Onderzoek Jean-Claude Dujardin

Abstract

CQ-resistentie (PvCQR) in P. vivax, de overheersende malaria soort buiten Afrika, is wereldwijd in opgang. Het mechanisme van PvCQR is onbekend, wat moleculair toezicht en nauwkeurige diagnose van CQR belemmert. Hindernissen bij het onderzoek naar P. vivax, kunnen met de huidige technologische vooruitgang eindelijk overkomen worden. Onze hypothese, gebaseerd op resultaten van onze klinische studie in Vietnam en recent gepubliceerd non-humaan primatenmodel, is dat aangepaste expressie van transportgenen een belangrijke rol speelt bij PvCQR. Dit onderzoek zal transcriptoom/transgene benaderingen gebruiken om indicatoren en het mechanisme van PvCQR te ontdekken. Door te kapitaliseren op een grote verzameling klinische P. vivax stalen (inclusief CQR) en geavanceerde RNA-sequentietechnologieën (bulk/eencellig), stelt ons in staat om het transcriptie netwerk te ontrafelen van genen die ten grondslag liggen aan het fenotype van PvCQR. Hiermee verbetert ons inzicht op de invloed van infectie-complexiteit op de behandelingsuitkomst. P. knowlesi transgene cellijnen met differentiële expressie van P. vivax-genen, zullen worden gegenereerd met behulp van geavanceerde CRISPR/Cas9 methoden om de onderliggende resistentie-mechanismen te bepalen. De onderzoeksresultaten zullen rechtstreeks ten goede komen aan studies naar de werkzaamheid van nieuwe geneesmiddelen, bewaking van resistentie en een modelsysteem creëren voor effectiviteitstesten van verbindingen voor de farmaceutische industrie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Dujardin Jean-Claude
• Mandaathouder: Sauve Erin Louise

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Leishmania is een protozoaire parasite met een opmerkelijke toleratie voor aneuploïdie. Dit staat in scherp contrast met andere organismen, waar aneuploidy meestal zeer nadelige effecten heeft. Het gevolg van aneuploïdie is dat alle genen van een geaffecteerd chromosoom een abnormale 'gene dosage' (aantal kopieën van een gen) hebben, vergeleken met de (normale) euploïde situatie. In een vorige studie toonden we reeds aan dat de meerderheid van transcripten en proteinen deze gene dosage veranderingen volgen. Voor een beperkt aantal transcripten en proteinen is dit echter niet het geval en deze 'compensatie' treedt op door een nog onbekend mechanisme. Dit project onderzoekt (i) of gene dosage compensatie optreedt door veranderingen in transcript stabiliteit, translatie-efficientie, en/of proteïne stabiliteit en door welke bio-moleculaire eigenschappen dit gemedieerd wordt. (ii) of gene dosage compensatie regulatie gemoduleerd wordt tussen verschillende levensstadia van de parasiet. Hiervoor zullen we eerst de relatieve bijdrage van elke regulatielaag bepalen tot de totale compensatie en met deze informatie een conceptueel model opstellen van dosage compensatie in Trypanosomatiden. Dit is de eerste integratieve multi-omic studie die dosage compensatie onderzoekt in Leishmania, maar ook in Trypanosomatiden in het algemeen. Deze studie zal leiden tot nieuwe inzichten in hoe compensatie gereguleerd wordt in aneuploïde cellen, en zal onderzoeken of er een levens-cylus specifieke component aanwezig is die deze mechanismen moduleert. Omdat deze fundamentele mechanismen nog onvolledig gekend zijn in alle Eukaryoten kan deze studie mogelijk ook leiden tot het ontrafelen van (mogelijk nog onbekende) regulatiemechanismen in Eukaryoten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Dujardin Jean-Claude
• Mandaathouder: Cuypers Bart

Onderzoeksgroep(en)

• ADReM Data Lab (ADReM)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Slaapziekte wordt veroorzaakt door een eencellige parasiet, het trypanosoom, die wordt overgedragen door de bloedvoedende tseetseevlieg, een soort die inheems is op het Afrikaanse continent. Als de ziekte niet wordt behandeld, leidt dit tot coma en de dood. De bestaande therapieën zijn beperkt en hebben ernstige beperkingen die de voortdurende zoektocht naar efficiënte en complementaire alternatieven rechtvaardigen. Hier is de natuurlijke overdracht van de parasiet door injectie in de gastheerhuid door de tseetseevlieg een cruciale levenscyclusfase die tot dusver niet is onderzocht om de ontwikkeling van de parasiet in de zoogdiergastheer te targetten. De gastheerhuid is een specifieke micro-omgeving waarin de geïnoculeerde parasieten moeten overleven en zich moeten aanpassen om een ​​infectie vast te stellen en om het gastbloed te koloniseren. Toch is onze huidige kennis van de trypanosoompopulatie en de ontwikkeling ervan op deze cruciale vroege gastheer-parasiet-interface zeer beperkt. Tijdens dit project zullen we de verschillen bepalen in morfologische en moleculaire eigenschappen van het vroege trypanosoom in de huid versus andere ontwikkelingsstadia. Uit deze analyse zullen we eiwitten selecteren die specifiek zijn gekoppeld aan de vroege populatie van huidparasieten. Deze eiwitten zullen individueel worden gericht om te bepalen welke cruciaal zijn voor de overleving en ontwikkeling van deze parasiet op de bijtplaats. Deze basiskennis kan uiteindelijk leiden tot een nieuwe strategie om overdracht te voorkomen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Dujardin Jean-Claude
• Mandaathouder: Verbeelen Margot

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit PhD-project zal een systeembiologische benadering aanwenden om de ontwikkeling en adaptatie van Leishmania te bestuderen. De integratie van -omics data van verschillende functionele niveaus (genoom, transcriptoom, proteoom en metaboloom) moet leiden tot een meer holistische visie op de cellulaire processen in deze parasiet.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Dujardin Jean-Claude
• Co-promotor: Laukens Kris
• Mandaathouder: Cuypers Bart

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Dujardin Jean-Claude
• Mandaathouder: De Muylder Géraldine

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit PhD-project zal een systeembiologische benadering aanwenden om de ontwikkeling en adaptatie van Leishmania te bestuderen. De integratie van -omics data van verschillende functionele niveaus (genoom, transcriptoom, proteoom en metaboloom) moet leiden tot een meer holistische visie op de cellulaire processen in deze parasiet.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Dujardin Jean-Claude
• Co-promotor: Laukens Kris
• Mandaathouder: Cuypers Bart

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject