POEMBAKterie: Burgerwetenschap voor het bepalen van het keukenlavabo microbioom in de stad. 01/11/2024 - 31/10/2026

Abstract

Mensen komen voortdurend in contact met bacteriën in de stedelijke omgeving. Gootstenen binnen deze omgeving kunnen een grote verscheidenheid aan bacteriën bevatten, die mogelijks leiden tot verhoogde risico's van voedselcontaminatie. Studies over de microbiële gemeenschap in gootstenen van huishoudens en publieke instellingen, inclusief de karakterisatie van antimicrobiële resistentie en biofilm, is vaak beperkt door een laag aantal stalen of beperkte sequencing depth bij metagenomics benaderingen. Vanwege de toenemende bevolkingsdichtheid in Vlaanderen en de nood aan veilige voedselvoorziening is uitgebreide karakterisatie van het gootsteen-microbioom nodig. In dit FWO Aspirant Strategisch Basisonderzoek genaamd POEMBAKterie gebruik ik burgerwetenschap om het gootsteen (of in het Antwerps "Poembak") microbioom te onderzoeken op grote schaal in Antwerpen. Deelnemers van huishoudens en verscheidene instellingen (bv. scholen, woonzorgcentra) zullen een vragenlijst beantwoorden, stalen nemen van hun gootsteen en deze terugzenden naar ons labo. Ik gebruik een combinatie van geavanceerde metagenomica en microbiologische analyses om de taxonomie, aanwezigheid van pathogenen, antimicrobiële resistentie en biofilmvorming in aanwezigheid van detergenten en op verschillende materialen te onderzoeken. De resultaten bieden nieuwe inzichten over de bacteriën die leven in gootstenen in de stedelijke omgeving en de implicaties voor voedselveiligheid, schoonmaak, en ontwerp van gootstenen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

De rol van satelliet DNA in bacteriële evolutie. 01/10/2022 - 30/09/2026

Abstract

Bacteriële genomics is een bloeiend onderzoeksveld waarbij verwantschap wordt bepaald via genetische variatie tussen bacteriële strengen. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) worden typisch gebruikt als enige bron van genetische variatie. Het is echter waarschijnlijk dat er meer variatie voorkomt tussen bacteriën. In dit project zal de rol van satelliet DNA in bacteriële evolutie onderzocht worden. Satelliet DNA zal systematisch geïdentificeerd worden in Salmonella Typhimurium en het bacteriële rijk. Daarna zal de dynamica van satelliet DNA en SNPs tijdens de evolutie onderzocht worden. Tot slot zal het effect op de cellulaire transcriptoom respons gemeten en onderzocht worden tussen satelliet DNA en SNPs. Tesamen zullen deze resultaten een uitgebreid zich geven op de rol van satelliet DNA tijdens bacteriële evolutie en een nieuw perspectief werpen op bacteriële genetica.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject