Abstract
Het adaptieve immuunsysteem is een cruciaal onderdeel van de immuunrespons en is verantwoordelijk voor het herkennen en elimineren van geïnfecteerde of kwaadaardige cellen, evenals bijdrages aan de ontwikkeling van het immunologisch geheugen. Immunopeptidomics is een snel evoluerend veld dat massaspectrometrie gebruikt om immunopeptiden te identificeren en te kwantificeren, die T-cellen in staat stellen om geïnfecteerde of abnormale cellen te herkennen en te elimineren. Ondanks het aanzienlijke potentieel van immunopeptidomics kunnen momenteel slechts voor een minderheid van de spectra die gegenereerd worden tijdens een immunopeptidomics experiments de immunopeptiden geïdentificeerd worden, waardoor een aanzienlijke hoeveel aan biologische informatie verloren gaat. Om dit probleem aan te pakken zullen wij gespecialiseerde bioinformatica-toepassingen ontwikkelen om immunopeptidomics data te analyseren. We zullen een efficiënte en gevoelige open modificatie-zoekmachine ontwikkelen om immunopeptiden die post-translationele modificaties hebben ondergaan te identificeren. Daarnaast zullen we een de novo peptide sequencingen toepassing ontwikkelen die is geoptimaliseerd om immunopeptidomics data te analyseren. De tools die in dit project worden ontwikkeld hebben het potentieel om de hoeveelheid biologische informatie die kan worden verkregen uit immunopeptidomics experimenten aanzienlijk te vergroten, hetgeen zal leiden tot belangrijke doorbraken in het vakgebied.
Onderzoeker(s)
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)