In 1988 startte een nieuwe fase in het leven van ’t Brantijser en Den Grooten Sot. De Universiteit Antwerpen (toen UFSIA) startte de onderhandelingen om de historische gebouwen van de Stad Antwerpen te verwerven door middel van een pandenruil. In 1990 ondertekenden rector Jean Van Houtte en burgemeester Bob Cools de ruilakte, en werd een ontwerpteam aangesteld om ’t Brantijser en Den Grooten Sot, die in de akte als magazijnen omschreven werden, een nieuwe bestemming te geven als 'universiteitsoord'.

De architectenbureaus van Luc Fornoville en Marc Vanhecke & Vera Suls stonden in voor de ingrijpende restauratie en herbestemming. Fornoville, de restauratiearchitect, documenteerde uitvoerig de verwaarloosde toestand van het gebouw en de uitvoering van de werf. Hij meende dat elk gebouw, en zeker een beschermd monument niet kan gedijen zonder een aangepaste functie, en dat het anders gedoemd is om te verkommeren.

De ontwerpers streefden ernaar om de verschillende tijdslagen zichtbaar te maken in het geheel en om de toegevoegde gebouwdelen te laten contrasteren met de historische elementen. Op vraag van de opdrachtgever werd een groot aantal parkeerplaatsen gecreëerd, die de toekomstige gebruikers van het gebouw wellicht voor nieuwe uitdagingen zullen stellen.