Abstract
CGG STRs zijn stukken laag-complex, repetitief DNA die onstabiel overerven. Hoewel wij weten dat een aantal CGG-STR's betrokken zijn bij humane ontwikkelingsstoornissen, veronderstellen we hier dat de hoeveelheid ontwikkelingsstoornissen, die het gevolg is van dynamische mutaties in CGG-STR's momenteel schromelijk wordt onderschat. Met behulp van de nieuwste genotyperings-algoritmen wil ik voor het eerst alle humane CGG-STR's catalogiseren gebruik makende van de T2T-sequentie. Om ook CGG-STR die niet in de T2T sequentie voorkomen op te sporen, zal ik ook een algoritme ontwikkelen dat CGG-STR definieert aan de hand van indel-variant verschillen tussen individuen. Met behulp van deze catalogus zullen we dan de grootte van en variaties binnen de CGG-STR bepalen zowel in controle als in patiënten populaties. Zodra de STR-uitbreidingsdoelen zijn geïdentificeerd, zal een groep NDD-trio's experimenteel worden onderzocht door middel van long-read sequencing, wat als toegevoegde waarde zowel een nauwkeurigere schatting van de lengte van de CGG-herhalingen geeft als informatie over de epigenetische status in het genoom. In dit project zal ik de epigenetische veranderingen geassocieerd met de CGG-expansies definiëren. Daarnaast zullen we de biologische en functionele rol van CGG STRs onderzoeken door de lengte van deze CGG-herhalingen in bloed te vergelijken met die in verspillende hersenweefsels. Deze gegevens zullen gekoppeld worden aan het transcriptoom van deze regio's.
Onderzoeker(s)
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)