Mojca Strazisar domeincoördinator-diensthoofd

Onderzoek Mojca Strazisar

Onderzoeksgroep

Neuromics Kernfaciliteit (NSF). 01/01/2022 - 31/12/2026

Abstract

De hoofdmissie van de Neuromics Kernfaciliteit (NSF) is het aanbieden van technologische ondersteuning en diensten binnen de kerndomeinen van haar expertise: long-read en short-read sequencing, optioneel gevolgd door gestroomlijnde data-analyse. NSF ontvangt subsidie van UA als kernfaciliteit sinds 2007, met de initiële opdracht om hoge kwaliteit Sanger sequencing diensten te leveren. Sindsdien is NSF geëvolueerd naar een belangrijk competentiecentrum dat betaalbare ondersteuning aanbiedt met genoomtechnologie van de hoogste plank. NSF heeft sinds haar start ondersteuning geboden aan meer dan 40 UA-geaffilieerde groepen en samengewerkt met meer dan 230 onderzoeksgroepen en bedrijven. Door haar positie binnen het Centrum voor Moleculaire Neurologie en affiliaties met de Faculteit voor Farmaceutische, Biomedische en Diergeneeskundige Wetenschappen (UA) en het Vlaams Instituut voor Biotechnologie (VIB), is NSF perfect gepositioneerd om ondersteuning te bieden aan biologisch onderzoek en zich toe te leggen op de noden van diverse onderzoeksgroepen. NSF werd opgericht in 2017 door het samenvoegen van de Genetische Ondersteuningsfaciliteit (GSF) met ondersteuningsdiensten in data-analyse en microscopie om bestaande expertise te centraliseren. In 2017 breidde NSF haar diensten uit en vandaag ondersteunt ze een brede waaier van veelgevraagde toepassingen zoals sequencing, kwaliteitscontrole, staalvoorbereiding, library voorbereiding en data analyse, gebruikmakend van intern ontwikkelde analytische pipelines. Als UA Kernfaciliteit zal NSF haar expertise blijven aanbieden aan onderzoekers van UA, VIB en derde partijen. NSF zal blijven samenwerken, ondersteunen en troubleshooten binnen al haar kennisdomeinen, en dat voor een zeer betaalbare prijs voor UA medewerkers.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

Project website

Project type(s)

  • Onderzoeksproject

Functionele validatie van miRNA varianten gerelateerd aan miRNA expressie niveaus. 01/02/2013 - 31/12/2013

Abstract

MicroRNAs zijn één van de voornaamste genexpressie regulatoren betrokken bij belangrijke cellulaire processen, zoals apoptose, celdifferentiatie en celcyclus controle, maar zijn ook betrokken bij regulatie van processen in specifieke celtypes, zoals synaptische transmissie en synaptogenese. Veranderingen in de functie of expressie van een miRNA beïnvloeden de regulatoire capaciteit van het miRNA en kunnen leiden tot deregulatie van mRNA genen die belangrijk zijn in normale celfunctionering. Varianten gelegen in of in nabijheid van de mature miRNA-sequentie kunnen een effect hebben op de maturatie van het miRNA door wijzigen van secundaire structuur en/of op het doelwitspectrum van het miRNA door baseveranderingen in de seed region. In dit project stellen we voor 5 recent geïdentificeerde miRNA varianten functioneel te valideren met een eerder opgezet platform dat gebruikt maakt van SH-SY5Y cellen als neuronaal model. miRNA varianten werden geïdentificeerd via mutatiescreening van 66 hersengeëxpresseerde miRNA genen in 1128 psychiatrische patiënten en 1140 controles door middel van multiplex PCR gevolgd door massief parallele sequencing. De varianten werden geselecteerd op basis van een hogere frequentie in patiënten en gewijzigde secundaire structuurpredicties van de miRNAs. Met deze experimenten willen we het effect van de geïdentificeerde varianten op miRNA maturatie onderzoeken en het opgezette platform voor functionele studie van miRNA varianten verder valideren.

Onderzoeker(s)

Onderzoeksgroep(en)

    Project type(s)

    • Onderzoeksproject

    Neuromics Support faciliteit: ondersteuning kernfaciliteiten. 01/01/2007 - 31/12/2021

    Abstract

    De Genetische Service Faciliteit (GSF) is een centrale kernfaciliteit in het VIB Departement voor Moleculaire Genetica die aan de onderzoekers snel en professioneel, hoge doorvoer genetische analyses aanbiedt via een robotica platform. De aangeboden diensten omvatten onder meer DNA/RNA extracties, DNA sequenties, geno-typeringen van genetische merkers in patiënten/controle groepen en genoom-wijde segregatieanalyses in families. Hiertoe beschikt de GSF over een Biomek FX en twee Biomek NX robotplatformen (Beckman) voor de automatisering van en het samenstellen van PCR -reacties, drie "3730XL DNA analyzers" (Applied Biosystems) voor DNA sequentiebepaling en de analyse van microsatellieten (STR-merkers), en een SEQUENOM platform voor "high throughput mass array" spectrometrische bepaling van SNP-merkers . Voor de automatische extractie van DNA/RNA beschikken we over een Magtration System8Lx en Magtration System 12GCplus (PSS). Recenter heeft de GSF een ABI5500XL SOLiD toestel aangekocht voor ultra hoge doorvoerapplicaties zoals genoom sequentieanalyses. Ook de isolatie van DNA en RNA uit verschillende bronnen en de aanmaak van EBV lymfoblast cellijnen zijn gecentraliseerd in de GSF. Dankzij een geoptimaliseerd databanksysteem LIMS (Laboratory Information Management System), het gebruik van ELN ( Electronic Lab Notebooks) en GLP ("good laboratory practice"), gebeurt de dataverwerking voornamelijk automatisch en in optimale condities. Ook voorziet de GSF capaciteit voor genetische services aan derde gebruikers van de Universiteit van Antwerpen, het VIB en extern. Door de erkenning van de GSF als centrale kernfaciliteit van de Universiteit Antwerpen en van het VIB krijgen hun onderzoekers de aangeboden diensten aan marginale prijzen.

    Onderzoeker(s)

    Onderzoeksgroep(en)

    Project type(s)

    • Onderzoeksproject