Prof. Spacova onderzoekt nuttige micro-organismen op het grensvlak tussen het menselijk lichaam en het milieu, en hoe zij de menselijke gezondheid kunnen bevorderen. Een belangrijk doel is het ontwikkelen van duurzame, op het microbioom gebaseerde oplossingen voor stedelijke gezondheidsproblemen, zoals immuunziekten en virale ziekten. De onderzoeksmethodologie omvat citizen science projecten zoals het BUGS (Benefits of Urban Green Spaces) initiatief (www.uantwerpen.be/bugs), klinische studies, immunologische en microbiologische tests op menselijke stalen en bacteriën, en reporter cellijnen.