Jonathan Bernaerts begon zijn universitaire opleiding met een Bachelor in de Wijsbegeerte en een Bachelor in de Rechten (UAntwerpen). Nadien behaalde hij een Master in de Rechten (UAntwerpen) en een Master in Vergelijkend Internationaal recht (Université Toulouse Capitole 1). In 2013 volgde hij het European Master Degree in Human Rights and Democratization (EUIC). Bernaerts promoveerde in 2020 met een dubbeldoctoraat aan UAntwerpen en de Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, in samenwerking met het Max Planck Institute for Social Anthropology, departement Law & Anthropology.