Geert Baggerman onbezoldigd medewerker

Onderzoek Geert Baggerman

Onderzoeksgroep

Identificatie van nieuwe componenten van een kritisch eiwitcomplex in de haarcellen van het binnenoor via massa spectrometrie, analyse van de interacties tussen deze componenten en functionele karakterisatie. 01/01/2022 - 31/12/2025

Abstract

In dit project zullen we voorheen onbekende eiwitten van de gehoorshaarcellen identificeren en hun functie karakteriseren. De resultaten zullen helpen aan de opbouw van kennis voor de ontwikkeling van therapieën voor gehoorsverlies en doofheid. In het binnenoor, in het orgaan van Corti, bevinden zich de haarcellen. Dit zijn gespecialiseerde cellen waarin het mechanische geluidssignaal wordt omgezet naar een neuronal signaal. Enkele eiwitten belangrijk voor de functie van de haarcellen werden reeds geïdentificeerd door klassieke methodes: genetisch onderzoek van dove patiënten en diermodel. Het merendeel van de eiwitten die deel uitmaken van belangrijke functionele complexen in deze haarcellen is echter nog onbekend. In deze studie willen we de verschillende eiwitten in het tip-link complex, een functioneel complex kritisch voor de omzetting van het mechanische geluidssignaal naar het neuronale signaal, identificeren door AP-MS (affiniteitspurificatie van het complex gevolgd door massa spectrometrie-analyse). Voor de geselecteerde meest interessante nieuw geïdentificeerde eiwitten zullen de interacties met andere eiwitten die deel uitmaken van het betrokken complex worden geanalyseerd. Hiernaast zal ook worden gekeken waar deze eiwitten zich bevinden in de haarcellen en wat de functionele implicaties zijn voor het gehoor bij afwezigheid van dit eiwit.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

IMARK: Netwerk voor beeldgebaseerde biomerkerontdekking en -evaluatie 01/01/2021 - 31/12/2026

Abstract

Teneinde de grenzen van de gepersonaliseerde geneeskunde te verleggen, maakt IMARK maximaal gebruik van de stevige aan de Universiteit Antwerpen verankerde expertise op het gebied van biomedische beeldvorming. Door moleculaire en structurele patronen in ruimte en tijd in kaart te brengen, wil IMARK sneller nieuwe biomerkers identificeren en ontwikkelen. Daartoe hebben zich in het consortium een aantal onderzoeksgroepen verenigd met complementaire kennis en apparatuur die alle aspecten van op beeldvorming gebaseerd fundamenteel onderzoek, preklinische validering en klinische evaluatie bestrijken. IMARK beschikt over moderne infrastructuur voor elektronen- en lichtmicroscopie, massaspectrometrie beeldvorming, MRI, CT, PET en SPECT. Daarnaast ontwikkelen de IMARK-partners correlatieve beeldvormende methoden ter dataverrijking en werken ze aan op maat gemaakte beeldanalyse-protocollen/oplossingen waarmee krachtige, kwalitatieve uitlezingen verkregen worden. Dankzij deze unieke bundeling van technologie en expertise is IMARK de ideale, bevoorrechte partner voor samenwerking tussen de particuliere en publieke sector en beschikt het over een strategisch voordeel om zijn reeds substantiële IP-portfolio nog verder uit te breiden. De belangrijkste toepassingsgebieden van het consortium zijn neurowetenschappen en oncologie. Vermits de IMARK-partners samenwerken of geaffilieerd zijn met het Universitair Ziekenhuis Antwerpen en het Universitair Psychiatrisch Centrum Duffel, is er rechtstreeks toegang tot patiëntengegevens/-stalen en zijn er volop mogelijkheden voor translationeel onderzoek.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

MIMICRY – Microbioom en Immuun Modulatie voor effectieve CRC Immuuntherapie. 01/01/2021 - 31/12/2024

Abstract

Een belangrijke fundamentele biologische vraag is hoe ons lichaam de balans behoudt tussen inflammatie en immuuntolerantie, en hoe dit kan ge(mis)bruikt of gemodifieerd worden door kankers. In een gezond colon wordt deze homeostase bewaard in aanwezigheid van voedselantigenen en het microbioom. In deze tolerogene omgeving kunnen darmpolypen en tumoren ontstaan die niet door het immuunsysteem verwijderd worden, ondanks therapie met immuun checkpoint inhibitoren. We vermoeden dat de lesies de tolerogene toestand misbruiken en bijkomende immunosuppressieve mechanismen ontwikkelen. Het ontcijferen van deze complexe interactie tussen epitheel, immuunsysteem en microbioom vergt een getalenteerde groep van onderzoekers met uiteenlopende expertise. De unieke samenstelling van het MIMICRY consortium combineert kennis van humane stalen met state-of-the-art immunologie, nieuwe technieken en in vivo modellen om de verschillende facetten van colorectale kankers te bestuderen. Deze kennis en tools zullen gebruikt worden om uiteindelijk nieuwe therapeutische strategieen te ontwikkelen.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Analyseren en vergelijken van het menselijke immunopeptidome van Leishmania over het klinische spectrum. 01/04/2022 - 31/12/2022

Abstract

Infectie met de Leishmania-parasiet kan leiden tot een breed spectrum van klinische presentaties, variërend van diverse cutane presentaties (plaatselijk, mucocutaan, verspreid) tot een dodelijke systemische ziekte (viscerale leishmaniasis). Toch blijven de onderliggende factoren die dit ziektespectrum aansturen grotendeels onbekend. Hoewel Leishmania een verplichte intracellulaire parasiet is die overleeft in het fagolysosoom van belangrijke antigeenpresenterende cellen, blijft het grotendeels onontgonnen of de complexe interactie tussen gastheer en parasiet zich vertaalt in een veranderd netto-effect op het door MHC gepresenteerde peptidoom naar T-cellen (waardoor een differentieel antigeen ontstaat) -specifiek T-celrepertoire), en of en hoe dit verband houdt met bepaalde ziektepresentaties met duidelijke immunopathologische patronen. Hoewel er pogingen zijn gedaan in muizenmodellen, zijn er vaak tegenstrijdige gegevens gevonden tussen experimentele in vivo modellen, in vitro instellingen en patiënten met betrekking tot de immuunrespons van de gastheer na Leishmania-infectie. Door een nieuwe high-throughput MS-gebaseerde methode toe te passen op een unieke set weefselmonsters van patiënten, willen we de eerste uitgebreide screening van het antigene repertoire uitvoeren en onderzoeken of en hoe dit verschilt tussen in vitro en in vivo omstandigheden, bloed en weefsel compartimenten, en over de klinische presentaties.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Veelzijdigheid door processing: proproteïne convertasen en hun rol in de uitbreiding van neuropeptiderge diversiteit. 01/11/2020 - 31/10/2023

Abstract

Neuropeptiden zijn signaalmoleculen die door zenuwstelsels gebruikt worden voor het aansturen van fysiologie en gedrag. Ze worden aangemaakt door uitgebreide, post-translationele bewerking van eiwitprecursoren. In zoogdieren zijn enkele voorbeelden gekend waarbij plaatsgebonden verschillen in precursorbewerking leiden tot het gebruik van andere neuropeptiden in andere cellen. Dit is mogelijk omdat de proproteine convertasen (PC), een familie van proteasen die de eiwitprecursoren knipt, differentieel tot expressie komt. Ondanks deze initiële observaties, ontbreekt een algemene kennis over differentiële precursorbewerking, en heeft men er geen idee van in hoeverre PC verantwoordelijk zijn voor diversificatie van neuronale signaleringscapaciteit. Via dit projectvoorstel wens ik gedetailleerde informatie te verstrekken omtrent het voorkomen en de functionele impact van differentiële precursorbewerking in het zenuwstelsel. Deze inzichten plan ik te bereiken op basis van gevoelige peptidomics in het modelorganisme C. elegans, waarvoor het mogelijk is om de differentieel bewerkte peptiden en de diverse PC met cellulaire precisie toe te kennen aan hun productieplaats in het connectoom. Functionele studies zullen dan de fysiologische impact van differentiële neuropeptidenproductie aantonen. Dit zal leiden tot diepgaande kennis omtrent functioneel-relevante diversifiëring van het neuropeptidenarsenaal door post-translationele bewerking in het zenuwstelsel.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Uitgebreide vloeistofchromatografie gekoppeld met ion mobility-quadrupool-time-of-flight massaspectrometrie voor innovatieve metabolomics. 01/05/2018 - 30/04/2021

Abstract

De aangevraagde infrastructuur (performante vloeistofchromatografie-ion mobiliteit-quadrupoolvluchttijd-massaspectrometer LCxLC-IM-QTOFMS) combineert drie state-of-the art technieken in één innovatief platform. Hiermee wensen wij het metabolomics onderzoek aan de UAntwerpen tot een uitmuntend niveau te brengen. Het toestel is in staat een 5-dimensionele scheiding uit te voeren en zou het eerste op Belgische bodem zijn. Het instrument is voorbestemd voor metabolomics onderzoek, de studie van endogene metabolieten in cellen, weefsels en organismen. De beoogde infrastructuur kan de complexe en uitgebreide chemische mengsels (van polaire aminozuren tot apolaire lipiden en hormonen) op een efficiënte wijze scheiden, detecteren én identificeren tot op nanomolaire concentraties. Tot op heden zijn metabolomics inspanningen aan de UA versnipperd en er ontbreekt een 'toegewijd' toestel. Metabolomics onderzoek omvat geneesmiddelenonderzoek (werkingsmechanisme en farmacokinetiek), biomerker- en toxiciteitsstudies alsook data-analyse en systeembiologie studies. Een investering in een uniek, hyperanalytisch platform biedt de mogelijkheid om negen onderzoeksgroepen van vijf departementen en twee faculteiten te laten samenwerken in één kernfaciliteit om zo het metabolomics onderzoek aan de UA te stroomlijnen en deze groeipool om te zetten in een speerpunt. Deze aanpak is revolutionair en zal de UA op de kaart zetten bij de (metabol)omics-onderzoeksgroepen van de BeNeLux en wereldwijd.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Dendriethermodellering als brandstof voor axonale regeneratie. 01/10/2017 - 30/09/2019

Abstract

Het doel van dit project is het ontrafelen van de werkingsmechanismen van dendritishce hermodulering bij neuronale overleving en axonale regeneratie in het Centrale zenuwstelsel van beenvissen na verwonding. Kan een beter begrip van de betrokken moleculaire pathways leiden tot nieuwe mogelijkheden voor toepassing bij neuronale bescherming of regeneratie in het centrale zenuwstelsel van zoogdieren. Hiervoor gebruiken we een combinatie van state-of-the-art moleculaire, biochemische, morphologische en functionele tools in 2 vertebraat model organismens: de zebravis en de muis.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

    Project type(s)

    • Onderzoeksproject

    MALDI massaspectrometrie Imaging (MALDI-MSI): Het overbruggen van proteomics en beeldvorming. 01/05/2016 - 30/04/2020

    Abstract

    In dit project wordt een `matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight' (MALDI-TOF) massaspectrometer aangevraagd, die uitgerust is voor massaspectrometrie gebaseerde beeldvorming. Deze techniek is speciaal ontwikkeld voor de identificatie van biomoleculen waarbij de cytologische en histologische patronen bewaard blijven. Deze nieuwe techniek, afgekort MALDI-MSI, begeeft zich op het zeer interessante en productieve raakvlak tussen massaspectrometrie en beeldvormingstechnieken. Daardoor vormt dit project de brug tussen 3 CORE faciliteiten van Universiteit Antwerpen: Center for Proteomics, Bio-Imaging lab en de Biomedical Microscopic Imaging Core. Verschillende onderzoeksgroepen, die bij elkaar gebracht zijn door een gemeenschappelijke interesse in onderzoek naar de moleculaire schade die wordt veroorzaakt door afwijkende verouderingsprocessen, zullen door het gebruik van MALDI-MSI een ganse reeks van moleculen kunnen identificeren rechstreeks op de weefselcoupes en dit gaande van kleine molecules (peptiden en metabolieten) tot grotere eiwitten. Dit is onmogelijk met andere gebruikte proteomics, metabolomics technieken en zelf meer geavanceerde beeldvormingstechnieken.

    Onderzoeker(s)

    Onderzoeksgroep(en)

      Project type(s)

      • Onderzoeksproject

      Het voorspellen van de immunotherapie respons van bejaarde niet kleincellig longkanker patiënten door in te zoomen op de eiwit/peptide expressiepatronen op plaatsen waar tumor cel en immuun cel interageren. 01/01/2016 - 31/12/2019

      Abstract

      Longkanker blijft wereldwijd een van de meest dodelijke vormen van kanker, met meer dan 14 miljoen nieuwe diagnoses en 8,2 miljoen kanker-gerelateerde sterfgevallen in 2012. Omdat slechts een minderheid van de patiënten reageren op chemotherapie en gerichte therapieën, wordt immunotherapie steeds meer als alternatief gezien. Het hoofddoel van deze therapieën is om de tumor-bestrijdende karakteristieken van het immuunsysteem te activeren. Het is echter geweten dat de activiteit van het immuunsysteem vermindert met de leeftijd. Daarom blijft een belangrijke vraag of oudere longkankerpatiënten zouden profiteren van deze immuuntherapie. In dit project zullen we die immuun-gerelateerde eiwitten en peptiden karakteriseren die tot expressie komen in de long tumor micro-omgeving van de oudere patiënten, op plaatsen waar afweercellen en tumorcellen co-resideren. Dit geeft ons inzicht in welke factoren belangrijk voor het behoud van het immuun-onderdrukkend micromilieu. Verdere vergelijking van eiwit / peptide expressie patronen van verschillende oudere longkankerpatiënten kan een eiwit / peptide panel identificeren dat in staat is om te voorspellen welke subgroep van patiënten kunnen profiteren van de immunotherapie, teneinde de therapie respons te optimaliseren, de therapie gerelateerde toxiciteit te minimaliseren en uiteindelijk de levenskwaliteit van patienten te cerbeteren.

      Onderzoeker(s)

      Onderzoeksgroep(en)

        Project type(s)

        • Onderzoeksproject

        Dendriethermodellering als brandstof voor axonale regeneratie. 01/10/2015 - 30/09/2017

        Abstract

        Omdat volwassen zoogdieren niet de capaciteit hebben om beschadigde neuronen te regenereren, vermindert dysfunctie van het centrale zenuwstelsel (CNS) na hersenletsel of neurodegeneratieve ziekten de levenskwaliteit in onze verouderende maatschappij. Ondanks intensieve onderzoeksinspanningen blijft inductie van regeneratie en daaropvolgend functioneel herstel van het gewonde CNS-zoogdier een uitdaging, waardoor de zoektocht naar nieuwe regeneratie-inducerende moleculen essentieel is. In dit project streven we ernaar om te kijken hoe dendritische krimp / remodeling bijdraagt ​​tot neuronale overleving en axonale regeneratie en om de moleculen en pathways te identificeren en verder te karakteriseren die bijdragen aan neuroprotectie en regeneratie. Hierbij zullen we gebruikmaken van state-of-the art moleculaire, biochemische, morfologische, functionele en gedragsmiddelen in het visuele systeem van twee vertebraten met verschillende sterktes, zebravissen en muizen. Omdat zebravissen een zeer groot regeneratief potentieel hebben, bieden ze een uniek model voor de analyse en identificatie van cruciale moleculen en signaleringspaden die bijdragen tot een succesvolle axonale regeneratie na het CNS letsel. Volgende validatie van onze bevindingen in muizen laat de identificatie van belangrijke regulerende moleculen toe voor verbeterde regeneratie bij zoogdieren. Deze studie stelt voor om onze kennis te bevorderen over de moleculen en mechanismen onderliggend aan axonale uitgroei, wat nodig is om succesvolle en nieuwe regeneratieve therapieën te ontwikkelen die neuraal herstel bevorderen.

        Onderzoeker(s)

        Onderzoeksgroep(en)

          Project type(s)

          • Onderzoeksproject

          Micropeptiden als nieuwe klasse bio-actieve peptiden bij hogere eukaryoten. 01/01/2014 - 31/12/2017

          Abstract

          Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

          Onderzoeker(s)

          Onderzoeksgroep(en)

            Project type(s)

            • Onderzoeksproject