit project gaan we in op deze vragen. We focussen ons op fruitvliegen die zich voeden met komkommerachtigen maar recentelijk soms nieuwe waardplanten (Solanaceae) aanvallen. In een eerste fase zullen we nagaan of verschillende soorten fruitvliegen gelijkaardige microbiota en metabolische responsen hebben op hun waardplanten. Daarna zullen we onderzoeken hoe de metabolische responsen van de vlieg en zijn microbiota reageren op een dieet van nieuwe waardplanten. In een laatste experiment zullen we testen hoe het wijzigen van hun microbiota, de capaciteit van de vliegen om planten aan te vallen aantast.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry
• Mandaathouder: Hendrycks Wouter

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Infecties overgedragen via tekenbeten zijn een toenemend probleem in het Noordzeegebied. De algemene doelstelling van dit multidisciplinaire en transnationale project is om substantiële progressie te maken in deze domeinen: (i) risico-analyse van tekenbeten, (ii) efficiënte preventieve maatregelen, (iii) optimalisatie van diagnostiek, (iv) aanbevelingen voor de beste behandeling van patiënten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De honderden nauw verwante, maar ecologisch zeer diverse cichlide vissoorten in het Malawimeer vormen een uitzonderlijk kans om de genetische mechanismen te bestuderen die gepaard gaan met snelle adaptatie en diversificatie. We hebben onlangs ontdekt dat cichliden uit het Malawimeer regio's in het genoom herbergen met een uitzonderlijk hoge genetische diversiteit. In dit project zal de student recente sequentiegegevens van het volledige genoom van honderden cichliden uit het Malawimeer analyseren om de evolutionaire oorsprong van deze genetische regio's met een hoge genetische diversiteit te identificeren. De student zal o.m. testen of deze genetische varianten in de voorouders van cichliden uit het Malawimeer ontstaan zijn door hybridisatie met een afwijkende afstammingslijn en of deze variatie is behouden door evenwichtige selectie. In een tweede stap zal de student methoden uit de populatie genetica gebruiken om de rol van deze genetische varianten in ecologische aanpassing en soortvorming van cichliden te achterhalen. Een specifieke toepassing hiervan is de recente aanpassing van populaties aan intensieve visvangst. Voorlopig bewijs suggereert dat genetische variatie in regio's met een hoge voorouderlijke diversiteit onder differentiële selectie valt tussen zwak en zwaar beviste populaties. De student gebruikt statistische technieken uit de genetica om de hypothesen te testen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: Camacho Garcia Julia

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De activiteiten voor het levensonderhoud van de plattelandsgemeenschappen in Ethiopië gaan ten koste van de biodiversiteit in gebieden met een hoge mate van contact tussen mens en dier. Dit project is gericht op het verbeteren van de academische en onderzoekscapaciteit aan de Wolaita Sodo Universiteit (WSU), waarbij de nadruk ligt op ecologische interacties op het raakvlak tussen mens en dier en het genereren van een betere kennis van mens-wildconflicten om mogelijke verzachtende maatregelen op te helderen. De tussentijdse resultaten (outputs) die van het project worden verwacht, omvatten een beschrijving van het mens-wildconflict en de economische impact ervan, onderzoek naar zoönose-epidemiologie met de nadruk op leishmania-sis, onderzoek naar wetland-naar-drooglandverschuivingen en de effecten ervan op kleine zoogdierpopulaties en -conflicten. De ruimtelijke en temporele gegevens over mens-wildconflicten zullen worden verzameld. De resultaten zullen worden vertaald in beleidsopgaven en worden verspreid onder lokale gemeenschappen, belanghebbenden en beleidsmakers voor acties. Verbetering van het menselijk welzijn (beschermd milieu, verbeterde gewasproductiviteit en betere gezondheid) zijn de belangrijkste effecten die met het project worden beoogd.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De voorbije jaren spelen GPS trackers een steeds belangrijkere rol binnen ecologisch onderzoek. Een snelle technologische ontwikkeling heeft er enerzijds toe geleid dat trackers steeds kleiner zijn, en dus voor meer diersoorten gebruik kunnen worden, maar ook dat deze met bijkomende sensoren kunnen worden uitgerust. GPS trackers worden dan ook steeds vaker gebruikt om het gedrag en bewegingspatronen van dieren vanop afstand te volgen. De methodes om de grote hoeveelheid data die deze trackers quasi continu kunnen generen te analyseren staan echter nog enorm achter waardoor er momenteel onvoldoende gebruik kan gemaakt worden van de spatio-temporele informatie die in deze data vervat zit. Om deze methodes verder te ontwikkelen werd een multidisciplinair consortium samengesteld met partners die toonaangevend zijn in domeinen zoals gedragsecologie, statistische ecologie, ICT, GIS-technologie en visuele analyse. De integratie van inzichten uit de verschillende disciplines is essentieel om op korte termijn de impuls te genereren die nodig is om de methodes te onwikkelen die toelaten om Big Movement Data ten volle te benutten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Gift van KMDA aan het Universiteitsfonds met de bedoeling het onderzoek in de conservatiebiologie te stimuleren. Het departement Biologie beslist hoe deze middelen in te zetten voor het betalen van onderzoeksmedewerkers.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De ziekte van Lyme wordt overgedragen door de teek Ixodes ricinus en is in recente jaren toegenomen. Om efficiënt aan preventie te doen is het belangrijk om te weten op welke door mensen bezochte plaatsen de abundantie aan geïnfecteerde teken het hoogst is. Eerder onderzoek heeft relaties aangetoond tussen bostypes en aantal teken, maar het is nog onduidelijk welke factoren de ruimtelijke spreiding van teken binnen een gebied bepalen. In dit doctoraatsproject zal ik de spreiding van teken in bossen nagaan in relatie tot het gebruik van sites door recreanten. Verder zal ik nagaan waarom teken op deze specifieke locaties voorkomen. Een aspect dat hierbij belangrijk kan zijn is de plaats waar teken afvallen van de vorige gastheer waarop ze gevoed hebben, zoals reeën of kleinere dieren. Ik zal onderzoeken op welke locaties gastheren het meeste tijd doorbrengen en waar teken preferentieel van de gastheer afvallen. Daarnaast zal ik onderzoeken welke omgevingsfactoren gekoppeld zijn aan sterfte van teken. In dergelijke condities zal er minder nood aan bestrijding zijn. De resultaten van dit onderzoek zullen samengevat en vertaald worden voor bosbeheerders en beleidsverantwoordelijken, zodat zij het bosbeheer beter kunnen afstemmen op tekenrisico's en meer efficient tekenaantallen reduceren. Dit zal leiden tot besparing van tijd en middelen en gezondheidsrisico's voor recreanten beperken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Heylen Dieter
• Mandaathouder: Van Gestel Mats

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Vele diersoorten zijn drager van ziektes die overdraagbaar zijn naar mensen, met serieuze gezondheids- en economische gevolgen. Daarom is er een belangrijke nood aan de opbouw van kennis over hoe deze ziektes zich in dierpopulaties handhaven. Zoals mensen mengen ook dieren zich niet willekeurig met anderen, maar het accuraat bepalen van sociale gedragingen, zoals het contact-gedrag tussen dieren is moeilijk, zelfs voor grote makkelijk observeerbare soorten. Hiervoor is vaak een grote tijds- en financiële investering nodig. Voor kleine, nacht-actieve dieren zoals knaagdieren is het bepalen contact-gedragingen tot nu toe onmogelijk. Daarom hebben wij Social Contact Network (SCoNe) loggers ontwikkeld. Deze loggers wegen minder dan 1,5g, kunnen tot 28 dagen lang aan een halsband worden bevestigd en kunnen interacties tussen maximaal 70 dieren bepalen. Wij willen deze loggers gebruiken om een beter inzicht te krijgen in het contact-gedrag van de veeltepelmuis in Tanzania en de invloed hiervan op virustransmissie. De veeltepelmuis kan ziektes zoals Lassa koorts en de plaag overbrengen. Deze soort heeft verschillende worpen per jaar van meer dan 20 jongen waardoor deze muizen in bepaalde periodes overvloedig kunnen voorkomen, met veel gewasschade tot gevolg. Een betere kennis over hoe het gedrag van muizen varieert doorheen populatieveranderingen en hoe dit de overdracht van ziektes beïnvloed zal helpen in het beschermen van gewassen, zal gezondheidsadvies kunnen sturen en zal antwoorden kunnen geven op fundamentele vragen over ziekteoverdracht. Door hun klein formaat en open-source ontwerp kunnen SCoNe loggers makkelijk aangepast worden aan de noden van andere onderzoekers waardoor ook het gedrag van andere soorten onderzocht kan worden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Kirkpatrick Lucinda

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze financiering zal worden gebruikt voor het initiëren van onderzoeksprojecten zoals voorgesteld in mijn tenure track applicatie ZAPBOF en is bedoeld om de tijd tussen projectstart en acquisitie van externe onderzoeksfinanciering te overbruggen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Svardal Hannes
• Mandaathouder: Svardal Hannes

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dierlijke persoonlijkheid is het fenomeen dat gedrag consistent is in de tijd, wat betekent dat bijvoorbeeld sommige mensen altijd agressiever zijn dan anderen. Elk gedrag kan worden gedefinieerd als een persoonlijkheidskenmerk, zolang het maar herhaalbaar is in de tijd, maar persoonlijkheidstrekken zijn over het algemeen verdeeld in vijf categorieën: vrijmoedigheid, onderzoek, activiteit, agressiviteit en gezelligheid. Mensen met een sterke verkenning kunnen een grotere kans hebben om een ​​partner te ontmoeten en hebben dus bijvoorbeeld een hoog reproductief succes, maar ze kunnen ook een verhoogd risico lopen op parasieten, ziekteverwekkers en roofdieren. Deze fitness-kosten van de persoonlijkheid zijn weinig onderzocht, maar kunnen belangrijke implicaties hebben voor de ziektedynamiek. Met behulp van de natal multimammate mouse (Mastomys natalensis) - Morogoro arenavirus study system, zal ik de mogelijke verbanden tussen persoonlijkheidskenmerken, immuunsysteem en infectierisico onderzoeken. Specifiek zal ik 1) vaststellen of M. natalensis bewijs van consistente persoonlijkheidskenmerken vertoont en als enige kenmerken gecorreleerd zijn, 2) onderzoeken of gastheerspersoonlijkheidskenmerken geassocieerd zijn met virale infecties in vrijlevende populaties, 3) bepalen of er een relatie is tussen sommige persoonlijkheidskenmerken en immuunsysteemfunctie, 4) experimenteel testen of infectie de expressie van persoonlijkheidskenmerken verandert, en 5) epidemiologische modellen gebruiken om de potentiële effecten van persoonlijkheid op de dynamiek van virusoverdracht in vrijlevende populaties te onderzoeken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: Vanden Broecke Bram

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De Natal veeltepelmuis is waarschijnlijk het meest voorkomende Afrikaanse knaagdier. In West-Afrika draagt deze muis het Lassa virus, dat op de mens kan worden overgedragen en dodelijke hemorragische koorts kan veroorzaken; in andere delen van Afrika draagt ze nauw verwante arenavirussen, maar deze zijn niet pathogeen voor de mens. Deze virussen lijken beperkt te zijn tot bepaalde geografische gebieden omdat ze specifiek zijn voor genetisch verschillende subgroepen van deze muizensoort. In Tanzania komen drie van deze subgroepen met drie verschillende niet-pathogene virussen met elkaar in contact. Het is daarom een ideale plek om te onderzoeken wat er met deze subgroepen gebeurt wanneer ze elkaar ontmoeten en hoe dit hun arenavirussen beïnvloedt. Meer specifiek wordt de divergentie van de gastheersubgroepen beschreven, worden de hybride zones gekarakteriseerd waar de subgroepen met elkaar in contact komen, wordt de associatie van verschillende arenavirussen met hun gastheersubgroepen beoordeeld en worden de evolutie en virale belasting van de arenavirussen in de hybride zones bestudeerd. Dit onderzoek zal inzicht geven in speciatieprocessen en zal helpen om de geografische spreiding en evolutie van arenavirussen te begrijpen, wat cruciaal is om toekomstige noodsituaties te voorspellen en interventies te plannen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Cuypers Laura

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze wetenschappelijke opdracht heeft als algemeen doel om het onderzoek naar respons van dieren op klimaatverandering verder uit te bouwen en daarbij nieuwe onderzoeksmogelijkheden en samenwerkingen te verkennen. Het modelsysteem is de seizoenale timing (fenologie) van insectivore vogels in relatie tot fenologie van bossen, waarvoor wij over meerdere lange-termijn datasets beschikken. Meer specifiek zal ik mij focusen op het belang van de timing in individuele bomen, een aspect dat tot dusver sterk onderbelicht is gebleven. Een eerste concrete doelstelling is de analyse van een unieke en recent verworven dataset met fenologie van 1600 bomen in een lang-termijn studiepopulatie. Een nevendoelstelling daarbij is het updaten van mijn onderzoeksvaardigheden in het gebruik van analytische software. Een tweede doelstelling is het verkennen van de mogelijkheden in remote sensing methodologieën om grootschalig de timing van individuele bomen te karakteriseren, met als doel om nieuwe samenwerkingen op te zetten en projectaanvragen voor te bereiden. Ten derde zal ik de visibiliteit van onze groep in internationale samenwerkingen versterken door deelname aan expert workshops en co-publicatie van longitudinale data-analyses. Een laatste doelstelling is het uitwisselen van kennis met experten in fenologie van bomen in relatie tot klimaatsopwarming, met name de groep PLECO in UAntwerpen die in deze materie een internationaal leidende positie heeft, met als concrete uitkomsten het schrijven van een perspective paper en de ontwikkeling van nieuwe projectvoorstellen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project worden reeds eerder verzamelde velddata van het voorkomen van teken geanalyseerd, met inbegrip van de prevalenties van belangrijke pathogenen. De teken werden verzameld in een twintigtal parken en bossen in en rond Antwerpen. Op basis van de data-analyse worden voorstellen uitgewerkt om meer rekening te houden met mogelijke gezondheidsrisico's door teken in urbaan gebied.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project beoogt bij te dragen aan de optimalisatie van natuurbeheer in functie van het minimaliseren van risico's op infectie met teekoverdraagbare ziekten, in het bijzonder Lyme borreliose overgedragen door de schapenteek Ixodes ricinus. Meer bepaald zal dit project de ruimtelijke verspreiding van teken onderzoeken op fijnschalig niveau en processen onderzoeken die hiertoe bijdragen, in het bijzonder de verspreiding van gastheren, het loslaten van de gastheer (detachment), verplaatsing na detachment, en mortaliteit van teken. Door deze processen te relateren aan vegetatiebeheer zullen we in staat zijn gericht advies te geven voor een meer efficiënt beheer en zonering van activiteiten in bos- en natuurgebieden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Heylen Dieter
• Mandaathouder: Van Gestel Mats

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Antropogene klimaatverandering vormt een grote bedreiging voor de biodiversiteit en het menselijk welzijn. Klimaatveranderingsbeperkende strategieën, zoals het VN-REDD+-programma (vermindering van emissies door ontbossing en afbraak) zijn gericht op het beschermen en verbeteren van de koolstofvoorraden in de biosfeer (C) door het behoud van tropische regenwoudsystemen. Maar zal de biodiversiteit (BD) ook behouden blijven wanneer bossen voor hun C-bestand beschermd worden? Componenten van bos BD kunnen elkaar in verschillende mate overlappen, compenseren of grotendeels onafhankelijk zijn van bos B-onderdelen die in het opslagpotentieel C ingrijpen. Studies over de ruimtelijke congruentie van C en BD vinden geen consistente relatie. We stellen dat dit waarschijnlijk te wijten is aan de grootschalige analyse en het gebruik van weinig BD parameters. In dit project zullen we de relatie tussen BD en C op kleine schaal onderzoeken aan de hand van gegevens uit het Centraal-Congo-bekken, een ondergeprogrammeerde regio. Het C-bestand en verschillende soortengroepen werden bemonsterd op maximaal 21 percelen in het Yangambi Biosfeerreservaat (YBR, DR Congo). We beschrijven eerst' biodiversiteit', een moeilijk te definieren term, met een reeks BD-parameters. Verder zullen we de relatie tussen C en BD onderzoeken op zowel het niveau van de 21 studiepercelen als, met behulp van ruimtelijke extrapolatie, over de gehele YBR. Ten slotte zullen we het effect van verschillende C-instandhoudingsstrategieën op BD beoordelen en testen of het mogelijk is om zowel C als BD-instandhouding te maximaliseren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Verheyen Erik
• Mandaathouder: Van de Perre Frederik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

The Natal veeltepelmuis is de meest algemene Afrikaanse knaagdiersoort. In West Afrika draagt ze het Lassa virus, dat bij mensen een soms dodelijke hemorrhagische koorts veroorzaakt; in andere delen van Afrika draagt ze nauw verwante arenavirussen, maar deze zijn niet pathogeen voor mensen. Deze virussen zijn beperkt tot enkele geografische gebieden, gebonden aan specifieke genetische groepen van veeltepelmuizen. In Tanzania is er een contactzone tussen drie van die genetische groepen. Daarom is dit een zeer geschikt gebied om na te gaan hoe deze groepen gescheiden blijven en hoe hun virussen zich gedragen in dergelijke contact zone. Dit zal inzicht verschaffen zowel in speciatieprocessen als in de verspreiding en evolutie van Lassa virus, wat van belang is om toekomstige outbreaks te voorspellen en interventies te plannen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Cuypers Laura

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het begrijpen van de processen die het gedrag ondersteunen, zoals mededinging, predatie, sociaal of ziekteoverdracht, vereisen de mogelijkheid om in detail de aard van interacties tussen individuen te volgen. Tot voor kort is dit beperkt tot grote, gevangen of gemakkelijk waarneembare soorten. Nieuwe vooruitgang in miniaturisatie betekent echter dat het nu mogelijk is datasets van ongekende ruimtetemporale resolutie voor steeds kleiner dieren verzameld worden. Dergelijke systemen moeten getest en gekalibreerd worden om ervoor te zorgen dat ze geen individueel gedrag fundamenteel wijzigen en ervoor zorgen dat gegevens die uit dergelijke systemen zijn verzameld, vrij van vooroordeel zijn. We hebben miniatuurlabels ontwikkeld die tegelijkertijd de transmissies van andere tags verzenden en registreren en loggen. Dit project stelt ons in staat om methodes van tag attachment te testen (ervoor te zorgen dat de stress op het dier minimaal wordt gehouden), monitor fysiologische of gedragsveranderingen veroorzaakt door de tags (moet minimaal zijn om te voorkomen dat veranderingen in knaagdiergedrag worden aangebracht) Om de tags te kalibreren in een veldrealistische instelling. We zullen de tags gebruiken om een groot, realistisch onderzoek uit te voeren dat zeer gedetailleerde ziekteoverdrachtmodellen zal parametreren; Het ontwerp en de constructie van de tags zal open source zijn om andere onderzoekers ook de technologie op andere taxa te kunnen gebruiken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Kirkpatrick Lucinda

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Gedurende 15 maanden wordt een onderzoek gevoerd naar mogelijke managementscenario's en de impact ervan op zwerfkatten in Vlaanderen. Het opzet is om steden en gemeenschappen een instrument te bieden dat verschillende beheersmogelijkheden voor hun gebied in kaart brengt. Hiertoe wordt het theoretische kosten-batenmodel (Høgasen et al.) aangepast aan de Vlaamse context. Het project is een samenwerking tussen het Laboratorium voor Ethologie (Faculteit Diergeneeskunde, Universiteit Gent, België – Prof. Christel Moons en Ciska De Ruyver), Odisee hogeschool (België – Els Peeters), Istituto Zooprofilattico Sperimentale (Italië – Paolo Dalla Villa), en de Universiteit Antwerpen (België – Prof. Herwig Leirs en Lucinda Kirkpatrick). Het project wordt gefinancierd door het Departement Omgeving van de Vlaamse overheid.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In mei 2017 was er Ebola-outbreak in Likati, Bas-Uélé, DR Congo. In tegenstelling tot andere outbreaks was er goede informatie beschikbaar over de identiteit en activiteiten van de primary case (de persoon die de infectie kreeg uit de natuur) in de weken voordat hij ziek werd. Dit opende een mogelijkheid voor gericht ecologisch onderzoek naar het potentiële reservoir van Ebolavirus. Deze financiering liet toe dat een team van UAntwerpen en KBIN een leidende rol kon spelen in een expeditie samen met verschillende andere Congolese en internationale experten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Een betere benutting van de nuttige organismen die in de tomatenteelt uitgezet worden als bestrijding van courante plagen zoals witte vlieg, spint en Tuta absoluta met als gevolg een duurzamer gebruik van biologische en chemische gewasbeschermingsmiddelen tegen deze plagen. Door middel van populatiemodellen beoogt men om de complexe populatie ecologie in een serre te beschrijven, en de teler toe te laten om aan de hand van gestandaardiseerde monitoringsgegevens een simulatie uit te voeren en na te gaan of een plaag onder controle is of niet. De grootste doelgroep vormen de tomatentelers onder glas (252 bedrijven, 545 hectare) en de veilingorganisatie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Sluydts Vincent

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De interactie tussen gastheren en parasieten is een van de belangrijkste drijvende krachten in de evolutie. Evolutie is enkel mogelijk indien individuele kenmerken tenminste gedeeltelijk overerfbaar zijn, en onderhevig aan natuurlijke selectie. Om de evolutie van parasietkenmerken te bestuderen, is het dus noodzakelijk om het succes van individuele parasieten te volgen doorheen hun levenscyclus. Dit is moeilijk tot onmogelijk bij vele soorten parasieten tenzij in zeer artificiele labo-omgevingen. In dit project onderzoeken we de variatie en erfbaarheid van parasietkenmerken in op vogels gespecializeerde teken. De teken worden in het labo gekweekt en voeden zich een keer per stadium (larve, nymf of adult) op koolmezen uit een wilde populatie. Dit geeft ons informatie over genetische verwantschap van zowel de teken als de individuele vogels in de studie. Zo kunnen we onderzoeken in hoeverre variatie in parasietsucces (voedingssucces, overleving, aantal eieren) gerelateerd is aan genetische variatie in de parasiet, in de gastheer, of een combinatie van beide. We onderzoeken ook of teken die succesvol zijn op koolmezen het minder goed doen op andere vogelsoorten, en vice versa. Analoog gaan we na of koolmezen die meer resistent zijn - of tolerant voor - een vogelspecifieke teek, minder goed bestand zijn tegen andere minder gespecialiseerde teken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Heylen Dieter
• Co-promotor: Van Dongen Stefan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project is gericht op de versterking van de academische capaciteit van de universiteit van Kisangani als reactie op uitbraken van koortsepidemieën in de Democratische Republiek Congo door het opleiden van personeel en studenten in epidemiologie en epidemie management, en de uitvoering van een proefproject, gericht op het Monkeypoxvirus, met gezondheidspersoneel uit de gezondheidszone van Aketi (provincie Bas-Uele). Het project omvat een onderzoekscomponent betreffende de zoönotische oorsprong van het Monkeypoxvirus. De resultaten van dit project zullen leiden tot een verbeterde capaciteit om uitbraken van eruptieve koortsen in het land te onderzoeken en te bestrijden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Verheyen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dierlijke persoonlijkheid is het fenomeen dat gedrag consistent is in de tijd, wat betekent dat bijvoorbeeld sommige mensen altijd agressiever zijn dan anderen. Elk gedrag kan worden gedefinieerd als een persoonlijkheidskenmerk, zolang het maar herhaalbaar is in de tijd, maar persoonlijkheidstrekken zijn over het algemeen verdeeld in vijf categorieën: vrijmoedigheid, onderzoek, activiteit, agressiviteit en gezelligheid. Mensen met een sterke verkenning kunnen een grotere kans hebben om een ​​partner te ontmoeten en hebben dus bijvoorbeeld een hoog reproductief succes, maar ze kunnen ook een verhoogd risico lopen op parasieten, ziekteverwekkers en roofdieren. Deze fitness-kosten van de persoonlijkheid zijn weinig onderzocht, maar kunnen belangrijke implicaties hebben voor de ziektedynamiek. Met behulp van de natal multimammate mouse (Mastomys natalensis) - Morogoro arenavirus study system, zal ik de mogelijke verbanden tussen persoonlijkheidskenmerken, immuunsysteem en infectierisico onderzoeken. Specifiek zal ik 1) vaststellen of M. natalensis bewijs van consistente persoonlijkheidskenmerken vertoont en als enige kenmerken gecorreleerd zijn, 2) onderzoeken of gastheerspersoonlijkheidskenmerken geassocieerd zijn met virale infecties in vrijlevende populaties, 3) bepalen of er een relatie is tussen sommige persoonlijkheidskenmerken en immuunsysteemfunctie, 4) experimenteel testen of infectie de expressie van persoonlijkheidskenmerken verandert, en 5) epidemiologische modellen gebruiken om de potentiële effecten van persoonlijkheid op de dynamiek van virusoverdracht in vrijlevende populaties te onderzoeken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: Vanden Broecke Bram

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De mate waarin biodiversiteit en de hieraan gekoppelde ecosysteemfuncties veranderen in functie van globale door de mens veroorzaakte veranderingen in de leefomgeving worden momenteel vooral ingeschat op basis van statistische technieken. Onzekerheden in de uitkomsten van deze predictieve modellen zijn groot. Omdat de onderliggend ecologische en evolutionaire dynamieken van individuen, populaties en soorten en hun interacties genegeerd worden kunnen de biologische oorzaken van deze onzekerheden niet geduid worden. Het opschalen van individuele- en soortafhankelijke mechanismen naar hogere schalen van biologische organisatie kan enkel gebeuren indien we in staat zijn om de variatie in deze mechanismen te begrijpen en te generaliseren. Meer specifiek is er nood aan het in rekening brengen van biotische interacties. De partners van de voorgestelde onderzoeksgemeenschap zijn toonaangevende onderzoekseenheden in het domein van de evolutionaire ecologie. Onder impuls van initiatieven gefinancierd binnen vroegere onderzoeksgemeenschappen breidden de diverse betrokken onderzoekseenheden hun onderzoek recent uit naar de context van interagerende soorten. Omwille van de complexiteit van biologische interacties in ecologische netwerken, zowel qua oorzaak als gevolg, is er meer dan ooit een hoge nood om onderzoeksagenda's op elkaar af te stemmen, nieuwe methodieken te integreren, inzichten uit te wisselen en samen te werken binnen een inter- en multidisciplinaire context. De beoogde integratie van diverse modelsystemen en disciplines zal de vooruitgang van het eco-evolutionair onderzoek in Vlaanderen zonder twijfel stimuleren. Op zijn beurt is deze vooruitgang essentieel voor de ontwikkelingen binnen verwante domeinen zoals epidemiologie en kankeronderzoek.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Met dit project wordt gestreefd naar een betere benutting van de nuttige organismen die in de tomatenteelt uitgezet worden als bestrijding van courante plagen zoals witte vlieg, spint en Tuta absoluta met als gevolg een duurzamer gebruik van biologische en chemische gewasbeschermingsmiddelen tegen deze plagen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project handelt over het beheer en behoud van Polylepis bossen in de hoge Andes, één van de meest bedreigde ecosystemen ter wereld. Het project focust op de zuidhelling van het Tunari Nationaal Park (Bolivië) waar lokale gemeenschappen leven te midden van kleine restantanten Polylepis bos. Deze thesis stelt zich tot doel om de noden van lokale gemeenschappen en van de bewoners Cochabamba (een grote stad vlakbij het park) te verzoenen met de bescherming en het behoud van de Polylepis bossen en de daarmee geassocieerde (bedreigde) biodiversiteit. Daartoe ga ik gebruik maken van 'conservation planning software' (zoals Marxan en Zonation) om een beslissingssysteem te bouwen dat door Boliviaanse beleidsmakers kan worden gebruikt.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Strubbe Diederik
• Mandaathouder: Fastré Constance

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Antropogene klimaatverandering vormt een grote bedreiging voor zowel de biodiversiteit als het welzijn van de mens. Klimaatmitigatiestrategieën zoals het UN-REDD+ programma (vermindering van emissies door ontbossing en afbraak) zijn gericht op de bescherming en verbetering van biosfeerkoolstof (C) -bestanden door het behoud van tropische regenwoudsystemen. Worden bossen echter beschermd voor hun C-bestanden, wordt de biodiversiteit dan ook behouden? Componenten van bos-BD kunnen elkaar in verschillende mate overlappen, afruilen met, of grotendeels onafhankelijk zijn van die welke ingrijpen in het C-opslagpotentieel. Studies naar de ruimtelijke congruentie van C en BD vinden geen consistente relatie. We beweren dat dit waarschijnlijk te wijten is aan de grootschalige analyse en het gebruik van enkele BD-parameters. In dit project zullen we op een fijne schaal kijken naar de relatie tussen BD en C met behulp van gegevens uit het Centraal-Congo-bekken, een ondergewaardeerde regio. Het C-bestand en verschillende soortengroepen werden bemonsterd in maximaal 21 percelen in het Yangambi-biosfeerreservaat (YBR, DR Congo). We zullen eerst 'biodiversiteit' beschrijven, een fundamenteel ongedefinieerde term, met een set BD-parameters. Verder zullen we de relatie tussen C en BD onderzoeken op zowel het niveau van de 21 studieplots als, met behulp van ruimtelijke extrapolatie, over de YBR als geheel. Ten slotte zullen we het effect van verschillende C-beschermingsstrategieën op BD beoordelen en testen of het mogelijk is om zowel C- als BD-conservering te maximaliseren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Van de Perre Frederik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het doel van dit project is om duurzame strategieën te ontwikkelen voor knaagdierbeheersing voor kleinschalige landbouwers in Tanzania en Oeganda. Ecologie-gebaseerde knaagdierbestrijding maakt gebruik van kennis over de ecologie van de pestsoort met de bedoeling de door de landbouwer opgelopen schade te reduceren. Het doden van knaagdieren is daarbij geen doelstelling op zich, mmaar het gebruik van rodenticiden is evenmin uitgesloten. Dit project onderoekt de mogelijkheden vvor dergelijke knaagdierbeheersing in mais- en rijstvelden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Interacties tussen vogels en Ixodes teken worden geacht humane infectierisico's voor teekoverdraagbare ziekten te beïnvloeden. Gebruikmakend van diagnostische testen, trachten we informatie te bekomen over de bijdrage van zangvogels en vogelteken in de terrestrische cycli van Borrelia burgdorferi s.l. en rickettsiale bacteriën. We spitsen ons toe op de infectierisico's bij vogels en de capaciteit bij vogelteken om de bacteriën over te dragen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Heylen Dieter

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De sterke opmars van het everzwijn in het versnipperd Vlaamse landschap zorgt voor meer en meer landbouwschade. Deze problematiek staat centraal dit doctoraatsonderzoek. Een impactinventarisatie zal een eerste inzicht geven over de financiële gevolgen die gepaard gaat met schade aan landbouwgebieden door everzwijnen. Daarnaast wordt er een impactsmodel ontwikkeld zodat het mogelijk wordt in te schatten wat de eigenschappen zijn van landbouwgebieden die gevoelig zijn aan schade door everzwijnen. Ook zal er een verspreidingsmodel ontwikkeld worden zodat de toekomstige verspreiding van het everzwijn in Vlaanderen kan worden weergeven. De combinatie van deze doelstellingen zullen het mogelijk maken een risicoanalyse uit te voeren over de gevolgen van de everzwijnen voor de landbouwsector.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Rutten Anneleen

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Gouy de Bellocq Joëlle
• Co-promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Heylen Dieter

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De impact van A. molliculum op perenbladvlo populaties wordt bestudeerd, evenals de impact van verschillende aspecten van boomgaardbeheer op de populaties van A. molliculum. Op basis van tellingen in perenboomgaarden wordt een fenologisch populatiedynamica model van A. molliculum opgesteld. Met dit model, dat temperatuurgegevens gebruikt als input, kunnen telers nagaan of ze de timing van bepaalde beheersmaatregelen moeten aanpassen om de fluweelmijtpopulaties minimaal te schaden en tijdens gevoelige periodes te ontlasten. Zo worden de reeds aanwezige - maar meestal sterk geslonken- fluweelmijtpopulaties terug gestimuleerd en kunnen ze een waardevolle speler zijn in de strijd tegen perenbladvlo.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Brenard Nathalie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: Heylen Dieter

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR. UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze conferentie is een initiatief van het 'Consortium Congo 2010' (de Universiteit van Kisangani, het Koninklijk Museum voor Midden-Afrika, het Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen en de Nationale Plantentuin van België) en het 'Centre de Surveillance de la Biodiversité' in Kisangani om interacties en samenwerking tussen Congolese, Belgische en internationale teams en deskundigen op het gebied van biodiversiteitsonderzoek in het Congobekken te vergemakkelijken. http://congobiodiversityconference2014.africamuseum.be/

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verheyen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds de opdrachtgever. UA levert aan de opdrachtgever de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Hughes Nelika

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project handelt over het beheer en behoud van Polylepis bossen in de hoge Andes, één van de meest bedreigde ecosystemen ter wereld. Het project focust op de zuidhelling van het Tunari Nationaal Park (Bolivië) waar lokale gemeenschappen leven te midden van kleine restantanten Polylepis bos. Deze thesis stelt zich tot doel om de noden van lokale gemeenschappen en van de bewoners Cochabamba (een grote stad vlakbij het park) te verzoenen met de bescherming en het behoud van de Polylepis bossen en de daarmee geassocieerde (bedreigde) biodiversiteit. Daartoe ga ik gebruik maken van 'conservation planning software' (zoals Marxan en Zonation) om een beslissingssysteem te bouwen dat door Boliviaanse beleidsmakers kan worden gebruikt.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Strubbe Diederik
• Mandaathouder: Fastré Constance

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Voor een beter begrip van de transmissie van infecties kan een integratieve aanpak zeer nuttig zijn. Met als uiteindelijk doel het maken van stochastische, individu-gebaseerde wiskundige modellen van de overdracht van een knaagdier-overdraagbaar virus (Mopeia virus in de Afrikaanse veeltepelmuis Mastomys natalensis), gebruiken wij zowel laboratorium- als veldexperimenten om de data te verzamelen waarop de modellen gebaseerd zullen worden. Deze modellen laten dan toe om fundamentele epidemiologische theorieën te testen die tot nu toe moeilijk waren om te bewijzen maar die nu, door de unieke veldopstelling die gebruikt zal worden, toch getest kunnen worden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Borremans Benny

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds DFG. UA levert aan DFG de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht toegekend door de Universiteit Antwerpen. De promotor levert de Universiteit Antwerpen de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd door de universiteit.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Strubbe Diederik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Hughes Nelika

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project wordt een nieuw real-time plaatsbepalingssysteem ontwikkeld voor het grootschalig monitoren van bewegingen van kleine vrijlevende vogels. De uiteindelijke doelstelling is om goedkope geminiaturiseerde tags te ontwikkelen (max 1g gewicht) die spatiale informatie via ontvangsmodules op het terrein doorzenden naar een centraal ontvangstsysteem. De hoofddoelstelling van dit project is om de limieten en mogelijkheden van dit systeem duidelijk te kunnen bepalen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Weyn Maarten

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De globale doelstelling van SPEEDY is om geïntegreerde inzichten te bekomen in de respons van populaties en gemeenschappen op urbanizatie. Het geïntegreerd karakter van dit onderzoeksprogramma blijkt uit het feit dat we verschillende biologische organisatieniveau's bekijken (gemeenschappen en populaties) en dat we ons specifiek richten op interacties tussen ecologische en evolutionaire responsen (eco-evolutionaire dynamiek). Het project beoogt eveneens mechanistische verklaringen te vinden door te focusen op kenmerken van organismen, verschillende mogelijke stressoren die gepaard gaan met urbanizatie. In het project wordt op een geconcerteerde manier onderzoek verricht op verschillende groepen van organismen, en op verschillende ruimtelijke schalen. Het onderzoek zal ons toelaten om de respons van natuurlijke gemeenschappen op urbanizatie beter te kunnen voorspellen dankzij het integreren van evolutionaire responsen.genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR. UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het project heeft als hoofddoel de geïntegreerde bestrijding van perenbladvlo substantieel te verbeteren. Hierbij wordt gestreefd naar een verhoogde natuurlijke regulatie in de periodes dat hun belangrijkste vijanden onvoldoende aanwezig zijn in de boomgaard.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Mobiliteit is een van de meest essentiële karakteristieken van levende wezens, en is direct gekoppeld aan het verwerven en gebruik van ruimtelijke informatie. We testen twee algemene hypothesen aan de hand van veldobservaties en gedragsexperimenten op zangvogels: (a) individuen bouwen ruimtelijke informatie op in de loop van hun leven, die ze gebruiken bij volgende verplaatsingen, en dit leidt tot carry-over effecten tussen levensstadia; (b) individuen verschillen consistent in hun gebruik van ruimtelijke informatie, wat een deel van de binnen-populatie variatie in mobiliteit verklaart.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het begrijpen van de evolutie en de epidemiologie van RNA-virussen in hun natuurlijke gastheren is van essentieel belang voor de voorspelling en controle van opkomende infectieziektes. Arenavirussen en hantavirussen zijn RNA-virussen die meestal door knaagdieren worden overgedragen en hemorragische koorts en neurologische aandoeningen bij de mens kunnen veroorzaken. De virussen zijn uitgebreid onderzocht in Europa en Amerika, maar weinig bestudeerd in Afrika. Recente ontdekkingen van nieuwe virussen suggereren dat ze echter zeer divers zijn in Afrika. Op basis van eerdere gegevens, ging men ervan uit dat beide groepen van virussen een lange co-evolutionaire geschiedenis deelden met hun gastheren. Dit is echter niet voldoende getest voor Afrikaanse arenavirussen, en een recente studie van hantavirussen suggereert een zeer korte co-geschiedenis die gekenmerkt wordt door regelmatige overschakelingen naar andere preferentiële gastheren, hetgeen grote gevolgen heeft voor het ontstaan van nieuwe virussen en de controle ervan. Dit project wil de kloof van de wetenschappelijke kennis over deze virussen in Afrika vullen door het onderzoeken van hun biodiversiteit, biogeografie en evolutionaire geschiedenis in relatie tot die van hun gastheren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gouy de Bellocq Joëlle

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project willen we onderzoeken hoe klein - en grootschalige genetische variatie in Puumala virus (PUUV), een veelvoorkomende zoonose in Europa, gelinkt is aan heterogeniteit in PUUV epidemiologie en potentiële micro-evolutionaire patronen in België. Bijkomend, willen we de ecologische drijfkrachten van de geobserveerde genetische variatie in PUUV identificeren, rekening houdend met de genetische karakteristieken van de reservoir gastheer.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Tersago Katrien

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In tegenstelling to de grote, goed gemengde theoretische populaties die klassiek gebruikt worden in modellen voor de verspreiding van infecties, zijn de meeste natuurlijke gastheerpopulaties, incl. mensen, sociaal of ruimtelijk georganiseerd in verschillende groepen. Dit is belangrijk omdat de overdracht van infectie in een gestructureerde populatie ook zal afhangen van groepsdynamiek, inbegrepen connectiviteit via individuele verplaatsingen. Maar hoewel theoretische studies de effecten van populatiestructuur en connectiviteit op infectiedynamiek reeds hebben onderzocht, blijven de gedragsmechanismen die connectiviteit bepalen, grotendeels onbekend. Dit project will die fundamentele vraag naar de rol van sociale and ruimtelijke structuren in een populatie aanpakken, daarbij als model gebruik makend van builenpest (Yersinia pestis) en één van zijn belangrijkse gastheren, de woestijnrat Rhombomys opimus. Meer specifiek zal het project 1) nagaan hoe de verplaatsingen van woestijnratten, hun predatoren en andere secundaire gastheren bijdragen aan de connectiviteit binnen gestructureerde woestijnratpopulaties en of er daar systematische verschillen bestaan tussen verschillende landschappen; en 2) een groot veldexperiment uitvoeren om de hypothese te testen dat deze connectiviteit de verspreiding van vlooien (en mogelijk dus van builenpest) verklaart doorheen een gestructureerde gastheerpopulatie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Hughes Nelika

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Interacties tussen zangvogels en Ixodes teken worden geacht humane infectierisico's voor teekoverdraagbare ziekten te beïnvloeden. Gebruikmakend van diagnostische testen, trachten we nieuwe informatie te bekomen over de bijdrage van zangvogels en vogelteken in de terrestrische cycli van Borrelia burgdorferi s.l.. We spitsen ons toe op de infectierisico's bij vogels en de capaciteit bij vogelteken om Borrelia bacteriën over te dragen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Heylen Dieter

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Heylen Dieter

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In tegenstelling to de grote, goed gemengde theoretische populaties die klassiek gebruikt worden in modellen voor de verspreiding van infecties, zijn de meeste natuurlijke gastheerpopulaties, incl. mensen, sociaal of ruimtelijk georganiseerd in verschillende groepen. Dit is belangrijk omdat de overdracht van infectie in een gestructureerde populatie ook zal afhangen van groepsdynamiek, inbegrepen connectiviteit via individuele verplaatsingen. Maar hoewel theoretische studies de effecten van populatiestructuur en connectiviteit op infectiedynamiek reeds hebben onderzocht, blijven de gedragsmechanismen die connectiviteit bepalen, grotendeels onbekend. Dit project will die fundamentele vraag naar de rol van sociale and ruimtelijke structuren in een populatie aanpakken, daarbij als model gebruik makend van builenpest (Yersinia pestis) en één van zijn belangrijkse gastheren, de woestijnrat Rhombomys opimus. Meer specifiek zal het project 1) nagaan hoe de verplaatsingen van woestijnratten, hun predatoren en andere secundaire gastheren bijdragen aan de connectiviteit binnen gestructureerde woestijnratpopulaties en of er daar systematische verschillen bestaan tussen verschillende landschappen; 2) een groot veldexperiment uitvoeren om de hypothese te testen dat deze connectiviteit de verspreiding van vlooien (en mogelijk dus van builenpest) verklaart doorheen een gestructureerde gastheerpopulatie; en 3) zoeken naar complexe maar coherente ruimtelijke patronen in de verspreiding van geïnfecteerde groepen, gebruik makend van punt-patroon analyse.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Hughes Nelika

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ontwikkelingshomeostase is een sleutelfaktor in het evolutionaire proces. Hierdoor kan immers fenotypische consistentie worden verzekerd, ondanks omgevings- en genetische variatie, en kan genetische variatie vrijwaard worden van selektie. Ondanks een grote interesse in kanalisatie en ontwikkelingsstabiliteit, de twee voornaamste componenten van ontwikkelingsbuffering, is het mechanisme hierachter nog niet goed begrepen. Dit project stelt zich tot doel om het verband tussen de kanalisatie and ontwikkelingsstabiliteit te onderzoeken en inzicht te krijgen in hun werking, door hun variatiepatronen te bestuderen in verschillende modelsoorten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Co-promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Breno Matteo

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Voor een beter begrip van de transmissie van infecties kan een integratieve aanpak zeer nuttig zijn. Met als uiteindelijk doel het maken van stochastische, individu-gebaseerde wiskundige modellen van de overdracht van een knaagdier-overdraagbaar virus (Mopeia virus in de Afrikaanse veeltepelmuis Mastomys natalensis), gebruiken wij zowel laboratorium- als veldexperimenten om de data te verzamelen waarop de modellen gebaseerd zullen worden. Deze modellen laten dan toe om fundamentele epidemiologische theorieën te testen die tot nu toe moeilijk waren om te bewijzen maar die nu, door de unieke veldopstelling die gebruikt zal worden, toch getest kunnen worden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Borremans Benny

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De evolutionaire interacties van gastheer-pathogeen systemen zijn fundamenteel biologisch gezien zeer interessant, maar dragen ook bij tot een beter begrip van de ecologie en epidemiologie van infecties. Het Mopeia virus (MOPV) is nauw verwant aan het voor de mens gevaarlijke Lassa virus (LASV) en heeft dezelfde knaagdier gastheer, Mastomys natalensis. MOPV is echter niet pathogeen voor de mens wat de studie van de ecologie en evolutie van deze arenavirussen in natuurlijke gastheerpopulaties vergemakkelijkt. Het doel van dit doctoraatsvoorstel is om de genetische basis van de MOPV-Mastomys natalensis interactie te achterhalen, om uiteindelijk de MOPV dynamica in termen van evolutie en populatie-ecologie in zijn gastheerpopulatie na te gaan.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Gouy de Bellocq Joëlle
• Mandaathouder: Gryseels Sophie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Helsen Sanne

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een dienstverleningsopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR. UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De Europese bever (Castor fiber) is na een afwezigheid van meer dan een eeuw illegaal geherintroduceerd in België. Ik zal nagaan welke de habitatvereisten zijn, en welke nog niet ingenomen gebieden geschikt zijn voor de bever. Vervolgens wordt geanalyseerd hoe gemakkelijk deze gebieden bereikt kunnen worden. Ook wordt er onderzocht welke riviereigenschappen bepalen of er dammen gebouwd zullen worden. Tenslotte wordt bekeken op welke plaatsen in Vlaanderen deze dammen de grootste economische schade kunnen veroorzaken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Swinnen Kristijn

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds EU. UA levert aan EU de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds IWT. UA levert aan IWT de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Mandaathouder: Iserbyt Arne

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De kans dat een niet-inheemse soort zich kan vestigen en invasief worden in zijn nieuw verspreidingsgebied hangt af van de interactie tussen soortspecifieke kenmerken en eigenschappen van het geinvadeerde ecosysteem. Ondanks dit inzicht blijft het moeilijk om te voorspellen welke soorten invasief kunnen worden in een bepaald gebied, of om te verklaren waarom sommige introducties succesvol zijn waar andere falen. Dit komt, minstens ten dele, omdat de rol van genetische diversiteit en variatie tijdens het invasieproces tot nu toe sterk onderbelicht gebleven is. Deze pilootstudie zal gebruik maken van de invasie van Europa door de Afro-Aziatische halsbandparkiet (Psittacula krameri) om na te gaan in welke mate dat de genetische variatie binnen een populatie samenhangt met de populatiegroei en geografische uitbreiding van die populatie. Ook zal er onderzocht worden of de genetische variatie tussen de Europese parkietpopulaties gerelateerd is aan klimaatsfactoren. Dit project zal nieuwe kennis opleveren over de rol van (intraspecifieke) genetische variatie tijdens het invasieproces. Deze inzichten kunnen dan toelaten om populaties te identificeren die het meeste kans maken om zich snel aan de heersende en toekomstige (klimaat)omstandigheden aan te passen, of om in te schatten hoe het invasief karakter van populaties kan veranderen met klimaatsverandering.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Strubbe Diederik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Studie van de vermindering in ontwikkelingsstabiliteit bij planten die blootgesteld werden aan verschillende dosissen van radioactieve straling te Chernobyl.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds Belspo. UA levert aan Belspo de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: Bots Jessica

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Gouy de Bellocq Joëlle

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De kans dat door de mens geïntroduceerde, niet-inheemse soorten zich in een bepaald gebied kunnen vestigen valt moeilijk in te schatten. Vaak wordt er van uit gegaan dat de (potentiële) verspreiding van een soort kan ingeschat worden aan de hand van zijn niche in het oorspronkelijk verspreidingsgebied. In dit project wordt er gebruik gemaakt van de invasie van Europa door verschillende exotische vogelsoorten om deze veronderstelling na te gaan. Een verandering in niche (een 'niche shift') tijdens het invasieproces zou immers kunnen verklaren waarom soorten in hun nieuw verspreidingsgebied soms andere habitats innemen dan diegene waarin ze in hun oorspronkelijk areaal voorkomen. Ook zal er, aan de hand van de invasie van de halsbandparkiet (Psittacula krameri) in meerdere Europese landen, nagegaan worden op welke manier dat intraspecifieke variatie in de niche van een soort voorspellingen over vestigingskansen kan beïnvloeden. Geografische variatie in de niche van een soort kan leiden tot geografische verschillen in de soort-habitat relaties, wat tot zowel een over- als een onderschatting van de invasiekans kan leiden. In verschillende Europese steden komen meerdere uitheemse parkietsoorten voor, wat toelaat om te onderzoeken of interspecifieke interacties tussen deze soorten een (positieve of negatieve) invloed hebben op de vestigingskans van deze soorten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: Strubbe Diederik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR. UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Verheyen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De doelstelling van dit project is om gastheerspecialisatie en genetische populatiestructuur te onderzoeken bij een ecologisch sterk gespecialiseerde teek nl. I. arboricola. Dit project zal belangrijke nieuwe inzichten leveren in de evolutie van gastheerspecialisatie bij teken en bij parasieten in het algemeen, en de mechanismen die hierbij een rol spelen. Daarnaast zal het project meer inzicht geven in gastheerkeuze, transmissie en dispersie in een groep van ectoparasieten met hoge maatschappelijke relevantie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Om genetische factoren betrokken bij de evolutie van arenavirus-knaagdier interacties te bepalen, zal ik genetische merkers betrokken bij de cellulaire gastheer-parasietinteractie van drie Muridae-arenavirus systemen karakteriseren: Morogoro virus in Mastomys natalensis en twee nieuwe arenavirussen die ik in 2008 ontdekte in Mus minutoides en Lemniscomys rosalia. Ik zal vervolgens het polymorfisme van deze merkers in de natuur onderzoeken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gouy de Bellocq Joëlle

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ontwikkelingsinstabiliteit (OI), de gevoeligheid van een ontwikkelend systeem tegen random verstoring, wordt verondersteld een maat te zijn voor de kwaliteit en 'gezondheid' van individuen en/of populaties. In deze pilootstudie wordt nagegaan of OI toegepast kan worden als betrouwbare en gevoelige merker voor mogelijke teratogene effecten bij proefdieren in farmatoxicologisch onderzoek.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Bots Jessica

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ontwikkelingsinstabiliteit (OI), de gevoeligheid van een ontwikkelend systeem tegen random verstoring, wordt verondersteld een maat te zijn voor de kwaliteit en 'gezondheid' van individuen en/of populaties. De literatuur is echter erg heterogeen, en het gebrek aan inzichten in de mechanismen die de mate van OI bepalen maken het onmogelijk deze heterogeniteit te begrijpen. In dit project trachten we de mechanismen van OI dieper te doorgronden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Co-promotor: Bots Jessica

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze studie test de hypothese dat dispersie-gerelateerde kenmerken onderhevig zijn aan verschillende selectiedrukken in functie van de isolatie en levensduur van populaties. De rugstreeppad wordt hiervoor als modelsoort gebruikt. Padden worden verzameld in enerzijds kleine geïsoleerde populaties, en anderzijds in grotere netwerkpopulaties, en opgekweekt in een "common environment". Op deze dieren worden een aantal kenmerken onderzocht die mogelijk gekoppeld zijn aan dispersie (verbreiding) zoals ontwikkeling, morfologie, locomotie, exploratiegedrag en habitatvoorkeur. We onderzoeken in hoeverre deze kenmerken verschillen tussen populaties, of deze kenmerken onderling gekoppeld zijn, en in hoeverre de populaties verschillen in neutrale (moleculaire) kenmerken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Van Damme Raoul
• Mandaathouder: Maes Joke

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De evolutionaire interacties van gastheer-pathogeen systemen zijn fundamenteel biologisch gezien zeer interessant, maar dragen ook bij tot een beter begrip van de ecologie en epidemiologie van infecties. Het Mopeia virus (MOPV) is nauw verwant aan het voor de mens gevaarlijke Lassa virus (LASV) en heeft dezelfde knaagdier gastheer, Mastomys natalensis. MOPV is echter niet pathogeen voor de mens wat de studie van de ecologie en evolutie van deze arenavirussen in natuurlijke gastheerpopulaties vergemakkelijkt. Het doel van dit doctoraatsvoorstel is om de genetische basis van de MOPV-Mastomys natalensis interactie te achterhalen, om uiteindelijk de MOPV dynamica in termen van evolutie en populatie-ecologie in zijn gastheerpopulatie na te gaan.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Gouy de Bellocq Joëlle
• Mandaathouder: Gryseels Sophie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De algemene doelstelling van dit project is om te onderzoeken hoe individuele gedragsvariatie, bij nakomelingen zowel als ouders, kan leiden tot variatie in dispersie in natuuurlijke populaties. We gebruiken de koolmees als modelsoort waarbij we dispersiedata betrekken uit een lopende populatiestudie in een gebied met verschillende kleine bosfragmenten. Voor het persoonlijkheidsonderzoek baseren we ons op voorgaand onderzoek waarbij een standaard exploratiescore informatie blijkt te geven over aangeboren gedragsvariatie. We gaan na in hoeverre verschillende aspecten van ruimtelijk gedrag (dispersie, home-ranges, familieverplaatsingen tijdens de ouderzorg) gecorreleerd zijn met elkaar en met persoonlijkheidsvariatie. We onderzoeken ook de respons in ruimtelijk gedrag op experimentele veranderingen in voedselaanbod. Deze gedragsvariatie wordt ook gekoppeld aan beschikbare informatie over fitness (overleving en voortplanting).

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: van Overveld Thijs

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project zal onderzocht worden wat de rol is van ontwikkelingsstabiliteit bij het bepalen van morfologische verschillen tussen veeltepelmuizen met verschillende groeitrajecten, die op hun beurt overeenkomen met verschillende voedselomstandigheden. Het onderzoek spitst zich dan ook toe op de schedelmorfologie omdat deze een directe link met voeding vertoont.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Co-promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Breno Matteo

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze studie heeft als doel het achterhalen van de mechanismen verantwoordelijk voor de huidige complexe diversiteit en verspreiding bij Europese hantavirussen. Hierbij staat het ontrafelen van historische (bvb. lokale extinctie, dispersiepatronen) en evolutieve (bvb. lokale adaptatie, co-evolutie) processen centraal. Dit zal gebeuren a.d.h.v. het opstellen, analyseren en vergelijken van fylogenieën en fylogeografieën van zowel hantavirussen als hun gastheren, op basis van neutrale merkers (voor historische processen) en functionele genen (voor selectie-processen).

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Borremans Benny

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds IWT. UA levert aan IWT de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds de KMDA. UA levert aan de KMDA de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Met dit project beogen we een bijdrage te leveren tot het ontrafelen van het belang van (recente) selectiedrukken en evolutionaire respons op de mate van OI en de gevoeligheid hiervan als maat voor stress en fitness. Hiervoor bestuderen we enerzijds kenmerken die onder seksuele selectie staan of waarvan de evolutionaire veranderingen relatief oud zijn én kenmerken waarvan de evolutionaire veranderingen veel recenter zijn.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR . UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: D'Haese Luc

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Met dit project beogen we een bijdrage te leveren tot het ontrafelen van het belang van (recente) selectiedrukken en evolutionaire respons op de mate van OI en de gevoeligheid hiervan als maat voor stress en fitness. Hiervoor bestuderen we enerzijds kenmerken die onder seksuele selectie staan of waarvan de evolutionaire veranderingen relatief oud zijn én kenmerken waarvan de evolutionaire veranderingen veel recenter zijn.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Co-promotor: Van Damme Raoul

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Wijzigingen in milieuomstandigheden (vb. klimaat) kunnen een invloed uitoefenen op de ecologie van infecties, via veranderende aantallen van natuurlijke gastheren of door veranderingen in de transmissiesnelheden van een infectie (rechtstreeks of via vectoren). Dit project onderzoekt dergelijke effecten, d.m.v. waarnemingen, experimenten en mathematische modellen, voor vijf geselecteerde modelsystemen (hantavirus bij woelmuizen, pest in woestijnratten, areanavirus in Afrikaanse muizen, dengue bij mensen en rotavirussen in gevaccineerde mensenpopulaties). De verworven inzichten worden gebruikt om veranderingen in de "ziektelast" te evalueren, met en zonder bestrijding.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Beutels Philippe
• Co-promotor: Van Damme Pierre
• Co-promotor: Verhagen Ron

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Crespin Laurent
• Co-promotor: Van Gossum Hans

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gouy de Bellocq Joëlle

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Oorwormen, Forficula auricularia (L.) (Dermaptera, Forficulidae), zijn belangrijke predatoren in boomgaarden. Uit experimentele studies blijkt dat ze belangrijke plagen onder controle kunnen houden in zowel appel- als perenteelten. Hierbij denken we vooral aan diverse luizen en perenbladvlo. Oorwormen zouden dus een belangrijke rol kunnen spelen in de geïntegreerde fruitteelt en vormen een essentiële schakel in de biologische fruitteelt. Het probleem vormt zich echter doordat de oorwormpopulatie een grote jaarlijkse variatie vertoont in densiteiten. Hierdoor kunnen ze geen betrouwbare bijdrage leveren voor de landbouwer en blijft het praktisch nut beperkt. Om deze problematiek aan te pakken zal er een populatiemodel worden gebouwd. Hiermee kan de populatie met behulp van gevoeligheidsanalyses geanalyseerd worden, zodat kritische periodes in de levenscyclus alsook sleutelfactoren geïdentificeerd kunnen worden. Dit moet leiden tot een optimaal boomgaardbeheer, waarbij men rekening houdt met de invloed van abiotisch en biotische factoren enerzijds en de impact van menselijke ingrepen anderzijds op de oorwormenpopulatie. Er is echter te weinig relevante biologische informatie beschikbaar om een dergelijk model te maken. Met behulp van de reeds goedgekende en bestudeerde fenologie van de oorworm kan er bepaald worden welke parameters relevant zijn voor deze studie. Deze parameters vereisen een uitgebreide kennis van ontwikkelingstijden, overlevingskansen, fecunditeit en reproductiecijfers, dat kan bereikt worden door een combinatie van veld -en labo-experimenten. In dit project zal de aandacht vooral uitgaan naar densiteitafhankelijke factoren zoals parasitisme (door sluipvliegen), predatie, intra- en interspecifieke competitie. Deze factoren zijn slechts zeer summier gekend en vormen bijgevolg een groot hiaat in de noodzakelijke kennis om de populatie te modelleren en te simuleren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Moerkens Rob

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Mandaathouder: Iserbyt Arne

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project wordt een landschapsecologisch model uitgewerkt dat kwantitatieve uitspraken toelaat over het effect van geplande of gerealiseerde ingrepen in het Havengebied op de verbindingsmogelijkheden tussen natuurlijke dierenpopulaties. Het model is gebaseerd op de analyse van minimale-kostpaden in functie van landschappelijke weerstand. Het model wordt afgestemd op een aantal doelsoorten waaronder rugstreeppad, vleermuizen en enkele nog te bepalen soorten. Het project zal een bruikbaar instrument leveren om het functioneren van de Ecologische Infrastructuur in de haven te kunnen monitoren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Meire Patrick

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Jordaens Kurt

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR. UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Verhagen Ron

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ontwikkelingsinstabiliteit (OI), de gevoeligheid van een ontwikkelend systeem tegen random verstoring, wordt verondersteld een maat te zijn voor de kwaliteit en 'gezondheid' van individuen en/of populaties. De literatuur is echter erg heterogeen, en het gebrek aan inzichten in de mechanismen die de mate van OI bepalen maken het onmogelijk deze heterogeniteit te begrijpen. In dit project trachten we de mechanismen van OI dieper te doorgronden

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project beoogt het modelleren van de leefbaarheid van bedreigde vogelpopulaties in een sterk versnipperde biodiversiteitshotspot in Kenya op basis van demografische data, gedragsobservaties en analyses van landschapsconnectiviteit. De resultaten worden geïntegreerd in een multidisciplinair onderzoek naar prioriteiten voor herbebossingsprojecten in het studiegebied.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: Aben Job

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Een eerste vereiste zal zijn om de kleine zoogdierfauna van de gewijzigde gebieden rond Kisangani grondig taxonomisch te beschrijven. De regenwoudfauna bevat een aantal cryptische of zelfs nog niet beschreven vormen. Een gedetailleerde taxonomische studie van de kleine zoogdieren in de antropogene gebieden en een vergelijking met de oorspronkelijke fauna moet dan ook toelaten om uit te maken welke exact de soorten zijn die zich met succes hebben kunnen handhaven onder de gewijzigde biotoopsomstandigheden. De tweede doelstelling is om de dynamiek, demografie en life-history eigenschappen te vergelijken van de populaties in de antropogene gebieden met de conspecifieke populaties in het regenwoud. Dit werk zal gebaseerd zijn op vangst-hervangststudies. De derde doelstelling is om van de beschreven soorten de genetische structuur na te gaan en opnieuw te vergelijkingen met die van dezelfde soorten in het regenwoud. Hierbij zal gekeken worden naar de genetische variatie op populatieniveau binnen het regenwoud en de secundaire graslanden, de structurering van de populatie, het voorkomen van eiland- of foundereffecten, de uitwisseling van genetisch materiaal met naburige populaties in oorspronkelijke en antropogene biotopen met daarbij de vraag in hoeverre de populaties in de savannes autonoom functioneren, dan wel telkens terug aangevuld worden uit omgevende regenwoudpopulaties.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Kennis Jan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VLIR. UA levert aan VLIR de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project worden factoren bestudeerd die de lange-termijn overleving van vier Afrotropische vogelsoorten beïnvloeden die gevoelig zijn aan habitatverstoring en isolatie, en dit op verschillende schaalniveaus. Hiertoe verzamelen we nieuwe data over habitatvereisten en demografie van vogels en biotische en abiotische groeicondities van bomen, en combineren deze met reeds beschikbare gegevens en een gedetailleerde landgebruikskaart.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het doel van mijn onderzoek is na te gaan welke intrinsieke, extrinsieke en genetische factoren van belang zijn bij de interacties tussen het Mopeia virus en de veeltepelmuis Mastomys natalensis in vrijlevende populaties. In een eerste stap zullen we MHC genen isoleren en beschrijven, ortholoog aan genen die geassocieerd zijn met de immuunrespons tegen RNA-virussen bij andere knaagdieren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Gouy de Bellocq Joëlle

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het samen voorkomen van meerdere vormen binnen een soort vormt een uitdaging vanuit een evolutionair denkkader. Huidige verklaringen voor het verklaren van vrouwgelimiteerde polymorfismen schieten tekort voor de recent waargenomen, veel ruimer dan eerder geapprecieerde, variatie in vrouwelijke vormfrequenties. Studie van de relatie tussen densiteiten en frequenties enerzijds, en vormspecifieke fitness, gedrag en morfologie anderzijds moet toelaten om te komen tot een meer algemene geldende verklaring.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Mandaathouder: Iserbyt Arne

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De algemene doelstelling van deze wetenschappelijke opdracht is een aantal onderzoeksvragen te beantwoorden via een state-of-the-art statistische analyse van de meer complexe data zoals overlevingspatronen, populatiestructuur en erfelijke variatie. Met name meer open vraagstellingen op langere termijn, zoals veranderingen in life-history kenmerken door klimaatsverandering en de rol van genetische variatie hierbij zullen onderzocht worden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De doelstellingen van dit project zijn volgende aspecten te onderzoeken: i) ruimtelijke en temporele patronen van MV aanwezigheid in relatie tot de poulatiedynamiek van M. natalensis en omgevingsfactoren in Tanzania en ii) de rol van MV in de evolutie van de gastheerpopulaties. Meer in het bijzonder, zal ik de volgende vragen aanpakken: 1- Is er een ruimtelijk-temporeel patron in het voorkomen van MV bij M. natalensis populaties naargelang hun populatiedynamiek? 2- Welke demografische eigenschappen beïnvloeden de kans dat een individuele muis besmet is of raakt? 3- Welke biotoopkenmerken zijn gecorreleerd aan het voorkomen van MV? 4- Wat is de evolutionaire impact van MV op de gastheerpopulaties, m.n. op het MHC-polymorfisme?

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Gouy de Bellocq Joëlle

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze studie test de hypothese dat dispersie-gerelateerde kenmerken onderhevig zijn aan verschillende selectiedrukken in functie van de isolatie en levensduur van populaties. De rugstreeppad wordt hiervoor als modelsoort gebruikt. Padden worden verzameld in enerzijds kleine geïsoleerde populaties, en anderzijds in grotere netwerkpopulaties, en opgekweekt in een "common environment". Op deze dieren worden een aantal kenmerken onderzocht die mogelijk gekoppeld zijn aan dispersie (verbreiding) zoals ontwikkeling, morfologie, locomotie, exploratiegedrag en habitatvoorkeur. We onderzoeken in hoeverre deze kenmerken verschillen tussen populaties, of deze kenmerken onderling gekoppeld zijn, en in hoeverre de populaties verschillen in neutrale (moleculaire) kenmerken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Co-promotor: Van Damme Raoul
• Mandaathouder: Maes Joke

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De algemene doelstelling van dit project is om te onderzoeken hoe individuele gedragsvariatie, bij nakomelingen zowel als ouders, kan leiden tot variatie in dispersie in natuuurlijke populaties. We gebruiken de koolmees als modelsoort waarbij we dispersiedata betrekken uit een lopende populatiestudie in een gebied met verschillende kleine bosfragmenten. Voor het persoonlijkheidsonderzoek baseren we ons op voorgaand onderzoek waarbij een standaard exploratiescore informatie blijkt te geven over aangeboren gedragsvariatie. We gaan na in hoeverre verschillende aspecten van ruimtelijk gedrag (dispersie, home-ranges, familieverplaatsingen tijdens de ouderzorg) gecorreleerd zijn met elkaar en met persoonlijkheidsvariatie. We onderzoeken ook de respons in ruimtelijk gedrag op experimentele veranderingen in voedselaanbod. Deze gedragsvariatie wordt ook gekoppeld aan beschikbare informatie over fitness (overleving en voortplanting).

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: van Overveld Thijs

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het samen voorkomen van meerdere vormen binnen een soort vormt een uitdaging vanuit een evolutionair denkkader. Huidige verklaringen voor het verklaren van vrouwgelimiteerde polymorfismen schieten tekort voor de recent waargenomen, veel ruimer dan eerder geapprecieerde, variatie in vrouwelijke vormfrequenties. Studie van de relatie tussen densiteiten en frequenties enerzijds, en vormspecifieke fitness, gedrag en morfologie anderzijds moet toelaten om te komen tot een meer algemene geldende verklaring.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Gossum Hans

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De genetische basis van ontwikkelingsinstabiliteit en de overerfbaarheid ervan is slechts beperkt gekend. In dit project zal de overerfbaarheid en genetische basis ervan bestudeerd worden aan de hand van klassieke quantitatieve genetische experimenten, QTL mapping en micro-array technieken. Aangezien de mate van ontwikkelingsinstabiliteit vaak stijgt onder stress zal de genetische en moleculaire architectuur onder verschillende stress factoren onderzocht worden

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Co-promotor: De Coen Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Minimale-kost modellen worden in toenemende mate gebruikt als eenvoudig GIS instrument om connectiviteit tussen habitatplekken te kwantificeren. Ondanks de eenvoudige toepasbaarheid van deze methode zijn er weinig gegevens beschikbaar om te valideren of de gemodelleerde dispersiepaden overeen stemmen met de realiteit. We gebruiken een combinatie van empirische data en gedragsmodellen om dit te toetsen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik
• Mandaathouder: Driezen Kassandra

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Oorwormen, Forficula auricularia (L.) (Dermaptera, Forficulidae), zijn belangrijke predatoren in boomgaarden. Uit experimentele studies blijkt dat ze belangrijke plagen onder controle kunnen houden in zowel appel- als perenteelten. Hierbij denken we vooral aan diverse luizen en perenbladvlo. Oorwormen zouden dus een belangrijke rol kunnen spelen in de geïntegreerde fruitteelt en vormen een essentiële schakel in de biologische fruitteelt. Het probleem vormt zich echter doordat de oorwormpopulatie een grote jaarlijkse variatie vertoont in densiteiten. Hierdoor kunnen ze geen betrouwbare bijdrage leveren voor de landbouwer en blijft het praktisch nut beperkt. Om deze problematiek aan te pakken zal er een populatiemodel worden gebouwd. Hiermee kan de populatie met behulp van gevoeligheidsanalyses geanalyseerd worden, zodat kritische periodes in de levenscyclus alsook sleutelfactoren geïdentificeerd kunnen worden. Dit moet leiden tot een optimaal boomgaardbeheer, waarbij men rekening houdt met de invloed van abiotisch en biotische factoren enerzijds en de impact van menselijke ingrepen anderzijds op de oorwormenpopulatie. Er is echter te weinig relevante biologische informatie beschikbaar om een dergelijk model te maken. Met behulp van de reeds goedgekende en bestudeerde fenologie van de oorworm kan er bepaald worden welke parameters relevant zijn voor deze studie. Deze parameters vereisen een uitgebreide kennis van ontwikkelingstijden, overlevingskansen, fecunditeit en reproductiecijfers, dat kan bereikt worden door een combinatie van veld -en labo-experimenten. In dit project zal de aandacht vooral uitgaan naar densiteitafhankelijke factoren zoals parasitisme (door sluipvliegen), predatie, intra- en interspecifieke competitie. Deze factoren zijn slechts zeer summier gekend en vormen bijgevolg een groot hiaat in de noodzakelijke kennis om de populatie te modelleren en te simuleren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Moerkens Rob

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Builenpest, een zoönotische ziekte die natuurlijk voorkomt in kleine zoogdieren als gastheer en wordt overgedragen door vlooien (als vectoren), vormt nog steeds een bedreiging voor de mens in verscheidene gebieden wereldwijd. Hoewel de ziekte veroorzaakt wordt door slechts één bacterie, m.n. Yersinia pestis, is de levenscyclus en de ecologie ervan zeer complex en, tot op heden, nog niet volledig begrepen. Deze studie beoogt een significante bijdrage te leveren aan het begrijpen van de mechanismen die verantwoordelijk zijn voor de aanwezigheid van builenpest in bepaalde gebieden. Verder tracht deze studie onderliggende ecologische factoren te bepalen die het ruimtelijk voorkomen van builenpest beïnvloeden en potentiële risicogebieden voor pest in Afrika af te bakenen. Er is echter weinig houvast voor het formuleren van duidelijke hypotheses en het vastleggen van een eenduidige schaal waarop gewerkt moet worden. Daarom wordt geopteerd om op drie verschillende schaalniveaus te opereren. In de eerste plaats zal het raadsel "pest" benaderd worden op het niveau van het continent Afrika, dat de laatste tientallen jaren getroffen wordt door de overgrote meerderheid (meer dan 90%) van alle ziektegevallen. Het probleem zal benaderd worden aan de hand van een eerder recente techniek in de studie naar de ecologie en systematiek van overdraagbare ziekten, m.n. Ecological Niche Modeling (ENM). Zo zal getracht worden een brede kijk te krijgen op de ruimtelijke en ecologische verspreiding van menselijke ziektegevallen. Ecologische niches en potentiële verspreidingsgebieden zullen gemodelleerd worden gebruik makend van het Genetic Algoritm for Rule-set Prediction (GARP). Hiervoor zijn twee soorten data nodig; enerzijds gegevens die geheel Afrika bedekken en die informatie bevatten over verschillende omgevingsvariabelen (bijvoorbeeld hoogte, landbedekking/-gebruik, meteorologische data) en anderzijds, gegevens die informatie bevatten over de aanwezigheid van pest in bepaalde gebieden in Afrika (meer bepaald plaats, tijdstip en aantal menselijke pestgevallen per gebied). In eerste instantie zal deze informatie bijeengezocht en verzameld worden in een GIS databank, om er vervolgens ENM op toe te passen. Vervolgens zal het onderzoek verder worden toegespitst op twee endemische pestgebieden, m.n. Lushoto district (Tanzania) en Ituri district (Democratische Republiek Congo). Er zal gewerkt worden op dezelfde wijze als op continentaal niveau, behalve dat de schaal en de inputdata verschillend zullen zijn. Uiteindelijk zal opnieuw verder ingezoomd worden, meer bepaald op enkele pestvrije en met pest besmette dorpen in Lushoto. Abiotische (o.a. bodem- en klimaateigenschappen) en biotische (species van kleine zoogdieren en hun vlooien) eigenschappen van de dorpen zullen worden verzameld en vergeleken, teneinde dieperliggende omgevingsvariabelen die (mede-)bepalend zijn voor het ruimtelijk voorkomen van pest te achterhalen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Neerinckx Simon

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Huidige verklaringen voor de evolutie van vrouwgelimiteerde polymorfismen schieten tekort voor de recent waargenomen, veel ruimer dan eerder geapprecieerde, geografische variatie in vrouwelijke vormfrequenties. Een verkennende genetische studie laat toe om enkele plausibele redenen voor de waargenomen variatie in vormfrequenties te evalueren. Om tot meer omvattende verklaringen te komen beoog ik de studie van de gevolgen van deze variatie in vormfrequenties op het gedrag en de morfologie van vrouwelijke vormen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Gossum Hans

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project maakt gebruik van de landslak Succinea putris om een aantal recente hypothesen te testen rond seksuele selectie en 'sperm-trading' bij hermafrodiete dieren: 1) individuen schatten de kwaliteit van hun partner in zelfs tijdens de kopulatie, 2) individuen veranderen de fysiologie van hun partner om hun fertilizatiekansen te verhogen, 3) individuen alloceren meer naar mannelijke organen bij hogere populatiedensiteiten en 4) reciproke sperma-overdracht leidt niet noodzakelijk tot reciproke bevruchting.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Jordaens Kurt

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Van Gossum Hans

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Een eerste vereiste zal zijn om de kleine zoogdierfauna van de gewijzigde gebieden rond Kisangani grondig taxonomisch te beschrijven. De regenwoudfauna bevat een aantal cryptische of zelfs nog niet beschreven vormen. Een gedetailleerde taxonomische studie van de kleine zoogdieren in de antropogene gebieden en een vergelijking met de oorspronkelijke fauna moet dan ook toelaten om uit te maken welke exact de soorten zijn die zich met succes hebben kunnen handhaven onder de gewijzigde biotoopsomstandigheden. De tweede doelstelling is om de dynamiek, demografie en life-history eigenschappen te vergelijken van de populaties in de antropogene gebieden met de conspecifieke populaties in het regenwoud. Dit werk zal gebaseerd zijn op vangst-hervangststudies. De derde doelstelling is om van de beschreven soorten de genetische structuur na te gaan en opnieuw te vergelijkingen met die van dezelfde soorten in het regenwoud. Hierbij zal gekeken worden naar de genetische variatie op populatieniveau binnen het regenwoud en de secundaire graslanden, de structurering van de populatie, het voorkomen van eiland- of foundereffecten, de uitwisseling van genetisch materiaal met naburige populaties in oorspronkelijke en antropogene biotopen met daarbij de vraag in hoeverre de populaties in de savannes autonoom functioneren, dan wel telkens terug aangevuld worden uit omgevende regenwoudpopulaties.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Kennis Jan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Polymorfismen komen in de natuur zeer algemeen voor. Bij vele soorten waterjuffers worden meerdere discrete vrouwelijke vormen in natuurlijke populaties waargenomen. Het vrouwelijke fenotype dat qua lichaamskleur en soms ook qua gedrag op het conspecifieke mannetje lijkt wordt andromorf genoemd, terwijl het gynomorfe fenotype duidelijk verschillend van het mannetjes en andromorfen. Recent onderzoek geeft aan dat de expressie van een kleurvorm genetisch bepaald is en dat selectieprocessen een belangrijke rol spelen bij hun coëxistentie. Huidige adaptieve hypothesen veronderstellen dat een conflict tussen de seksen aan de basis ligt van dit vrouwgelimiteerd polymorfisme bij waterjuffers. Meer in detail worden vrouwtjes teveel lastiggevallen door paarlustige mannetjes en dit zou leiden tot differentiële fitness-kosten voor andro- en gynomorfen. Het hoofddoel van dit onderzoek is beter inzicht te verwerven in het voortbestaan en de evolutie van vrouwelijke kleurvormen bij waterjuffers. Er wordt voornamelijk aandacht besteed aan de volgende 4 aspecten: ¿Hoewel dit een cruciale assumptie vormt, ontbreekt het aan studies die testen of het conflict tussen de seksen effectief leidt tot vormspecifieke fitness-kosten. Deze vraag wordt op experimentele wijze onderzocht door kleurvormen, ondergebracht in vliegkooien, bloot te stellen aan een verschillend aantal copulaties en verschillende gradaties van mannelijk lastigvallen. Vervolgens wordt nagegaan wat de effecten hiervan zijn op levensduur en fecunditeit. Tevens wordt het mannelijk lastigvallen van vrouwelijke vormen in natuurlijke populaties gekwantificeerd. Finaal wordt nagegaan of het vrouwelijk gedrag varieerd onder verschillende densiteiten en frequenties. ¿Spatiale en temporele variatie in de frequentie van de vrouwelijke vormen in natuurlijke populaties zal gekwantificeerd worden. Dit gebeurd aan de hand van een gestandaardiseerde methodiek, door middel van observaties in afgebakende transecten of door een uniforme vangsttechniek met een insectennet. ¿Verschillen in lichaamskleur en/of gedrag spelen een belangrijke rol in de thermische ecologie van een soort. Algemeen warmen donkere individuen sneller op dan lichtere waardoor ze meer actief (bvb. ontwijken predatoren, rijpen van eieren) kunnen zijn bij minder geschikte weersomstandigheden wat uiteindelijk leidt tot een fitnessvoordeel. In dit kader zal ik de thermische karakteristieken van mannetjes en de vrouwelijke kleurvormen bestuderen onder experimentele condities en in hun natuurlijke populatie. ¿Hypothesen suggereren dat de vrouwelijke kleurvormen verschillen in kosten en baten bij verschillende omgevingsomstandingheden met als gevolg dat hun fitness variabel is. Ik zal het bestaan van variatie in fitness bestuderen onder wijzigende populatiecondities (gedurende een volledig vliegseizoen). Er wordt geopteerd voor het bepalen van verschillende conditiematen (korte en lange termijn) zodat de conditie tijdens verschillende fasen in het leven van een individu kunnen ingeschat worden. De lichaamslengte en de ontwikkelingstabiliteit (fluctuerende assymetrie) weerspiegelen de conditie van het individu tijdens het larvale stadium (lange termijn). De aanwezige energiereserves van het individu geven een maat voor de huidige voedingsstatus die gevoelig is aan variabele omgevingsomstandigheden (korte termijn).

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Mandaathouder: Bots Jessica

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoek naar de toepassing van Remote Explosive Scent Detection (REST) met behulp van Afrikaanse hamsterratten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verhagen Ron

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Morfologische ontwikkeling wordt beïnvloed door deterministische (omgeving en genotype) en stochastische (ontwikkelingsstabiliteit en kanalisatie) processen. Deze laatste vormen een potentiële een maat voor stress en kunnen een belangrijke rol spelen in evolutionaire processen. Tijdens dit onderzoek zal nagegaan worden in welke mate ontwikkelingsstabiliteit en kanalisatie in de schedel dalen met voedselstress bij de veeltepelmuis (Mastomys natalensis), en in welke mate deze stochastische processen een genetische basis hebben.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Co-promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: D'Haese Luc

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De studie is opgezet als een vergelijking tussen de omgeving van de vijf focale dorpen met de hoogste frequentie en incidentie van pest, en vijf dorpen in de onmiddellijke ongeving maar met weinig tot geen pestgevallen. De keuze van de "negatieve" dorpen gebeurt na een eerste stap van "ecological niche modelling" waarbij dan negatieve dorpen gekozen worden die zo goed mogelijk gelijken op de focale dorpen. Dit werk zal gebeuren over het hele gebied van het district (ruwweg 40+x40 km), in een georeferenced GIS-database. Daarna worden in de geselecteerde positieve en negatieve dorpen gegevens verzameld over fysische en chemische gegevens. Samen met de andere gegevens in de GIS-database, en de reeds bestaande gegevens over het gedrag van de inwoners in de streek, zal deze informatie dan dienen om de gebieden met en zonder builenpest te vergelijken m.b.t. faunasamenstelling, bodem en microklimaat eigenschappen en connectiviteit van landschapselementen die geschikt zijn voor knaagdieren en vlooien.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Fluctuerende asymmetrie is een potentieel interessante maar controversiele maat voor fitness. Het gebruik bij zangvogels zal binnen dit project in detail bestudeerd worden bij zebravinken en koolmezen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Mandaathouder: Baecke Xavier

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry
• Mandaathouder: Dillen Lubina

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze studie zal een evolutief kader uitbouwen voor gastheer-pathogeen interacties van door knaagdieren overgedragen ziekten. De fylogeografie van de Afrikaanse veeltepelmuis M.natalensis, gastheer voor veel verschillende pathogenen waaronder de arenavirussen, zal onderzocht worden aan de hand van genetische merkers. De resultaten zullen toelaten van de relaties tussen Mastomys populaties te reconstrueren en de co-evolutie tussen M.natalensis en arenavirussen na te gaan.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Om de rol van knaagdieren en insectivoren bij de epidemiologie van mycobacteriële infecties in Afrika te bepalen, wordt een groot aantal kleine zoogdieren gevangen op plaatsen in Tanzania waar mycobacteriële infecties werden waargenomen bij mens en vee. Verschillende organen worden getest dmv cultuurmethoden, PCR en zuurvaste kleuring. De geïsoleerde mycobacteriën worden vergeleken met voorheen geïsoleerde mycobacteriën bij mens en vee.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Durnez Lies

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het doel van dit project is om, gebaseerd op de bevindingen van Jordaens et al. na te gaan : 1) of een reciproke uitwisseling van sperma ook tot een reciproke bevruchting van de eieren leidt en of er spermacompetentie en meervoudig vaderschap optreedt in S. putris. 2) of spermadonoren in S. putris adaptaties ontwikkeld hebben waardoor hun fertilizatiekansen verhoogd zijn.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Jordaens Kurt

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De eerste doelstelling is het grondig taxonomisch beschrijven van de kleine zoogdierfauna van de gewijzigde gebieden rond Kisangani, aangezien de regenwoudfauna een aantal cryptische of zelfs nog niet beschreven vormen bevat, ook binnen Praomys (6). Zo kunnen we nagaan welke juist de soorten zijn die zich met succes hebben kunnen handhaven onder de gewijzigde biotoopomstandigheden. De tweede doelstelling is om van de beschreven soorten de genetische structuur na te gaan en deze te vergelijken met de genetische structuur van dezelfde soorten in het regenwoud. Vragen die daarbij gesteld zullen worden zijn het vergelijken van de genetische variatie op populatieniveau binnen het regenwoud en de savannes, de structurering van de populatie en het voorkomen van eiland- of foundereffecten (7). De derde doelstelling is de dynamiek, demografie en life-history eigenschappen van de Praomys-populaties in de antropogene gebieden te vergelijken met de conspecifieke populaties in het regenwoud, en voor wat betreft. het genus Mastomys ook met de zeer goed gedocumenteerde populaties in grasland in Oost-Afrika (5).

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Kennis Jan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Oorwormen zijn belangrijke algemene predatoren in boomgaarden. Uit experimentele studies blijkt dat ze belangrijke plagen onder controle kunnen houden in zowel appel- als perenteeIten. Hierbij denkt men vooral aan de diverse luizen en de perenbladvlo. De mogelijke schade die ze aanrichten, voornamelijk vruchtvervuiling door uitwerpselen, is minimaal vergeleken, met hun efficientie in p1aagcontrole. Oorwormen zouden dus een belangrijke rol kunnen spelen in de ge'integreerde fruitteeIt en vormen een essentiele schakel in de biologische fruitteelt. V ooral de biotel rs trachten oorwormen aan te trekken in de boomgaarden, bv. door het aanbieden van kunstmatige schuilplaatsen. Toch blijft het praktische nut van oorwormen eerder beperkt daar telers er meestal niet in slagen stabiele populaties op te bouwen. Het voorliggende projectvoorstel behelst het uitwerken van beheersstrategieen voor populaties van oorwormen in fruitboomgaarden. Oorwormen hebben een eenjarige levenscyclus waardoor elke nadelige ingreep de populatie voor de rest van het jaar schaadt, en mogelijke repercussies heeft voor de volgende jaren. De onderzoeksgroep voorziet eerst een kwantitatieve populatiebiologische studie van de oorwormen gedurende het hele seizoen met voor elk levensstadium relevante staalnametechnieken, om deze gegevens te correleren aan de diverse beheersmaatrege1en die in de boomgaarden uitgevoerd worden. Het beheer van boomgaarden omhelst echter een complexe hoeveelheid parameters waarbij men de relatieve impact nooit experimenteel kan testen (te talrijke en tijdrovende proeven). De gegevens zullen dan ook verwerkt worden in een mathematisch model waarin sne1 de meest essentiele parameters kunnen worden ge'identificeerd en geevalueerd. Dit biedt de mogelijkheid om valabele beheersstrategieen uit te werken die men dan in een realistisch aantal veldexperimenten kan uittesten. De resultaten van dit onderzoek zullen in de eerste plaats praktische oplossingen bieden om de plaagcontrole in biologische boomgaarden te verhogen, maar zullen eveneens toepasbaar zijn om de bijdrage van oorwormen in ge'integreerde teelten te verhogen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In vergelijking tot de meer populaire biotopen zoals bossen en heidegebieden wordt slechts weinig onderzoek gedaan naar de milieubescherming in graslanden. De laatste jaren wordt het voor steeds meer ecologen duidelijk dat er een sterke link bestaat tussen de bovengrondse en ondergrondse biotische delen van het graslandecosysteem. Onder de sterke druk en bestendigheid van zware metaalvervuiling kunnen sterke functionele verschuivingen plaatsgrijpen in graslandecosystemen door verstoring van de bovengrondse en/of ondergrondse compartimenten. Het doel van deze studie is na te gaan wat de invloed is van zware metaalvervuiling op de relatieve bijdragen van de "bottom-up" en "top-down" krachten die inwerken binnen en tussen de verschillende compartimenten van het graslandecosysteem. Door de sleutelcomponenten te identificeren en de stroom van voedingsstoffen te bepalen zullen we de impact van deze menselijke verstoring op het functioneren en de stabiliteit van dit ecosysteem analyseren. Het identificeren van gevoelige indicatoren moet ons mogelijk maken om 1) vroege veranderingen in de structurele en functionele componenten van het ecosysteem te herkennen en 2) de gezondheidstoestand van het systeem te bepalen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: De Bruyn Luc

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project maakt gebruik van de landslak Succinea putris om een aantal recente hypothesen te testen rond seksuele selectie en 'sperm-trading' bij hermafrodiete dieren: 1) individuen schatten de kwaliteit van hun partner in zelfs tijdens de kopulatie, 2) individuen veranderen de fysiologie van hun partner om hun fertilizatiekansen te verhogen, 3) individuen alloceren meer naar mannelijke organen bij hogere populatiedensiteiten en 4) reciproke sperma-overdracht leidt niet noodzakelijk tot reciproke bevruchting.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Jordaens Kurt
• Co-promotor: Backeljau Thierry

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

We onderzoeken de gedragsmechanismen die aan de oorsprong liggen van variatie in dispersie, d.i. de verplaatsing tussen geboorte-en broedplaats, bij vogels. Meer specifiek onderzoeken we (1) de relatie met erfbare persoonlijkheidskenmerken die bepalen hoe dieren reageren op onbekende situaties en/of soortgenoten (zgn. "shy-bold" continuum), en (2) de invloed van ouderlijk gedrag op dispersie van nakomelingen, in het bijzonder de verplaatsingen in familieverband voorafgaand aan dispersie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Matthysen Erik

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit onderzoek beoogt de eerste documentatie ooit van de omkering van sexerollen bij waterjuffers. Een dergelijke studie biedt groot potentieel om de evolutie en de variatie in paarsystemen beter te begrijpen, vooral ook van nauwverwante soorten. Een belangrijk punt van dit project is de multi-soorten benadering, waarbij sexen en soorten zullen worden vergeleken in gedragingen en sex ratio's, met uiteindelijk ook het in rekening brengen van de evolutionaire verwantschappen tussen de onderzochte soorten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Gossum Hans

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Hoewel sommige Afrikaanse muizensoorten ziektekiemen verspreiden en/of oogsten van Afrikaanse landbouwers vernielen, is de taxonomische kennis van deze soorten beperkt. Dit project beoogt een gecombineerde craniometrische en genetische studie van een aantal pestsoorten. Deze informatie wordt gebruikt voor het aanvullen van een systeem van 'DNA-barcodes', waardoor dieren snel en correct zullen kunnen worden geïdentificeerd en bijgevolg doeltreffender bestreden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Lavrenchenko Leonid

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Fluctuerende asymmetrie (FA) -kleine verschillen tussen de linker en rechter zijde van een bilateraal symmetrisch kenmerk die het resultaat zijn van 'developmental noise' en 'developmental stability' -is een potentieel interessante indicator van stress. Tal van studies hebben aangetoond dat zowel omgevings- (parasieten, abiotische tactoren) als genetische stress (inbreeding, breakup van co-adapted gene complexes) gepaard gaan met een taename in FA op zowel individueel als populatie niveau (Polak, 2003). FA wordt verondersteld een maat te zijn vaor ontwikkelingsinstabiliteit, waarbij deze laatste gekarakteriseerd wardt daor ontwikkelings ruis (waardaor een ontwikkelend kenmerk gaat afwijken van zijn ontwikkelingsschema) en antwikkelingsstabiliteit (die de gevolgen van ruis verkleint) (Van Dongen & Lens, 2002). Belangrijk is op te merken dat ontwikkelingsinstabiliteit niet direct meetbaar is en dat FA als surrogaat gebruikt wardt. De hypothese dat de toename in FA ten gevalge van stress reeds Qptreedt bij relatiet lage stress in vergelijking met de niveaus waarbij er zich een belangrijke reductie in fitness manitesteert, heeft ertoe geleid te veranderstellen dat FA a's zgn. 'early warning system' een belangrijk instrument kan vormen bij de identificatie van soorten en populaties die natuurbeschermende maatregelingen nodig hebben (Clarke, 1995). Het systematisch gebruik van FA als biomanitoring tool wordt echter bemoeilijkt door heterogeniteit in verbanden tussen FA en stress. Vooral het gebrek aan algemene richtlijnen die voorspellen wanneer -voor welke soarten(-groepen), vormen van stress en kenmerken -FA toeneemt met stress, maakt het algemeen gebruik onmogelijk. Het onderzoek voargeste'd in deze projectaanvraag beaogt onderzoek naar de bruikbaarheid van FA als bio-indicatar voor mogelijk negatieve gevolgen van inteelt bij twee relatiet nauw verwante dagvlindersoorten (P. aegeria en Cymothae teita). P. aegeria is een vrij algemene Europese dagvlinder en C. teita een bedreigde en endemische vlindersoort van de Taita Hills, Kenia. Beide soorten komen voor in boshabitaten die wereldwijd sterk onderhevig zijn aan versnippering en degradatie. P. aegeria zal intensiet bestudeerd worden onder zawellaba- als veldcondities. Dit luik van het anderzaek zal ons toelaten om een aantal tundamentele aspecten van de FA-heterozygositeits relatie te bestuderen (voor details zie verder). Hiervoar wordt (i) een kweek-experiment onder gecontroleerde condities opgestart waarbij inbreeding experimenteel gemanipuleerd zal worden, (ii) de FA-inteelt relatie onder natuurlijke omstandigheden bestudeerd, (iii) FA gemeten bij een ruime waaier van kenmerken met verschillend tunctianeel belang en (iv) genetische variatie geschat a.d.h.v. verschillende genetische merkers waarvan de selectieve neutraliteit varieert (microsatelliet vs. allozymes, waarbij deze laatste enkel bestudeerd kunnen warden door de vlinder te doden). Dit type van onderzoek kan uitgevaerd worden bij een soort zoals P. aegeria die vrij algemeen is en relatiet eenvoudig artificieel gekweekt en gemanipuleerd kan worden. Bij onderzoek op bedreigde argansimen, zoals C. teita, moet getracht warden om de impact van het onderzoek op het organisme te minimalizeren. Daarom zal het onderzaek op C. teita zich beperken tot het meten van FA a.d.h.v. digitale toto's en het schatten van genetische variatie m.b.v. microsatelliet merkers op basis van DNA uit kleine weetselstalen. Deze niet-invasieve methades zullen ap punt gesteld en gevalideerd worden bij P. aegeria. De tundamentele inzichten die voortvloeien uit het onderzoek ap P. aegeria om trend de cantroversie rand de relatie tussen FA en inbreeding, zullen verder gebruikt worden om patronen bij C. teita te evalueren en de bruikbaarheid van FA als monitoring tool in te schatten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Mastomys muizen zijn de belangrijkste knaagdierplaag in Afrika. Een bestaand, maar plaatsgebonden bio-economisch model zal in samenwerking met lokale landbouwers getest worden op het veld. Regionale variatie in populatiedynamiek zal in het model geïncorporeerd worden door demografische analyse van reeds bestaande vangst-hervangst data uit 4 landen. Het finale model zal de mogelijkheid bieden economisch voordelige controlestrategieen te formuleren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Sluydts Vincent

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Controle van malaria steunt op het behandelen van patiënten en het bestrijden van de insect vector, de Anopheles mug. Vectorcontrole baseert zich op het gebruik van muggennetten geïmpregneerd met pyrethroide insecticiden. Echter, de laatste jaren neemt de ontwikkeling van pyrethroidenresistentie bij Anopheles muggen alarmerende proporties aan . Voor de evaluatie van de malariacontroleprogramma's is het belangrijk om de insecticidenresistentie in kaart te brengen en de verspreiding ervan op te volgen. De klassieke methode om insecticidenresistentie op te volgen is een bioassay waarbij men muggen gedurende een welbepaalde tijd blootstelt aan een bepaalde concentratie van een insecticide. De test geeft een globaal beeld van resistentie zonder dat het exacte resistentiemechanisme moet gekend zijn. De bioassay heeft echter een aantal nadelen die het moeilijk maken om deze in veldcondities goed uit te voeren: enerzijds heeft men per test een groot aantal muggen nodig en anderzijds wordt een bioassay beïnvloed door wijzigingen in testomstandigheden (klimaatsomstandigheden, leeftijd muggen). Moleculaire detectiesystemen worden bruikbaar wanneer de moleculaire werking van de insecticiden gekend is. Pyrethroiden en DDT blokkeren de zenuwgeleiding doordat ze, na een actiepotentiaal, het sluiten van natriumkanalen van het para-type belemmeren. Een belangrijk resistentiemechanisme tegen pyrethroiden en DDT, gekend als knockdown resistentie of kdr, gaat gepaard met wijzigingen in dit natriumkanaal ter hoogte van het S6 segment van domein II. Puntmutaties in het para-type natriumkanaalgen vormen de moleculaire basis voor kdr bij tal van insecten, waaronder de Afrikaanse malariamug An.gambiae. Een multiplex PCR werd beschreven voor de detectie van de kdr mutatie bij An.gambiae. Hierbij werd een duidelijke relatie aangetoond tussen het voorkomen van het kdr allel in een populatie en de verminderde mortaliteit van deze muggen in een bioassay. Het doel van deze thesis is om gelijkaardige kdr detectiesystemen te ontwikkelen voor een aantal Afrikaanse (An.arabiensis en An.funestus) en Zuidoost Aziatische (An.sundaicus, An.minimus, An.dirus, An.vagus en An.sinensis) vectoren. Deze testsystemen zullen gebruikt worden voor het bepalen van de kdr frequentie in natuurlijke Anopheles populaties. In een later stadium kunnen deze detectiesystemen opgenomen worden in de malariacontroleprogramma's van Laos, Cambodja, Vietnam en Afrika.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry
• Mandaathouder: Verhaeghen Katrijn

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Polymorfismen komen in de natuur zeer algemeen voor. Bij vele soorten waterjuffers worden meerdere discrete vrouwelijke vormen in natuurlijke populaties waargenomen. Het vrouwelijke fenotype dat qua lichaamskleur en soms ook qua gedrag op het conspecifieke mannetje lijkt wordt andromorf genoemd, terwijl het gynomorfe fenotype duidelijk verschillend van het mannetjes en andromorfen. Recent onderzoek geeft aan dat de expressie van een kleurvorm genetisch bepaald is en dat selectieprocessen een belangrijke rol spelen bij hun coëxistentie. Huidige adaptieve hypothesen veronderstellen dat een conflict tussen de seksen aan de basis ligt van dit vrouwgelimiteerd polymorfisme bij waterjuffers. Meer in detail worden vrouwtjes teveel lastiggevallen door paarlustige mannetjes en dit zou leiden tot differentiële fitness-kosten voor andro- en gynomorfen. Het hoofddoel van dit onderzoek is beter inzicht te verwerven in het voortbestaan en de evolutie van vrouwelijke kleurvormen bij waterjuffers. Er wordt voornamelijk aandacht besteed aan de volgende 4 aspecten: ¿Hoewel dit een cruciale assumptie vormt, ontbreekt het aan studies die testen of het conflict tussen de seksen effectief leidt tot vormspecifieke fitness-kosten. Deze vraag wordt op experimentele wijze onderzocht door kleurvormen, ondergebracht in vliegkooien, bloot te stellen aan een verschillend aantal copulaties en verschillende gradaties van mannelijk lastigvallen. Vervolgens wordt nagegaan wat de effecten hiervan zijn op levensduur en fecunditeit. Tevens wordt het mannelijk lastigvallen van vrouwelijke vormen in natuurlijke populaties gekwantificeerd. Finaal wordt nagegaan of het vrouwelijk gedrag varieerd onder verschillende densiteiten en frequenties. ¿Spatiale en temporele variatie in de frequentie van de vrouwelijke vormen in natuurlijke populaties zal gekwantificeerd worden. Dit gebeurd aan de hand van een gestandaardiseerde methodiek, door middel van observaties in afgebakende transecten of door een uniforme vangsttechniek met een insectennet. ¿Verschillen in lichaamskleur en/of gedrag spelen een belangrijke rol in de thermische ecologie van een soort. Algemeen warmen donkere individuen sneller op dan lichtere waardoor ze meer actief (bvb. ontwijken predatoren, rijpen van eieren) kunnen zijn bij minder geschikte weersomstandigheden wat uiteindelijk leidt tot een fitnessvoordeel. In dit kader zal ik de thermische karakteristieken van mannetjes en de vrouwelijke kleurvormen bestuderen onder experimentele condities en in hun natuurlijke populatie. ¿Hypothesen suggereren dat de vrouwelijke kleurvormen verschillen in kosten en baten bij verschillende omgevingsomstandingheden met als gevolg dat hun fitness variabel is. Ik zal het bestaan van variatie in fitness bestuderen onder wijzigende populatiecondities (gedurende een volledig vliegseizoen). Er wordt geopteerd voor het bepalen van verschillende conditiematen (korte en lange termijn) zodat de conditie tijdens verschillende fasen in het leven van een individu kunnen ingeschat worden. De lichaamslengte en de ontwikkelingstabiliteit (fluctuerende assymetrie) weerspiegelen de conditie van het individu tijdens het larvale stadium (lange termijn). De aanwezige energiereserves van het individu geven een maat voor de huidige voedingsstatus die gevoelig is aan variabele omgevingsomstandigheden (korte termijn).

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan
• Co-promotor: Van Gossum Hans
• Mandaathouder: Bots Jessica

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Mycobacteriën kunnen allerlei ziekten veroorzaken, o.a. lepra, tuberculose en Buruli ulcer. Vanwege het stijgend aantal HIV-positieve patiënten, voornamelijk in de ontwikkelingslanden, is de controle van dergelijke mycobacteriële ziekten heel belangrijk. Knaagdieren kunnen een reservoir zijn voor mycobacteriën en daardoor een bron van infectie voor mens en vee. Het is echter nog niet duidelijk wat de verspreiding is van mycobacteriële infecties bij knaagdieren en wat hun rol is bij de overdracht van de infectie naar mensen. Een beter inzicht in de rol van knaagdieren zal belangrijke informatie opleveren voor het begrijpen van de epidemiologie van mycobacteriële aandoeningen in dichtbevolkte gebieden, onder omstandigheden met een relatief laag niveau van openbare hygiëne, zoals rond zich snel uitbreidende Afrikaanse steden. In dit onderzoek zal getracht worden om de mycobacteriële flora van knaagdieren in en rond een Afrikaanse stad te inventariseren. De bekomen stammen zullen worden vergeleken met behulp van moleculaire technieken met de mycobacteriën die in de humane populatie, en bij vee, worden aangetroffen. Eerdere studies richtten zich enkel of op mensen, of op dieren, en onderzoek naar natuurlijke reservoirsoorten is zo goed als onbestaande. De veterinaire component wordt ingesloten enerzijds omwille van het economisch belang van de veestapel zelf, maar vooral omwille van het feit dat vee een algemene infectiebron is voor zoönotische tuberculose bij de mens. Het uiteindelijke objectief is om door een beter begrip van de ecologie van deze infecties tot een betere beheersing van de ziekte met meer efficiënte controlestrategieën te komen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Durnez Lies

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het project wil de Universiteit van Kisangani de mogelijkheid bieden om haar internationale contacten (terug) op te bouwen. Dit zal gebeuren met een pilootproject binnen het departement biologie waar onderzoek zal gebeuren naar de biodiversiteit van knaagdieren in de omgeving van Kisangani, de veranderingen in deze fauna ten gevolge van ontbossingsactiviteiten en de rol die knaagdieren spelen als plaagsoorten in landbouw. De verwachting is dat dit project, naast de eigen inhoudelijke waarde, ook de nieuwe dynamiek steunt binnen UNIKIS.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Gedurende tientallen jaren reeds zijn er discussies tussen ecologen over het relatieve belang van (densiteitsonafhankelijk) omgevingsfactoren en (densiteitsafhankelijke) terugkoppelingsmechanismen in populatiedynamiek. Kleine zoogdieren zijn intensief bestudeerd in dat verband, onder stimulans van de opmerkelijke cycli die worden waargenomen bij lemmingen en woelmuizen in holarctische gebieden. In meer zuidelijke gebieden zijn knaagdierpopulaties niet cyclisch, en deze kregen minder aandacht. Populatieexplosies in westelijk Zuid-Amerika en oostelijk Africka (zoals bij de bladoormuis Phyllotis darwini en de veeltepelmuis Mastomys natalensis) zijn sterk gecorreleerd met jaren met ongewoon overvloedige regenval. De populatie-dynamische patronen verschillen echter sterk tussen deze soorten. Beiden reageren ze positief op neerslagperioden, maar er zijn belangrijke verschillen in de seizoenale structuur van de densiteitsafhankelijke en -onafhankelijke processen. Bij de Afrikaanse veeltepelmuis zijn de densiteitsafhankelijke processen van eerste orde, wat een onmiddellijk effect van densiteit op populatiegroei suggereert. Het bestaat van uitgestelde densiteits-afhankelijkheid bij de bladoormuis in Chili impliceert een trofische interactie met predatoren. Om de gevolgen van deze verschillen te begrijpen zullen we nagaan hoe demografische processen reageren op omgevingsvariatie in populaties met een verschillende graad van densiteitsafhankelijkheid. We zullen ook nagaan hoe de populatiegroei functioneel afhangt van de mate van variatie in demografische parameters.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Alhoewel sexuele variatie traditioneel begrepen wordt als alle aanwezige verschillen tussen mannetjes en vrouwtjes, is het resultaat van evolutie dikwijls de coëxistentie van verschillende reproductieve vormen binnen één geslacht. Het samen voorkomen van verschillende mannelijke kleurvormen is veelal goed begrepen, in tegenstelling tot vrouwelijke kleurpolymorfismen. Typisch voor vrouwelijke kleurvormen bij waterjuffers, is dat één van de vrouwelijke vormen gekleurd is zoals het conspecifieke mannetje, terwijl de andere kleurvormen verschillend zijn. Terwijl één groep van onderzoekers veronderstelt dat man-achtige vrouwtjes functionele mannelijke-nabootsers zijn, gaan andere onderzoekers ervan uit dat mannetjes preferentieel paren met de meest algemene vrouwelijke kleurvorm in de populatie. Zowel experimentele als veldstudies (op basis van verschillende semi-natuurlijke populaties die verschillen in densiteiten en frequenties) ondersteunen een verband tussen de populatiecondities (densiteiten, sex ratio's en frequenties van vormen) en de fitness (overleving, paarsucces) van een vorm. De coëxistentie van verschillende vrouwelijke kleurvormen kan echter enkel verklaard worden indien de vormspecifieke fitness wijzigt bij het optreden van fluctuaties in de populatiecondities. Tot op heden ontbreekt het nagenoeg aan informatie over ruimtelijke en temporele variatie in populatiecondities en gerelateerde vormspecifieke fitness kosten en baten. Onze kennis is nog beperkter indien we het ontstaan, het voorbestaan en het verdwijnen van verschillende vrouwelijke kleurvormen wensen te begrijpen. Een geschikte methode voor het verwerven van inzichten in de evolutie van vrouwelijk kleurpolymorfisme is het vergelijken van nauwverwante soorten met gekende fylogenetische relaties. Indien soorten verschillen in aan-/afwezigheid van meerdere vrouwelijke vormen en in ecologie, dan kan de studie van de fylogenetische stamboom evolutionaire inzichten opleveren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Van Gossum Hans

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Mandaathouder: Davis Stephen

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het verklaren van de coëxistentie van verschillende kleurvormen binnen een soort blijft een uitdaging vormen voor evolutietheoriën. Recent onderzoek bij libellen suggereert een relatie tussen populatiecondities en vormspecifieke fitness. Met dit project willen we onderzoeken of de ruimtelijke en temporele variatie in populatiecondities en gerelateerde vormspefieke fitness een verklaring vormt voor het naast elkaar voorkomen en voortbestaan van vrouwelijke kleurvormen bij waterjuffers. Bovendien zal de vormspecifieke thermische ecologie onderzocht worden en in verband gebracht worden met variatie in populatiecondities en fitness.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Gossum Hans
• Co-promotor: Scheirs Jan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry
• Mandaathouder: Verhaeghen Katrijn

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verhagen Ron

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry
• Co-promotor: Jordaens Kurt

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Natuurlijke omgevingen zijn inherent dynamisch zodat één enkel fenotype hier niet optimaal is. Daarom vertonen genotypes doorgaans een flexibele respons in 'life history' kenmerken. Deze fenotypische plasticiteit kan beschreven worden als een reactienorm. Daarenboven kunnen genotypes ook verschillen in reactienorm. Het doel is het bestuderen van de 'life history' respons van Lestes viridis op een combinatie van tijds- en ecologische drukken tijdens het larvale stadium, gebruik makend van zowel optimalisatiemodellen als kwantitatieve genetica.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry
• Mandaathouder: De Block Marjan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De algemene doelstelling van dit onderzoek is inzicht te krijgen in de evolutionaire betekenis van de wisselwerking tussen zelf- en kruisbevruchting in het kolonisatievermogen, de genetische differentiatie en de biologische diversiteit in landslakken met een gemengd voortplantingssysteem. Met behulp van zowel morfometrische als moleculaire technieken zal een analyse worden gemaakt van de voortplantingsbiologie van zowel Carinarion spp. als A. intermedius.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Backeljau Thierry
• Mandaathouder: Geenen Sofie

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verhagen Ron
• Mandaathouder: Verdyck Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verhagen Ron
• Mandaathouder: Scheirs Jan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het behoud van genetische variatie is een cruciale doelstelling in het lange-termijnbeheer van vrijlevende populaties. Schattingen van effectieve populatiegrootte en gene flow zijn vaak gebaseerd op assumpties over evenwicht tussen mutatie, gene flow en drift, en niet toepasbaar op sterk fluctuerende of afnemende populaties. In dit project worden tijdreeksen van genetische stalen van vogels en zoogdieren gebruikt om methodes uit te testen die genetische parameters berekenen in niet-evenwichtscondities.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Leirs Herwig
• Co-promotor: Verhagen Ron

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ontwikkelingsstabiliteit wordt verondersteld een schatter te zijn van individuele genetische kwaliteit. Individuele onwikkelingstabiliteit kan op een ogenschijnlijk eenvoudige manier gemeten worden aan de hand van kleine afwijkingen van perfecte symmetrie (zgn. fluctuerende asymmetrie). In dit project wordt nagegaan wat de invloed is van omgevingsstress op de relatie tussen enerzijds de individuele genetische kwaliteit en anderzijds ontwikkelingsstabiliteit en fluctuerende asymmetrie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Dongen Stefan

Onderzoeksgroep(en)

• Evolutionaire ecologie (EVECO)

Project type(s)

• Onderzoeksproject