In 1795 werd Antwerpen de hoofdstad van het Département des Deux Nèthes van de Franse Republiek. Bij dat statuut hoorde onder meer de aanwezigheid van een afdeling van de gendarmerie nationale: een militair gestructureerd politiekorps met als hoofdopdracht de ordehandhaving in de stad en de omliggende regio.

Op dat ogenblik deden Den Grooten Sot en ’t Brantijser dienst als militair hospitaal. Maar in november 1796 kreeg de econoom van het hospitaal te horen dat de gebouwen moesten worden ontruimd: voortaan zouden ze dienst doen als kazerne voor de gendarmerie. Een aannemer kreeg de opdracht om de gebouwen aan de nieuwe bestemming aan te passen. Zonder veel omhaal werden kamers samengevoegd tot een refter en tot slaapzalen met de nodige sanitaire voorzieningen. In de kelder werd een nieuwe oven gebouwd. Er kwamen twee paardenstallen met opslagruimte voor hooi, stro en haver. 

In 1810 stond Napoleon het gebouw af aan het Antwerpse stadsbestuur, met de opdracht om het ter beschikking van de gendarmerie te blijven houden. Die functie oefende het gebouwencomplex ook uit tijdens de daaropvolgende regimes: als kazerne van de koninklijke marechaussee onder Willem I (1815–1830) en opnieuw als gendarmerie na de Belgische Revolutie van 1830. Maar men vond het ongunstig dat de kazerne ver verwijderd was van het gerechtshof en van de gevangenis. Het gebouw was trouwens in slechte staat. In 1839 verhuisden de rijkswachters naar een nieuwe kazerne elders in de stad. De huizen aan de Sint-Jacobsmarkt kregen alweer een nieuwe bestemming: in 1841 nam het stedelijk Atheneum er zijn intrek.