Onderzoeksgroep
Expertise
Ik ben een postdoctoraal onderzoeker aan het Svardal lab, Universiteit van Antwerpen (België). Mijn onderzoeksinteresse gaat uit naar populatiegenetica, en het raakvlak tussen genetica en ecologie. Om deze vragen te beantwoorden heb ik gewerkt aan een scala van organismen, waaronder hagedissen, vissen en kikkers en heb ik DNA geëxtraheerd uit zowel oude, formaline gefixeerde als verse weefselmonsters. Ik heb verschillende methodologische technieken gebruikt zoals lineaire morfometrie, geometrische morfometrie en omgevingsvariabelen om morfologische informatie te verkrijgen. Mijn huidige postdoc tracht de genomische link te onderzoeken van een functionele significante eigenschap, osteoderm, met een hagedis als modelorganisme. Hiertoe zal een referentiegenoom worden geconstrueerd en zal de differentiële genexpressie van verschillende weefsels worden onderzocht.
Identificatie van diersoorten in faeces: een nieuwe DNA-metabarcoding-benadering met ONT MinION.
Abstract
Nauwkeurige en betrouwbare kennis van het dieet is van fundamenteel belang om de ecologie en de levensgeschiedenis van organismen te begrijpen. Daarom is er een overvloed aan indirecte, vaak invasieve, strategieën en methoden ontwikkeld om de voedingscomponenten van dieren te kwantificeren. De meeste van deze methoden geven echter een vertekend beeld van het dieet en hebben een beperkte nauwkeurigheid. Bovendien zijn ze arbeidsintensief en vereisen ze taxonomische expertise om prooidieren correct te identificeren. In een poging om deze beperkingen te omzeilen, zijn op DNA gebaseerde methoden, met name DNA metabarcoding, voorgesteld als een alternatief om de voedingsecologie te bestuderen. De meeste metabarcodingstudies tot op heden doen een beroep op gespecialiseerde faciliteiten die gebruik maken van short-read platforms om deze studies uit te voeren, maar de nieuwe, draagbare en goedkopere MinION van Oxford Nanopore Technologies' is het paradigma aan het veranderen. De voorgestelde studie beoogt de ontwikkeling van een tijd- en kosteneffectieve benadering voor de correcte evaluatie van de samenstelling van het dieet met behulp van de MinION.Onderzoeker(s)
- Promotor: Diedericks Genevieve
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject