Onderzoeksgroep
Van tranen naar diagnostiek: profileren van traan-RNA voor de ontdekking van vroege biomerkers in de ziekte van Alzheimer.
Abstract
De toenemende prevalentie van de ziekte van Alzheimer (AD) vraagt steeds vaker om een snellere en correcte diagnose. Vanwege hun embryologische oorsprong en fysiek verwantschap met de hersenen, presenteert traanvocht zichzelf als een ideale niet-invasieve kandidaat voor nieuwe biomerkers. Hoewel de RNA-inhoud van tranen deze nood voor biomerkers zou kunnen opvullen, blijven ze verrassend onderbenut. Daarom wil dit project deze onvervulde behoefte aanpakken door het totale RNA-gehalte van traanvocht in kaart te brengen en deze resultaten te gebruiken om betere vroege AD-biomerkers te identificeren. Wij veronderstellen dat traanvocht een uniek, niet-invasief zicht op de hersenen biedt en dat het RNA in deze tranen tekenen geeft van vroege AD en andere neurodegeneratieve aandoeningen die kunnen worden gebruikt als een toekomstige niet-invasieve biomarker. Dit project bouwt voort op de uitgebreide ervaring van de promotor in RNA-analyse en op de AD-expertise van het Sleegers Lab aan het VIB-CMN. In Taak 1 zullen we het RNA extraheren en sequencen van tranen van 100 ouderen die zijn opgenomen in een afzonderlijk longitudinaal onderzoek. In Taak 2 zullen we het circulaire en lineaire RNA van deze stalen analyseren en transcriptomische verschillen vinden die verband houden met risicofactoren voor dementie, genetische risicoscores en cognitieve testscores. Dit project zal (1) een nieuw hulpmiddel ontwikkelen voor het sequencen van het totale traan-transcriptoom, (2) de eerste bewijslijn leveren voor fenotype-geïnduceerde veranderingen in het traan-RNA, en (3) unieke datasets genereren klaar voor valorisatie door andere onderzoekers. Als startproject zou de toekenning van dit voorstel een unieke niche creëren om de carrière van de promotor een snelle start te geven en een veelbelovende, nieuwe lijn van aanstormend onderzoek starten in het laboratorium.Onderzoeker(s)
- Promotor: Verwilt Jasper
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject
Ontdekken van nieuwe RNA en DNA biomerkers voor de niet-invasieve vloeibare biopt-gebaseerde diagnose van Alzheimer's met gebruik van innovatieve long-read sequencing methodes
Abstract
De toenemende prevalentie van de ziekte van Alzheimer (AD) vraagt om een ??steeds snellere, nauwkeurigere, niet-invasieve diagnose. Hoewel extracellulaire nucleïnezuren deze leemte als voornaamste biomerkerkandidaten kunnen opvullen, blijven ze verrassend onderbenut. Daarom beoogt dit project het extracellulaire RNA en DNA van niet-invasieve biopsieën in kaart te brengen met long-read sequencing en deze resultaten te gebruiken om verbeterde AD-biomarkers te detecteren. Ik hypothetiseer dat de biovloeistoffen van patiënten genomische veranderingen in hun hersenen weerspiegelen en dat we die veranderingen kunnen gebruiken om de diagnose van AD te verbeteren. Dit project vertrekt vanuit mijn ervaring in long-read extracellulair RNA (exRNA) sequencing en de AD expertise van het Sleegers Lab. In WP1 zal ik een nieuwe, sequencing methode voor exRNA-sequencing ontwikkelen en deze toepassen op case-control AD-bloedplasma, CSV, urine en tranen. In WP2 zal ik circRNA in de vloeibare AD-biopsieën onthullen en hun volledige sequentie bepalen. Ten slotte zal ik in WP3 het extracellulaire epigenoom van sequencen en AD-specifieke methylaties blootleggen. Dit project zal (1) innovatieve instrumenten ontwikkelen voor exRNA analyse; (2) het eerste bewijs brengen voor niet-invasieve, extracellulaire RNA en DNA AD-biomerkers; en (3) unieke datasets genereren voor verdere valorisatie. Dit zal leiden tot nieuwe pathologische ontdekkingen en zich vertalen in de vroege, correcte diagnose van AD.Onderzoeker(s)
- Promotor: Sleegers Kristel
- Mandaathouder: Verwilt Jasper
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject