Onderzoeksgroep
Expertise
Mijn onderzoek focust zich op het bestuderen van menselijke en dierlijke pathogenen en hun commensale microbiële flora in de context van infectieziekten met behulp van moleculaire microbiologie en bioinformatica. Mijn hoofdaspecten liggen in onderzoek naar: (1) De impact van breed-spectrum antibioticagebruik op de menselijke commensale flora en hoe antiseptica gebruiken kunnen worden om kolonisatie met antibiotica-resistente, pathogene bacteria te voorkomen. Meerbepaald, door het gebruik van het 16S rRNA gen en shotgun metagenomic sequencing, wordt de antibiotica impact op microbiële compositie, metabolische activiteit, en antibiotica resistentie mechanismen in de menselijke microbiële flora bestudeerd in relatie tot de ontwikkeling van bijwerkingen zoals antibiotica-geassocieerde diaree (AAD) en Clostridioides difficile infectie (CDI). Verder bestudeer ik acquisitie en transmissie van resistente organismen binnen neonatale intensieve zorg units in Europa en hoe decontaminatie strategieën kunnen gebruikt worden ter preventie. (2) Mechanismen van antibiotica resistentie en virulentie in pathogene bacteriën. Zowel klinische, patiënt-afgeleide als in vitro-gecreëerde bacteriële stammen, namelijk Clostridioides difficile en Pseudomonas aeruginosa, worden onderzocht met behulp van stam typering en whole genome sequencing om resistentie stabiliteit en fitness kost te bepalen. Dit om het ontstaan van resistentie mechanismen en hun uiteindelijke uitkomst in the maatschappij te begrijpen. (3) Markers binnenin de respiratoire microflora en genetische kenmerken van het SARS-CoV-2 virus die voorspellend kunnen zijn voor ziekte-ernst en infectie binnen het kader van een grote pan-Europese COVID-19 cohort studie. Deze bevat een groot aantal patiënten stalen van zorgmedewerkers, risicopopulaties, erg zieke COVID-19 patiënten en gezonde personen.