Onderzoek Peter Delputte

Abstract

Het Respiratoir Syncytieel Virus (RSV) is wereldwijd een belangrijke oorzaak van acute infecties aan de lagere luchtwegen bij zowel zuigelingen als ouderen. Onlangs zijn twee vaccins en een monoklonaal antilichaam (mAb) ontwikkeld en goedgekeurd voor gebruik in deze populaties. Er wordt verwacht dat het nieuwe mAb (Nirsevimab) op grote schaal zal worden toegediend aan kinderen jonger dan twee jaar tijdens de komende RSV-seizoenen. Het veelvuldige gebruik van deze profylactische behandeling kan onverwachte veranderingen in RSV-infectie- en resistentiemechanismen veroorzaken, zoals op kleinere schaal wereldwijd is waargenomen bij het gebruik van het oudere en alomgebruikte mAb, palivizumab. Het is daarom cruciaal om de evolutie van RSV te begrijpen en potentiële mutaties te voorspellen die kunnen optreden onder de selectieve druk die wordt uitgeoefend door deze mAbs, wat een reële bedreiging vormt voor de effectiviteit van beschikbare preventieve maatregelen. Daarom zal de uitgebreide aanpak die in dit project wordt gepresenteerd onze kennis van hoe profylactische maatregelen de evolutie van RSV kunnen beïnvloeden vergroten. Tevens biedt het waardevolle inzichten voor de volksgezondheid en paraatheid tegen opkomende RSV-stammen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Van Hoorenbeeck Kim
• Mandaathouder: Serrano Cano Francisco Ivan

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het respiratoir syncytieel virus (RSV) is een belangrijke oorzaak van luchtweginfecties, die vooral jonge kinderen en ouderen treffen. Waarom RSV bij sommigen leidt tot asymptomatische of milde infecties en bij anderen tot levensbedreigende bronchiolitis, is onduidelijk. Ernstige ziekte wordt veroorzaakt door zowel directe virale aantasting als een overmatige activatie van het immuunsysteem. RSV kan initiële responsen op infectie moduleren, door het omzeilen van aangeboren antivirale immuniteit en het verstoren van celdood pathways. De kennis over hoe RSV interfereert met deze protectieve responsen op infectie en hoe dit zou kunnen bijdragen aan ernstige ziekte is beperkt. De meeste studies gebruiken laboratoriumstammen, die mogelijks belangrijke immuunmechanismen missen en niet representatief zijn voor de huidige stammen. Het is nog niet bekend hoe virusvariabiliteit zou kunnen leiden tot verschillende cellulaire reacties na infectie en of dit verschillen in ziekte-ernst zou kunnen verklaren. Het doel van dit project is om de initiële reacties op RSV-infectie uitgebreid te bestuderen, met de nadruk op aangeboren immuniteit en celdoodroutes, door een unieke bibliotheek van bonafide klinische isolaten en relevante hAEC-culturen te gebruiken. Validatie van de resultaten wordt uitgevoerd met behulp van RSV reverse genetics en de translationele waarde zal worden bevestigd in een set van >100 nasale stalen van RSV-geïnfecteerde zuigelingen met verschillende ziekte-ernst.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Wullaert Andy
• Mandaathouder: Fransen Axelle

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het hoofddoel van dit VLAIO Innovatiemandaat is het creëren van LeapSEQ, een innovatief softwareplatform ontworpen voor de effectieve en realtime surveillance van virussen en bacteriële antimicrobiële resistentie (AMR) in afvalwater door het gebruik van draagbare nanopore technologie

Onderzoeker(s)

• Promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Cuypers Wim

Onderzoeksgroep(en)

• ADReM Data Lab (ADReM)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Met dit project willen we een collectie van respiratoire virussen uitbouwen aan de Universiteit van Antwerpen. De collectie respiratoire virussen zal beschikbaar zijn voor bedrijven, academische onderzoeksgroepen en onderzoeksinstellingen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: De Winter Benedicte
• Co-promotor: Van Hoorenbeeck Kim
• Co-promotor: Verhulst Stijn

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit projectvoorstel legt de focus op het onderzoeken van co-infecties in de luchtwegen en hoe ze invloed hebben op de immuunrespons van het lichaam. Luchtweginfecties vormen wereldwijd een belangrijke oorzaak van ziekte en sterfte, en hoewel er vaak wordt aangenomen dat een enkele ziekteverwekker verantwoordelijk is voor een infectie, wijst steeds meer onderzoek op het veelvuldig voorkomen van co-infecties, waarbij meerdere pathogenen gelijktijdig aanwezig zijn. Het centrale doel van dit project is om de effecten van verschillende co-infecties—parasitair, viraal en bacterieel—op immuuncellen in de longen te onderzoeken, zowel in vitro (in een laboratoriumomgeving) als in vivo (in levende organismen). Het project zal zich richten op: - De moleculaire mechanismen achter de immuunreactie in de longen: Dit houdt in het bestuderen van hoe het immuunsysteem in de longen reageert op infecties en co-infecties, en welke factoren bijdragen aan een verhoogde gevoeligheid voor bijkomende infecties. - De interacties tussen gastheer en pathogenen: Het onderzoek zal zich richten op hoe pathogenen de lokale micro-omgeving van het longweefsel beïnvloeden en hoe dit de immuunafweer verzwakt of versterkt. - De effecten van co-infecties op vaccins en chemotherapie: Protozoaire infecties (door eencellige parasieten) kunnen mogelijk de effectiviteit van vaccins en behandelingen zoals chemotherapie veranderen. Dit project wil begrijpen hoe een primaire infectie de reactie van het lichaam op een tweede infectie of behandeling beïnvloedt. De verwachte uitkomsten van dit onderzoek kunnen leiden tot een beter inzicht in de complexiteit van respiratoire co-infecties, wat van groot belang is voor de volksgezondheid. Daarnaast kan dit onderzoek bijdragen aan de ontwikkeling van nieuwe diagnostische technieken, verbeterde behandelingen en vaccins die specifiek gericht zijn op het aanpakken van co-infecties. Dit zou niet alleen de patiëntenzorg verbeteren, maar ook de economische lasten van luchtweginfecties verlichten. Dit project zal ook dienen als een basis voor verdere wetenschappelijke ontwikkeling en de onderzoeker ondersteunen in het opbouwen van een onafhankelijk onderzoeksprofiel binnen dit relevante veld van de infectieziekten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Caljon Guy
• Co-promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Araujo Sergio

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Tijdens de COVID-19 pandemie heeft de detectie van Sars-CoV-2 in afvalwater de kracht van op afvalwater gebaseerde epidemiologie aangetoond om uitbraken te monitoren en om aanvullende gegevens te leveren om socio-economische beleidsstrategieën te sturen en te evalueren. Afvalwater bevat inderdaad een schat aan informatie over soorten pathogenen die in mensen circuleren. Deze unieke info over het viroom en microbioom is momenteel nog onvoldoende benut. Met de vooruitgang in moleculaire methoden die vandaag beschikbaar zijn, kunnen we het viroom en antimicrobiële resistentiegenen van populaties in kaart brengen via afvalwaterbewaking en zo de surveillance van de volgende wereldwijde uitdagingen in verband met pathogenen optimaliseren. Optimalisatie van methoden voor het verzamelen van afvalwater, voor de voorbehandeling van afvalwater en voor nucleïnezuur zuivering zullen worden geoptimaliseerd tijdens dit doctoraat voor een selectie van pathogenen, waaronder SARS-CoV-2 en andere respiratoire virussen. Daarnaast zullen detectie methodes ontwikkeld worden voor andere pathogenen waaronder Adenovirussen, Enterovirussen, Hepatitis E virus en Norovirus, en voor een selectie van AMR-genen. Tot slot zullen bemonsterings- en afvalwaterverwerkingsmethoden geoptimaliseerd worden voor gebruik in afgelegen omgevingen en plaatsen met beperkte middelen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Ul Hudda Noor

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Verscheidene RSV-vaccins, vaak gebaseerd op het recombinante fusie-eiwit (F) dat in de prefusie conformatie is gestabiliseerd, bevinden zich in een vergevorderd stadium van klinische ontwikkeling. Deze vaccins zijn gericht op ouderen en zwangere vrouwen, hoewel de behoefte het grootst is bij kinderen. RSV prefusie F lijkt niet te resulteren in voldoende beschermende RSV-immuniteit bij kinderen, en dat een Correlate of Protection (CoP) mogelijks anders is dan bij volwassenen. Het bepalen van een CoP voor kinderen blijkt zeer uitdagend en er zijn veel inconsistente resultaten gerapporteerd. Ik zal een uitgebreide studie doen om het antilichaamrepertoire van zwangere vrouwen, pasgeborenen en jonge kinderen tot 16 maanden, o.a. m.b.v. een uitgebreid panel van RSV F-specifieke monoklonale antilichamen, te analyseren. Ook zullen verschillen in de processing van RSV F in primaire epitheelcellen van kinderen en volwassenen (WD-PNECs) worden onderzocht door het virus te karakteriseren met aandacht voor de structuur van het F-eiwit en de aanwezigheid van epitopen. Antilichaamrepertoires en viruskenmerken zullen worden gecorreleerd met het begin en de ernst van RSV-infectie bij kinderen. Finaal zullen monoklonale antilichamen worden ontwikkeld m.b.v. subtractieve immunisatie om epitopen te targetten die correleren met een beschermende CoP bij kinderen. Dit ondersteunt het doel om een CoP bij kinderen te vinden en zal helpen om de ontwikkeling van vaccins bij kinderen te versnellen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Maertens Kirsten
• Mandaathouder: Schaerlaekens Sofie

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Met dit project willen we een collectie van respiratoire virussen uitbouwen aan de Universiteit van Antwerpen. De collectie respiratoire virussen zal beschikbaar zijn voor bedrijven, academische onderzoeksgroepen en onderzoeksinstellingen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: De Winter Benedicte
• Co-promotor: Van Hoorenbeeck Kim
• Co-promotor: Verhulst Stijn

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De kennis van de neutraliserende antistoffen respons tegen het Fusie (F) eiwit van Respiratoir Syncytieel Virus (RSV) is onvolledig. Het F eiwit is uniek aangezien naast het fusie peptide niet één, maar twee furine knipplaatsen aanwezig zijn, gescheiden door een 27 aminozuren peptide (p27). Maturatie van F is geassocieerd met het verwijderen van p27, wat ook de prefusie vorm activeert. De exacte rol van p27 en het voordeel voor het virus zijn niet gekend. Verrassend genoeg bevat p27 2 tot 3 N-gebonden glycosylatieplaatsen en data van het labo van de promotor tonen dat verwijderen van deze plaatsen neutraliserende antistof responsen verhoogt. Hoe het verwijderen van glycosylatieplaatsen in een peptide dat afwezig zou zijn in het mature F eiwit, neutraliserende antistof responsen beïnvloedt is niet gekend. Preliminaire data suggereren dat verwijderen van deze glycosylatieplaatsen het proteolytisch knippen van p27 beïnvloedt. Dit zou het F eiwit stabiliseren in een flexibele prefusie configuratie, wat nieuwe neutraliserende epitopen blootstelt en presentatie van gekende epitopen aan het immuunsysteem verhoogt. Deze hypothese zal onderzocht worden met een combinatie van in vitro en in vivo experimenten, gebruik makend van een selectie van mutante F eiwitten, monoclonale antilichamen en recombinante virussen. Verder zal de structuur van de flexibele prefusie conformatie onderzocht worden en zullen de betrokken neutraliserende epitopen geïdentificeerd worden, wat de ontwikkeling van nieuwe vaccins kan stimuleren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Jacobs Lotte

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Afvalwater-gebaseerde epidemiologie van SARS-CoV-2 is reeds vanaf heg begin van de COVID-19 pandemie gebruikt als een complementaire indicator om de trends op te volgen van het spreiden van SARS-CoV-2 in België en andere landen. Een multiplex dPCR assay is geoptimaliseerd om meer inzicht te geven in het voorkomen van verschillende 'variants of concern' VOC in influent afvalwater stalen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het FWO WOG brengt Vlaamse experts en hun internationale connecties samen in een consortium dat verschillende cruciale aspecten van virale ziekten bij mens en dier bestudeert en waarbij nieuwe doelwitten geïdentificeerd worden die als basis dienen voor het genereren van vaccins en antivirale middelen. Het consortium bestaat uit leden die actief zijn op het gebied van viruskarakterisering, virus-gastheerinteracties en pathogenese, virusevolutie en verspreiding en ontwikkeling van vaccins en antivirale middelen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Varicella zoster virus (VZV) behoort tot de familie van de herpesvirussen en is een alomtegenwoordig humaan pathogeen. Bij kinderen en volwassenen kunnen varicella-gerelateerde complicaties leiden tot hospitalisatie. Terwijl bij kinderen directe neurologische complicaties kunnen optreden na primaire infectie (varicella), zijn vasculitis en neurologische complicaties bij volwassenen niet ongewoon na re-activatie van latent VZV (herpes zoster). Met deze link tussen VZV en neuropathologie is het onvermijdelijk dat het immuunsysteem van het centraal zenuwstelsel (CZS) op de proef gesteld wordt door VZV. Echter, tot op heden is er weinig kennis over hoe astrocyten en microglia zich gedragen in contact met VZV. In dit project zullen we deze vraag beantwoorden gebruikmakende van een reeds opgezet humaan in vitro model van axonale infectie van humane geïnduceerde pluripotente stamcel (hiPSC)-afgeleide CZS neuronen met fluorescente VZV-reporterstammen. Eerst onderzoeken we hoe hiPSC-afgeleide astrocyten en microglia de processen van VZV-infectie, latentie en re-activatie beïnvloeden. Vervolgens zullen we met iPSC modellen afgeleid van VZV-patiënten met mutaties in POLRIII nagaan of immuungecompromiteerde astrocyten en/of microglia neuronale VZV infectie kunnen controleren. Deze studies zullen helpen immuunresponsen tegen VZV in het CZS beter te begrijpen, en – na het beëindigen van dit project – nieuwe strategieën te ontwikkelen om VZV verspreiding in het CZS te voorkomen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Ponsaerts Peter
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Ogunjimi Benson

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Experimentele Hematologie (LEH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ondanks grote vooruitgang in biomedisch onderzoek is tuberculosis (TB), veroorzaakt door Mycobacterium tuberculosis (Mtb), nog steeds de dodelijkste infectieziekte in de wereld. De opties voor de behandelingen zijn beperkt, duur en niet altijd verkrijgbaar in ontwikkelingslanden en de patiënten vertonen vele nevenwerkingen van de huidige geneesmiddelen. Er is dus een grote nood aan de ontwikkeling van nieuwe combinatietherapieën met meer efficiënte, kortere en veiligere behandelingen voor alle vormen van TB. Het doel van RESPIRI-TB is om nieuwe geneesmiddelkandidaten te bekomen die minder gevoelig zijn aan resistentie-ontwikkeling en die een kortere therapieduur geven voor TB en multi-drug TB. Zo'n geneesmiddelencombinatie zal synergistisch werken op het energiemetabolisme van Mtb of op complementaire doelwitten. Om dit te bereiken worden recent ontdekte inhibitoren van de Mtb respiratoire pathway verder ontwikkeld. Daarnaast richt het onderzoek zich op het Mtb moleculair mechanisme om reactieve zuurstofverbindingen te reduceren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Cappoen Davie
• Co-promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

West Nile virus (WNV) en Usutu virus (USUV) zijn twee door muggen overgedragen flavivirussen die opkomen in Europa en een toenemend gezondheidsrisico vormen. Gezien het steeds dreigender gevaar dat deze virussen vertegenwoordigen, is het noodzakelijk om zowel efficiëntere methoden voor vroege diagnose als therapeutische of preventieve oplossingen te vinden om de impact van deze ziekteverwekkers op de volksgezondheid te beperken. Niet-structureel eiwit 1 (NS1) van WNV en USUV wordt beschouwd als een veelbelovend doelwit voor diagnostische, vaccin- en therapeutische ontwikkeling. Het project beoogt de productie van monoklonale antilichamen (mAbs) die zeer specifiek zijn voor NS1 van WNV en USUV met behulp van een subtractieve immunisatiebenadering en het opzetten van een expressiesysteem voor recombinante flavivirus-eiwitten die de oorspronkelijke oligomerisatietoestand van NS1 behouden, dat circuleert in het bloed als een hexameer. De gegenereerde mAbs zullen de ontwikkeling van de volgende generatie diagnostica stimuleren, en dit zal een kritische meerwaarde zijn bij vervolgprojectaanvragen en onderhandelingen met ontwikkelaars van diagnostische tests. Bovendien kunnen de antilichamen en recombinante eiwitten bijdragen aan het ophelderen van de rol van NS1 in de ontwikkeling van vaccins en therapeutica, wat essentiële gegevens zijn om vervolgens bijkomende projectvoorstellen in te dienen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Flavivirussen overgedragen door arthropoden vormen zelfs in Europa een steeds groter wordende bedreiging, zelfs met co-circulatie van West-Nijlvirus (WNV), het Teken-encefalitisvirus (TBEV) en het Usutuvirus (USUV) in sommige regio's. Bovendien worden door reizigers regelmatig flavivirussen uit endemische gebieden, zoals het Japanse encefalitisvirus (JEV), geïntroduceerd. Het is cruciaal om deze neurotrope flavivirussen te diagnostiseren en te onderscheiden door vroege en nauwkeurige diagnostische testen, en zo preventie van infectie en klinische behandeling te verbeteren. De aanwezigheid van het flavirus niet-structurele eiwit 1 (NS1) in het bloed kan worden bepaald nog voor het optreden van symptomen, waardoor het een veelbelovende biomarker is voor de ontwikkeling van een antigeen-capture assay. Het gebrek aan monoklonale antilichamen (mAbs), gericht tegen NS1 van één type flavivirus, en dat niet kruisreageert met andere flavivirussen, is een belangrijke reden waarom NS1-diagnosetests niet commercieel beschikbaar zijn. Ik zal met behulp van subtractieve immunisatie panels van virus-specifieke anti-NS1 mAbs maken die telkens heel specifiek het NS1 eiwit van één van deze virussen herkent. De mAbs zullen worden getest en gevalideerd en moeten de latere ontwikkeling toelaten van diagnostische tests waarmee het type flavivirus bij infectie duidelijk kan worden onderscheiden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Ceconi Martina

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Luchtweginfecties bij de mens leiden tot een spectrum van symptomen van variabele ernst en tot een wereldwijde morbiditeit, mortaliteit en economische verliezen. Ademhalingspathogenen kunnen zich gemakkelijk onder de bevolking verspreiden en zijn vaak verantwoordelijk voor grootschalige uitbraken, epidemieën en zelfs pandemieën. Hoewel dergelijke pandemieën verwoestende gevolgen hebben voor de menselijke gezondheid en een grote socio-economische impact hebben, is de jaarlijkse infectielast met Respiratoir Syncytieel Virus (RSV), Mycobacterium tuberculosis en Streptococcus pneumoniae ook aanzienlijk. Luchtweginfecties zijn wereldwijd doodsoorzaak nummer één bij kinderen onder de vijf jaar met ongeveer 650.000 jaarlijkse overlijdens. De ziektelast gaat echter verder dan dit duizelingwekkende aantal, met een algemeen effect op de morbiditeit en mortaliteit in de algemene wereldbevolking (~2,5 miljoen jaarlijkse overlijdens). Van bijzonder belang is dat ernstige luchtweginfecties niet alleen afhangen van één bepaald pathogeen, maar ook van voorgaande infecties of co-infecties. Het belang en de impact van co-infecties zijn echter nog niet helemaal duidelijk. Daarom is er een dringende behoefte om onze kennis van gastheer-pathogeen interacties op de long (immune) interface te verbeteren en om klinisch relevante diermodellen te ontwikkelen. Proefdierstudies zijn een hoeksteen van fundamenteel onderzoek en van de ontwikkeling van nieuwe profylactische, diagnostische en therapeutische modaliteiten. De ontwikkeling van geschikte infectiemodellen kan echter zeer uitdagend zijn, want vaak resulteert dit in zeer nauwe testvensters omwille van de snelle klaring van het pathogeen of vroege mortaliteit van de gastheer. De onderzoeksteams die bij deze uitdaging betrokken zijn, hebben jarenlange expertise met infectiemodellen, zowel in vitro als in knaagdieren. Drie PI's op LMPH richten hun onderzoek op parasitaire (prof. Caljon), bacteriële (prof. Cos) en virale infecties (prof. Delputte) om inzicht te krijgen in beschermende aangeboren en adaptieve immuunresponsen, en in (immuun-)pathologie. Een recente studie waarbij LMPH betrokken was, toonde aan dat sommige long-bacteriën een immunomodulerende activiteit hebben bij chronische luchtwegaandoeningen (Rigauts et al., Eur. Resp. J., 2022). Zeer recente parasitologische waarnemingen tonen aan dat Afrikaanse trypanosomen snel en permanent het longweefsel koloniseren met een sterke invloed op de immunologische samenstelling van het weefsel (sterke reducties van B cellen en eosinofielen), zonder duidelijke ademhalingsstoornissen of pathologie. Verrassend genoeg resulteert dit in een verhoogde en aanhoudende RSV-replicatie, wat duidt op complexe in vivo interacties die niet in vitro gemodelleerd kunnen worden (Mabille et al., Nat. Commun., in afwachting van aanvaarding). Door gebruik te maken van de expertise in parasitaire, virale en bacteriële infecties op LMPH, de beschikbaarheid van high-end platformen voor het evalueren van longfunctie en immunologische parameters en initiatieven van biobanking, heeft deze uitdaging tot doel de functionele en immunologische impact van longinfecties en co-infecties van parasitaire, virale en bacteriële oorsprong te bestuderen. Dit zal onschatbare informatie opleveren over de virulentie en pathogeen karakter van geselecteerde stammen uit eigen collecties, het opzetten van in vivo assays en het ontrafelen van immunologische parameters die correleren met pathologie. Naast de voortschrijdende wetenschappelijke basisinzichten in interacties tussen gastheer en pathogenen, zijn de toepassingen talrijk, waaronder de ontwikkeling en evaluatie van diagnostica en medicinale verbindingen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Caljon Guy
• Co-promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Araujo Sergio

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De SARS‐CoV‐2‐pandemie heeft aangetoond hoe onvoorbereid onze samenleving was op het voorkomen van de verspreiding van zeer besmettelijke ziekten, het beschermen van zorgverleners en patiënten, en de logistieke uitdagingen bij het gelijktijdig verzorgen en behandelen van een groot aantal besmettelijke patiënten. De afgelopen twee jaar hebben ziekenhuizen gestreefd om de verspreiding van dit virus binnen hun organisatie tegen te gaan, een uitdaging die dikwijls noodzaakte om dagelijks zelfs duizenden eenheden van ongebruikt, individueel verpakt medisch materiaal te laten vernietigen, dat niet snel en efficiënt kon worden gedesinfecteerd met de traditionele desinfectiemethoden. Het Universitair Ziekenhuis Antwerpen (UZA) alleen al produceert gemiddeld zo'n 250.000 kg medisch afval per jaar. In 2021 was de hoeveelheid medisch afval met meer dan 10% gestegen in vergelijking met de pre‐COVID periode. Wereldwijd gaf de pandemie niet alleen aanleiding tot een enorme verhoging van de kosten voor ziekenhuizen, maar verhoogde ook de productie van afval met 400‐500%. Bovendien was er op het hoogtepunt van de pandemie zelfs een nijpend tekort aan medische hulpmiddelen. Dit was dus niet alleen een milieu‐ en financieel probleem, maar ook een zware last voor de gezondheidszorg. Om beter voorbereid te zijn op toekomstige pandemieën, stellen we hier een missiegericht innovatieproject voor, dat beantwoordt aan een specifieke vraag vanuit de dienst Intensieve Zorgen van het UZA. In ons IOF‐POC CREATE‐project willen we een desinfectieapparaat op basis van niet‐thermisch plasma (NTP) ontwikkelen om virussen snel van ongebruikte, individueel verpakte medische producten te verwijderen: het plasmatoestel voor ziekenhuisgebruik ("hospital‐use plasma": HUP). Ons HUP‐toestel maakt gebruik van een volledig innovatief ontwerp met cilindrische geometrie, waarin de te desinfecteren materialen worden ingebracht. Het plasma wordt opgewekt rond deze (niet‐geleidende) verpakkingsmaterialen, om het contact met deze materialen te verbeteren en een volledige, uniforme behandeling te garanderen. We moeten hiervoor inderdaad een volledig nieuw plasmatoestel en concept ontwerpen, dat we een 'bewegend bed' DBD plasma noemen. Door gebruik te maken van de individueel verpakte medische producten als onderdeel van het plasmatoestel, en om het plasma stabiel te houden, biedt ons 'bewegend bed' DBD plasmatoestel een schaalbare oplossing voor snelle desinfectie in het ziekenhuis. Op basis van onze kennis van plasmadynamica en computersimulaties van plasma's, hebben we dit theoretische ontwerp ontwikkeld, maar de haalbaarheid om een werkend prototype te maken, moet nog uitgetest worden. Daarom zullen we in dit IOF‐POC CREATE‐project ons prototype HUP‐toestel in het laboratorium produceren en valideren. Indien succesvol, zal ons HUP‐toestel ons in staat stellen om: i) tekorten in individueel verpakte medische producten te verminderen; ii) het door zorginstellingen geproduceerde afval en de daarmee samenhangende kosten voor afvalbeheer te verminderen, en; iii) de incidentie van ziekenhuisinfecties te verminderen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Bogaerts Annemie
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Jorens Philippe
• Co-promotor: Lin Abraham
• Co-promotor: Privat Maldonado Angela
• Co-promotor: Sahun Maxime

Onderzoeksgroep(en)

• Plasma Lab voor toepassingen in duurzaamheid en geneeskunde - Antwerpen (PLASMANT)

Project website

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze aanvraag heeft als doel de aankoop van nieuwe basisinfrastructuur, een toestel voor het sorteren en isoleren van individuele cellen met behulp van microfluidics. Het toestel is inzetbaar voor heel diverse toepassingen in cellijn ontwikkeling, monoklonale antistof ontwikkeling, iPSC kloneren, single cell omics, het isoleren van zeldzame cellen, microbiologie, virologie, immunologie en microbiële biotechnologie. Het toestel het werkt op lage druk, is gemakkelijk op te zetten en laat toe om vlot over te schakelen tussen verschillende toepassingen, zowel met als zonder infectieuze agentia.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Lebeer Sarah
• Co-promotor: Ogunjimi Benson
• Co-promotor: Vorsters Alex

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Neurotrope virale infecties blijven een grote bron van ziekte met bijhorende economische kost. Dergelijke neurotrope infecties worden het frequentst veroorzaakt door herpesvirussen, arbovirussen en enterovirussen en leiden vaak tot ernstige neurologische schade met een ongunstige klinische afloop. De zoektocht naar interventies om deze infecties te voorkomen en/of te behandelen is echter moeilijk en uitdagend. De voornaamste reden hiervoor is de aard van de doelwitcellen, neuronen, die niet-hernieuwbaar zijn en drastisch verschillen van andere cellen (of cellijnen). Screening van nieuwe antivirale middelen via het klassieke onderzoek met cellijnen is niet geschikt voor virussen die neuronen infecteren. Gespecialiseerde, bona fide, neuronale cultuursystemen van humane origine zijn daarvoor noodzakelijk. In dit project zullen we gespecialiseerde neuronale cultuurmodellen ontwikkelen die gericht zijn op een hogere throughput screening van antivirale middelen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Ogunjimi Benson
• Co-promotor: Ponsaerts Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Detectie van getranssudeerde antilichamen in vrouwelijke genitale afscheidingen, opgevangen in de eerste fractie (EF) van de urine is reeds aangetoond. Bovendien werden er ook reeds vaccin-geïnduceerde HPV-antilichamen gedetecteerd in EF-urine. Hoewel er goede correlaties werden waargenomen tussen gepaarde EF-urine en serum stalen, is de concentratie urinaire antilichamen minstens 1000 keer lager dan dit in serum. Om onderscheid te kunnen maken tussen zowel gevaccineerd vs. niet-gevaccineerd en serogeconverteed niet-gevaccineerd vs. niet- serogeconverteed niet-gevaccineerde gebruik makend van EF-urine stalen, moet de antilichaamopbrengst alsook de assaygevoeligheid worden verhoogd. Om de detectie van HPV-specifieke antilichamen in EF- urine te verbeteren zullen er HPV-pseudovirions (PsV) voor de quadrivalente vaccintypes (HPV6, 11, 16, 18) worden aangemaakt (WP1). Deze PsV zullen verder gebruikt worden in een zeer gevoelige immunoassay alsook om conformationele monoklonale HPV-antilichamen in muizen te creëren met behulp van de hybridomatechnologie (WP2.1). Deze monoklonale antilichamen zullen type-specifiek worden gemaakt door de muizen ongevoelig te maken voor alle andere opgenomen HPV PsV-types alvorens ze te immuniseren met het HPV PsV-type van interesse. De kwaliteit van de gecreëerde monoklonale antilichamen zal geëvalueerd worden m.b.v. een DELFIA assay gebruik makend van de geproduceerde HPV-PsV. Verder zal het neutraliserend vermogen van de gegenereerde monoklonale antilichamen intern worden bekeken met een pseudovirion gebaseerde neutralisatietest (WP2.2). De geproduceerde PsV en monoklonale antilichamen zullen vervolgens worden gebruikt in een multiplex competitieve, zeer gevoelige DELFIA gebruik makend van time-resolved fluorescence (TRF) (WP3). Het niet-invasief opvolgen van neutraliserende HPV-antilichamen door het gebruik van FV-urine heeft duidelijk enkele grote voordelen zoals (i) het feit dat het een gemakkelijk te verzamelen niet-invasief staal is, (ii) je hiermee ook informatie kan verschaffen over de infectie door parallelle DNA-testen toe te passen en, (iii) het geschikt is voor thuisafname (momenteel erg belangrijk door de COVID-19-pandemie). Indien dit project slaagt, biedt de gemaakte test een zeer nuttig en bijna uniek hulpmiddel om neutraliserende HPV-antilichamen te detecteren. Bovendien zal de ontwikkelde assay, mits minimale aanpassingen, ook compatibel zijn met serum stalen. Aangezien er algemeen slechts een beperkte hoeveelheid HPV-immunoassays beschikbaar zijn en er momenteel slechts één andere assay (cLIA) specifiek neutraliserende antilichamen detecteert, zal deze assay een grote meerwaarde bieden. Bovendien zullen de gevalideerde pseudovirions en HPV-type specifieke neutraliserende monoklonale antilichamen aanzienlijke belangstelling en brede toepassingen in het veld genereren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vorsters Alex
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: De Vos Winnok

Onderzoeksgroep(en)

• Centrum voor Evaluatie van Vaccinaties (CEV)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Virussen die luchtweginfecties veroorzaken, komen in aanraking met een diverse microbiële gemeenschap in de luchtwegen (de microbiota). Hoewel het merendeel van het onderzoek binnen de host-virus-microbiota nexus zich richt op de interacties tussen virussen of microbiota en immuniteit, is er weinig geweten over de directe impact van luchtwegmicrobiota op virussen. Het doel van dit project is om tot een nieuw begrip te komen van hoe directe microbiota-virus interacties in de luchtwegen de virale pathogenese beïnvloeden, met respiratoir syncytieel virus (RSV) als model. Innovatieve gerichte isolatie van RSV-bindende bacteriestammen uit de luchtwegen tijdens RSV-ziekte zal worden uitgevoerd, in parallel met een diepgaande functionele en taxonomische microbioomanalyse. Met de nadruk op nuttige bacteriën, zullen de effecten van directe bacteriële interacties met RSV worden geanalyseerd met behulp van een reeks in vitro testen specifiek voor de gastheer-microbiota-virus nexus. Lokalisatie en eigenschappen van bacteriële anti-RSV componenten zullen worden onderzocht. De effecten waargenomen in vitro zullen worden afgestemd met in vivo read-outs in een muismodel van RSV-infectie, om te concluderen of ze zich vertalen in klinisch relevante resultaten. Het begrijpen van de rol van directe interacties tussen de luchtwegmicrobiota en virussen zal een potentieel baanbrekende nieuwe dimensie toevoegen aan het samenspel binnen de host-virus-microbiota nexus in de respiratoire niche.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Lebeer Sarah
• Co-promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Spacova Irina

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het opvolgen van de aanwezigheid van SARS-CoV-2 in afvalwater maakt het mogelijk om de verspreiding van het virus in de bevolking in kaart te brengen, enkele dagen vroeger dan de gegevens verkregen uit screening op menselijke stalen. Deze monitoring vervangt de klinische tests die we vandaag kennen niet, maar speelt een belangrijke rol bij het vroegtijdig opsporen van toekomstige fasen van de epidemie en het opsporen van nieuwe uitbraken in bepaalde gebieden. Met dit project willen we SARS-CoV-2 detectie doen in sanitair afvalwater op gebouw niveau van grote entiteiten, zoals rusthuizen, om na te gaan of dit kan worden gebruikt als een meer fijnmazige surveillance.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het opvolgen van de aanwezigheid van SARS-CoV-2 in afvalwater maakt het mogelijk om de verspreiding van het virus in de bevolking in kaart te brengen, enkele dagen vroeger dan de gegevens verkregen uit screening op menselijke stalen. Deze monitoring vervangt de klinische tests die we vandaag kennen niet, maar speelt een belangrijke rol bij het vroegtijdig opsporen van toekomstige fasen van de epidemie en het opsporen van nieuwe uitbraken in bepaalde gebieden. Het laat op die manier toe om een proactief gezondheidsbeleid te voeren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: van Nuijs Alexander

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Long auscultatie, het luisteren naar ademgeluiden, is één van de meest gebruikte onderzoeken om de gezondheid van longen te evalueren. Er bestaan verschillende computergestuurde methoden om longgeluiden te analyseren. 'Computer Aided Lung Sound Analysis' (CALSA) voorkomt limitaties geassocieerd met klassieke long auscultatie, doordat de metingen objectief verlopen en het mogelijk is de karakteristieken van het geluid te berekenen. Op dit moment is er nog geen gouden standaard voor het verzamelen en verwerken van de data en is er nog geen methode toepasbaar in de klinische praktijk. Tijdens dit project ontwikkelen we een een eenvoudig te interpreteren en solide visuele representatie voor CALSA. Dit project beschrijft verschillende klinische studies om de analyse te valideren en om na te gaan of deze geschikt is om de ernst van een RSV-bronchiolitis in te schatten en het effect te meten van respiratoire kinesitherapie. Digitale auscultatie heeft het potentieel om een sensitieve, objectieve en niet-invasieve methode te zijn, door het verschaffen van regionale informatie geassocieerd met veranderingen in de luchtwegen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verhulst Stijn
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Steckel Jan
• Mandaathouder: Stas Toon

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium Experimentele geneeskunde en Pediatrie (LEMP).

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het opvolgen van de aanwezigheid van SARS-CoV-2 in afvalwater maakt het mogelijk om de verspreiding van het virus in de bevolking in kaart te brengen, enkele dagen vroeger dan de gegevens verkregen uit screening op menselijke stalen. Deze monitoring vervangt de klinische tests die we vandaag kennen niet, maar speelt een belangrijke rol bij het vroegtijdig opsporen van toekomstige fasen van de epidemie en het opsporen van nieuwe uitbraken in bepaalde gebieden. Het laat op die manier toe om een proactief gezondheidsbeleid te voeren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: van Nuijs Alexander

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project beoogt om een analytisch protocol te optimaliseren om SRAS-CoV-2 RNA in rioolwater te detecteren. Dit protocol zal dan toegepast worden op rioolwaterstalen gecollecteerd op verschillende plaatsen in België om het early-warning karakter van de methodiek in kaart te brengen. Verder zal de data getrianguleerd worden met andere datasets (bvb. hospitalisaties, besmettingen) om de complementariteit van de data te onderzoeken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: van Nuijs Alexander
• Co-promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Toxicologie

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Recent hebben we een Respiratoir Syncytieel Virus (RSV) geïsoleerd met unieke eigenschappen voor toepassingen in preklinisch en klinisch onderzoek. Met dit project willen we bijkomende kennis genereren over dit primaire isolaat en de genomische veranderingen identificeren die verantwoordelijk zijn voor het geobserveerde fenotype.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project heeft tot doel SARS-CoV-2 RNA te detecteren in afvalwater in België om zo een complementaire epidemiologische indicator te introduceren om de huidige epidemie in real-time en constant op te volgen. Dit translationeel datagestuurd epidemiologisch onderzoek zal een directe meerwaarde bieden ter ondersteuning en opvolging van beleidsinitiatieven en om uitbraken vroegtijdig op te sporen. Dit project vult de huidige kennislacunes aan door prevalenties te schatten van infectie in de algemene populatie zonder individuele testing. Bovendien zal, door middel van triangulatie van onze gegevens met gegevens van diagnostische testen en klinische surveillance, een uitgebreidere voorspelling en controle van de COVID-19-epidemie mogelijk gemaakt worden. Het idee om SARS-CoV-2 RNA in afvalwater te detecteren en kwantificeren als een proxy voor de infectiegraad in de algemene bevolking is innovatief en epidemiologisch zeer informatief, aangezien gegevens voor de hele gemeenschap kunnen worden verkregen met hoge temporele en ruimtelijke resoluties. Deze voorgestelde strategie voor het opvolgen van viraal RNA in afvalwater kan worden beschouwd als een gevoelig instrument voor vroegtijdige waarschuwing en kan de modellen/voorspellingen van de epidemie aanzienlijk verbeteren. Specialisten in staalafname en analyse van afvalwater en virologie worden in dit consortium samengebracht om dit project binnen de voorgestelde termijn haalbaar te maken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: van Nuijs Alexander
• Co-promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Toxicologie

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Deze aanvraag heeft betrekking op de aankoop van nieuwe basisinfrastructuur, meer specifiek een FlexiVent-systeem van Emka Technologies. FlexiVent is een platform voor standaard respiratoir onderzoek dat kan worden gebruikt in vele toepassingen van pulmonaire onderzoek. Het systeem biedt grote voordelen in vergelijking met de klassieke, niet-invasieve plethysmografie omdat het nauwkeurig, reproduceerbaar en een bewezen nut heeft op basis van de vele publicaties. FlexiVent is veel beter in staat longafwijkingen op te sporen via veranderingen in functionele residuele capaciteit, totale longcapaciteit, vitale capaciteit en compliantie van de luchtwegen. Bovendien laat analyse van longfuncties via FlexiVent toe luchtwegaandoeningen bij muizen te onderscheiden door gebruik te maken van klinisch relevante variabelen en wordt daarom algemeen geaccepteerd als de gouden standaard in de functionele evaluatie van infectieuze en niet-infectieuze pathologische, respiratoire ziektemodellen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Verhulst Stijn

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

RSV is wereldwijd de belangrijkste oorzaak van ernstige luchtweginfecties. De meeste kinderen zullen er voor hun tweede levensjaar mee besmet worden. Bij volwassenen en oudere kinderen zijn de symptomen vaak mild, maar jongere kinderen kunnen een ernstiger ziektebeeld ontwikkelen. Het is niet duidelijk waarom sommige kinderen een ernstige ziekte ontwikkelen, in tegenstelling tot anderen, en de behandeelopties zijn momenteel beperkt. We willen daarom de gastheer- en virusgerelateerde factoren onderzoeken die de ziekte-ernst beïnvloeden. Daarom zullen we allereerst RSV isoleren uit kinderen met luchtweginfecties en verschillen tussen de isolaten objectiveren. Vervolgens zullen we het effect onderzoeken van deze isolaten op de immuunrespons geïnduceerd door humane luchtwegepitheelcellen, aangezien zij het primaire doelwit zijn en betrokken zijn bij de pathogene reactie op RSV-infectie. Tot slot willen we nagaan of hetzelfde klinische isolaat een andere immunologische respons induceert in luchtwegepitheelcellen van verschillende patiënten. We zullen dus niet alleen fundamentele inzichten verwerven in de oorzaken van RSV-geïnduceerde ziekte, maar we zullen ook in het labo geïdentificeerde virus- en gastheergerelateerde risicofactoren correleren met klinische symptomen die bij patiënten worden waargenomen. Met dit project willen we patiënten die vatbaar zijn voor ernstige ziekten in een vroeg stadium identificeren, om zo de therapeutische opties en het ziekteverloop te verbeteren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verhulst Stijn
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Smet Annemieke
• Mandaathouder: Stobbelaar Kim

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium Experimentele geneeskunde en Pediatrie (LEMP).

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het Respiratoir Syncytieel Virus (RSV) is wereldwijd de belangrijkste oorzaak van ernstige aandoeningen van de onderste luchtwegen bij jonge kinderen. Bijna alle kinderen worden tegen de leeftijd van 2 jaar blootgesteld aan RSV. Ongeveer 40% daarvan zal een infectie van de onderste luchtwegen ontwikkelen, zoals bronchiolitis, en tot 10% van deze kinderen moet in een ziekenhuis worden opgenomen. Ernstige ontsteking is een typisch kenmerk bij de gehospitaliseerde kinderen. Ondanks de ontdekking van het virus in 1956 zijn de preventie- en behandelingsopties voor RSV beperkt. In dit project wordt een innovatieve aanpak o.b.v. de intranasale toediening van probiotische stammen onderzocht. Zo willen we nagaan of intranasale probiotica die toegediend worden voor een RSV infectie kunnen functioneren als immunomodulatotische agentia die RSV-geassocieerde inflammatie kunnen voorkomen. Daarnaast willen we testen of intranasale toediening in combinatie met een RSV vaccin de veiligheid en werkzaamheid van het vaccin kan bevorderen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Lebeer Sarah
• Co-promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het doel van dit project is om de exacte moleculaire werkingsmechanismes van kleine molecule polymerase-inhibitoren van RSV en hMPV op te helderen. Dit onderzoek zal het inzicht van het veld in de manier waarop deze kleinmolecule replicatie-remmers werken aanzienlijk vergroten en uiteindelijk bijdragen aan het bieden van een nieuwe en zeer effectieve behandelingsstrategie voor RSV en hMPV. Meer specifiek beoogt dit project: (i) de precieze moleculaire effecten van kleinmoleculaire polymerase-remmers van RSV en hMPV te verduidelijken, (ii) de mechanismen te bestuderen waarmee potentiële resistentie tegen deze remmers kan ontstaan en (iii) bij te dragen aan de opheldering van de structuren van de volledige lengte van RSV- en hMPV-polymerasen door het ontdekken van conformatie-stabiliserende antilichamen, die kunnen worden gebruikt in kristallisatie- of cryo-EM-benaderingen; en door de mate van de stabiliserende effecten van deze antilichamen op kleinmolecule remmers te meten, waardoor een geoptimaliseerd ontwerp van kandidaat- geneesmiddelen mogelijk wordt. Om dit te doen, zullen we uitdagende en innovatieve technieken gebruiken en ontwikkelen om een effectieve behandeling voor RSV- en hMPV-infecties te vinden.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Bonneux Brecht

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Respiratoir Syncytiaal Virus (RSV) is wereldwijd de belangrijkste oorzaak van ernstige infecties van de onderste luchtwegen. Bijna alle kinderen zijn geïnfecteerd met het virus tegen het einde van hun tweede levensjaar. RSV veroorzaakt verschillende klinische ziektebeelden, gaande van milde tot zeer ernstige infecties. Tot op heden zijn er weinig preventieve en therapeutische opties beschikbaar. Ook is het niet duidelijk waarom sommige individuen ernstig ziek worden en anderen niet. Met deze studie wensen we gastheer- en virus-gerelateerde factoren te onderzoeken die de ernst van het ziekteverloop kunnen bepalen. Om deze doelstelling te behalen, is het onderzoeksproject opgedeeld in 4 objectieven. Eerst zullen RSV stammen geïsoleerd worden bij patiënten en zullen twee standaard viruscollectiemethoden vergeleken worden om de methode te identificeren die het meest succesvol is om levende RSV isolaten te bekomen. Vervolgens zal het effect van deze RSV isolaten getest worden in het labo op humane respiratoire epitheelcellen. Deze cellen zijn de primaire doelwitcellen van het virus en zijn ook betrokken bij de pathogene immuunrespons tegen de RSV infectie. Uiteindelijk zal het effect van virusinfectie van respiratoire epitheelcellen, geïsoleerd uit verschillende patiënten, getest worden om een verklaring te vinden voor de verschillende gradaties van het ziektebeeld bij deze patiënten. Het translationele luik van deze studie omvat een correlatie tussen de risicofactoren die bepaald werden in het labo en de klinische symptomen bij de patiënten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Verhulst Stijn
• Co-promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Stobbelaar Kim

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium Experimentele geneeskunde en Pediatrie (LEMP).

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

The EMJMD "Leading International Vaccinology Education" (LIVE) is a two-year multidisciplinary Master of Science in Biomedical Sciences delivering 120 European Credit Transfer System (ECTS) under the joint supervision of five Higher Education Institutions (HEIs) from three Programme Countries (ProgC): Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) & Universitat de Barcelona (UB) from Spain, University of Antwerp (UAntwerp) from Belgium, and Université Jean Monnet Saint-Etienne 1 (UJM) & Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) from France.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderwijsproject

Abstract

Fysische en functionele interacties tussen biomoleculen spelen een doorslaggevende rol in alle aspecten van de humane fysio- en pathologie. Een beter inzicht in deze biomoleculaire interacties zou ons begrip van ziekten zoals kanker, metabole en neurodegeneratieve aandoeningen verbreden. Aan de UAntwerpen, hebben 7 onderzoeksgroepen de handen in mekaar geslagen om een Biomoleculair Interactie Platform (BIP) te bekomen, cruciaal voor het meten van deze interacties. Met een BIP kunnen bindingsaffiniteiten nauwkeurig worden bepaald tussen elk type molecule, van ionen en kleine moleculen tot hoogmoleculair gewicht en multi-eiwit complexen. Met een BIP kunnen ook off-targets worden gedetecteerd, tegenwoordig onmisbaar in het geneesmiddelenonderzoek. Toegang tot een BIP zou de lopende onderzoeksprojecten een belangrijke ondersteuning bieden en de impact van de bevindingen vergroten. Aangezien het meten van biomoleculaire interacties sterk afhangt van de methodologie, is het aangeraden om steeds te meten met verschillende technieken en vervolgens te optimaliseren met de meeste geschikte techniek. Daarom vraagt het consortium een BIP aan, bestaande uit verschillende complementaire toestellen die elk biomoleculaire interacties meten op basis van verschillende fysische principes. Het reeds aanwezige Isothermale Titratie Calorimetrie toestel zal worden uitgebreid met 2 complementaire state-of-the-art technieken: MicroScale Thermophoresis en Grating-Coupled waveguide Interferometrie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: De Meester Ingrid
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: De Wael Karolien
• Co-promotor: Dewilde Sylvia
• Co-promotor: De Winter Hans
• Co-promotor: Kooy Frank
• Co-promotor: Lambeir Anne-Marie
• Co-promotor: Maudsley Stuart
• Co-promotor: Van Der Veken Pieter
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

• Medische biochemie

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het doel van dit project is om huidige RSV vaccins te verbeteren, dit via modificaties van de glycanen van het RSV F eiwit die toelaten om de capaciteit van het RSV F eiwit om neutraliserende antistoffen te induceren te verbeteren. Deze aanpak is toepasbaar voor verschillende types vaccins zoals DNA vaccines, levend geattenueerde vaccins, vector vaccins… Naast efficaciteit is ook het evalueren van de veiligheid, met nadruk op vaccingeïnduceerde ziekte en mucus inductie, een belangrijk aspect.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Een interdisciplinaire studie waarbij we de rol van HLA genen en T-cel diversiteit als risicofactoren voor herpes zoster bestuderen. Chickenpox is a consequence of primary infection of varicella-zoster virus (VZV). Afterwards, VZV remains latent in neural ganglia until symptomatic reactivation called herpes zoster (HZ, shingles). In this project, we will first develop a novel computational framework that will allow us to estimate the probability that a pathogen-derived antigen is adequately recognised by the major histocompatibility complexes (MHC) encoded by HLA genes. Antigen bounding by MHC molecules is a necessary step prior to recognition (and further management) of infected cells. Next, we will obtain HLA data from 150 HZ patients and 150 matched controls. This will allow us to estimate whether and which HLA A/B/C genes are enriched or depleted in HZ patients. Our computational framework will allow us to estimate which VZV proteins are most likely of importance in controlling VZV. We will assess whether the HLA data is readily translated into the diversity of the T-cell receptor (TCR) against VZV, and against which of the most important VZV proteins. Finally, we will differentiate blood-derived inducible pluripotent stem cells (iPSC) into neuronal cells, infect these neuronal cells with VZV and study whether depletion of VZV-specific T-cells affects VZV proliferation, thereby confirming our earlier obtained HLA-TCR predictions.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Mortier Geert
• Co-promotor: Ogunjimi Benson
• Co-promotor: Van Tendeloo Vigor

Onderzoeksgroep(en)

• ADReM Data Lab (ADReM)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Behandeling van tuberculosis wordt bemoeilijkt door de aanpassingen van de pathogeen Mycobacterium tuberculosis die toelaten om te overleven en te groeien in de gastheer macrofaag. Een beter inzicht in de gastheer-pathogeen interactie en ook de ontwikkeling van nieuwe behandelingsmogelijkheden zijn dus essentieel. Een veelbelovende strategie is de receptor-gemediëerde afgifte van therapeutica via de endocytische Sialoadhesine receptor aanwezig op het oppervlak van fagocyten.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Caljon Guy
• Co-promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Cappoen Davie

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Voor vele virussen bestaan reeds werkzame vaccins en antivirale middelen. Maar voor welbepaalde virussen zijn de bestaande vaccins of antivirale middelen voor verbetering vatbaar (beperkte bescherming, resistentie) of zijn er nog geen middelen voorhanden om de ziekte te voorkomen of te behandelen. Om hier verandering in te brengen is er nood aan fundamenteel onderzoek dat nieuwe inzichten brengt in cruciale pathogenetische aspecten

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het aantal nieuwe gevallen van multidrugresistente stammen stijgt de laatste jaren onrustwekkend snel en dit vormt een ernstig gevaar voor de effectieve preventie en behandeling van een toenemend aantal infecties. Volgens het Amerikaanse 'Center for Disease Control and Prevention' zijn er twee kernstrategieën voor de aanpak van de opkomende multidrugresistentie: (i) de ontdekking van nieuwe antimicrobiële moleculen die als alternatieve behandeling van infectie kunnen dienen en (ii) preventie van het aantal infecties door ontwikkeling van vaccins tegen de multidrugresistente stammen. Voor de ontwikkeling van nieuwe vaccins tegen deze infectieziekten zijn echter nieuwe vaccinadjuvantia nodig. Deze vaccinadjuvantia of immuunversterkers zijn van groot belang om de kwaliteit en duur van de immuunrespons te versterken, maar het veelgebruikte adjuvans in de huidige systemische vaccins, alum, is niet bruikbaar voor de ontwikkeling van vaccins waarbij de stimulatie van cellulaire immuunresponsen en specifieke antigeenpresenterende cellen (APCs) essentieel is. Heel wat studies tonen aan dat bepaalde probiotica en hun oppervlaktemoleculen zowel antipathogene effecten als gunstige effecten op het immuunsysteem kunnen uitoefenen, maar het onderzoek naar de exacte werkingsmechanismen is ontoereikend. In dit project zal onderzocht worden of de dominante celoppervlakmolecule, het exopolysaccharide (EPS), een rol speelt in het antipathogene en immunomodulerende karakter van specifieke lactobacillen. Hiertoe heeft het project uit vier belangrijke doelstellingen: het bestuderen van de antipathogene activiteit van EPS (i), de immunomodulatorische activiteit van EPS (ii) en de moleculaire interactie van EPS met Toll-like receptoren en C-type lectines (iii) in kaart brengen en de EPS met het meeste potentieel in vivo valideren (iv).

Onderzoeker(s)

• Promotor: Lebeer Sarah
• Co-promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Allonsius Camille

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het respiratoir syncytieel virus (RSV) is bij jonge kinderen de belangrijkste en bij volwassen de tweede belangrijkste oorzaak, na influenza, van ernstige lage luchtweg infecties. Er zijn momenteel geen vaccins, noch antivirale middelen beschikbaar om ernstige RSV infecties te controleren. Er werd aangetoond dat het RSV F eiwit een belangrijk doelwit is voor therapie en prophylaxie. F eiwit-specifieke antistoffen, zoals Palivizumab, zijn beschikbaar. Deze zijn echter niet 100% effectief aangezien RSV-gerelateerde hospitalisaties maar tot 55% gereduceerd worden. Bovendien vermoedt men dat vaccins in ontwikkeling mogelijks onvoldoende zullen beschermen, aangezien zelfs na natuurlijke infectie en inductie van F-neutraliserende antistoffen frequent herinfecties voorkomen. Aangezien herinfecties voorkomen zonder antigene wijzigingen zoals drift of shift (influenza), moet RSV over een ander mechanisme(n) beschikken om te ontsnappen aan specifieke immuniteit. De huidige kennis van de functionaliteit van het RSV F eiwit is echter onvoldoende om inzicht te hebben in de mechanismen die betrokken zijn bij deze immuno-evasie. Er is dan ook een ernstig risico dat zowel monoklonale antistoffen als vaccins die momenteel in ontwikkeling zijn onvoldoende werkzaam zullen zijn. Recent hebben wij met onze onderzoeksgroep aangetoond dat na binding van RSV-specifieke antistoffen met het F eiwit dat tot expressie komt op het oppervlak van geïnfecteerde cellen, internalisatie plaatsvindt van RSV F eiwit-antistof complexen. Als gevolg hiervan zullen geïnfecteerde cellen vermoedelijk onvoldoende kunnen worden herkend en worden uitgeschakeld door de anstistof-afhankelijke immuniteit. Bovendien zal dit waarschijnlijk ook interfereren met immunogeniciteit van het F eiwit en inductie van een sterke immuunrespons. Deze bevinding kan resulteren in volledig nieuwe inzichten (1) in RSV pathogenese en het frequent voorkomen van herinfecties en (2) voor de ontwikkeling van nieuwe RSV vaccins en antistoffen. De doelstelling van dit project is dan ook om dit proces in detail te ontrafelen, zowel in vitro als in vivo. Meer specifiek zullen we (A) het internalisatieproces en de gevolgen ervan voor immuno-evasie karakteriseren, (B) de F eiwit aminozuren betrokken bij het proces identificeren en mutante F eiwitten ontwikkelen die niet kunnen internaliseren, (C) recombinante virussen maken met deze mutante F eiwitten en (D) deze recombinante virussen in een in vivo muismodel evalueren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Maes Louis
• Mandaathouder: Van der Gucht Winke

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht toegekend door de Universiteit Antwerpen. De promotor levert de Universiteit Antwerpen de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd door de universiteit.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Augustyns Koen
• Co-promotor: Apers Sandra
• Co-promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: De Meester Ingrid
• Co-promotor: De Winter Hans
• Co-promotor: D'Haese Patrick
• Co-promotor: Hermans Nina
• Co-promotor: Kiekens Filip
• Co-promotor: Lambeir Anne-Marie
• Co-promotor: Maes Louis
• Co-promotor: Pieters Luc
• Co-promotor: Van Der Veken Pieter
• Mandaathouder: Joossens Jurgen
• Mandaathouder: Pauwels Maxim
• Mandaathouder: Verhoeven Kristien

Onderzoeksgroep(en)

• Medicinale chemie (UAMC)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

RSV is wereldwijd verantwoordelijk voor luchtweginfecties, die bij pasgeborenen en ouderen kunnen leiden tot ernstige bronchiolitis, soms met fatale afloop. Daarnaast bestaat er een duidelijke link tussen een ernstige RSV bronchiolitis en chronische ademhalingsproblemen. De pathologie is het gevolg van zowel cytopathologische effecten als de immuno-modulatie die gepaard gaat met een RSV-infectie. Aangezien immuuncellen hierbij een belangrijk rol spelen willen we de interactie van RSV hiermee bepalen en trachten te moduleren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Heykers Annick

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Tijdens de zoektocht naar nieuwe adjuvantia op basis van liganden van receptoren van het aangeboren immuunsysteem is gebleken dat de gewenste immunostimulatie vaak gepaard gaat met toxiciteit. Deze liganden, ook wel 'microbe-associated molecular patterns' of MAMPs genoemd, komen ook voor op het oppervlak van lactobacillen met een 'generally recognized as safe'-status. Verschillende studies hebben al aangetoond dat bepaalde lactobacillen en hun oppervlaktemoleculen specifieke effecten op het immuunsysteem van de gastheer uitoefenen. Het potentieel van lactobacillen en hun MAMPs zoals exopolysacchariden (EPSs) en glycoproteïnen als veilige en effectieve vaccinadjuvantia moet nog verder onderzocht worden. Hiertoe bestaat het project uit drie belangrijke doelstellingen: eerst zullen de moleculaire interacties tussen de EPSs en glycoproteïnen van probiotische stammen met receptoren zoals Toll-like receptoren en C-lectine receptoren in kaart gebracht worden, daarna zal de in vitro immuunrespons van deze moleculen in immunologisch belangrijke cellen bestudeerd worden. Tenslotte zal hun potentieel als vaccinadjuvans gevalideerd worden in een muismodel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Lebeer Sarah
• Co-promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Allonsius Camille

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds de Herculesstichting. UA levert aan de Herculesstichting de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Maes Louis
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: De Meyer Guido
• Co-promotor: Dewilde Sylvia
• Co-promotor: Kumar-Singh Samir
• Co-promotor: Lambeir Anne-Marie
• Co-promotor: Lebeer Sarah
• Co-promotor: Leroy Jo
• Co-promotor: Van Cruchten Steven
• Co-promotor: Wenseleers Wim

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

RSV is de belangrijkste oorzaak van bronchiolitis bij jonge kinderen, welke de meest voorkomende oorzaak is van hospitaal opnames tijdens de kindertijd. Bij oudere kinderen en volwassenen is RSV geassocieerd met opstoten van asthma en COPD. Na infectie van gecilieerde epitheliale cellen in de longen, worden de symptomen van bronchiolitis veroorzaakt door een combinatie van virale cytotoxiciteit en een overdreven immuunrespons.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Mandaathouder: Leemans Annelies

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De doelstelling van dit project is om nieuwe mechanismen te identificeren voor modulatie van macrofagen tijdens activatie van het immuunsysteem en tijdens infectie met pathogenen met behulp van sialoadhesine.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: Cos Paul
• Mandaathouder: De Schryver Marjorie

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds DNDI. UA levert aan DNDI de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Maes Louis
• Co-promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Voor de meeste infectieziekten is de nood voor geneesmiddelen nog steeds hoog, enerzijds omdat geen vaccins ter beschikking zijn en anderzijds omdat resistentie belangrijker wordt, wat de nood aan nieuwe geneesmiddelen steeds scherper stelt. LMPH heeft een actief programma voor de identificatie van nieuwe synthetische of natuurproducten tegen de tropische protozoaire ziekten leishmaniasis, slaapziekte, Chagas ziekte en malaria. Gevalideerde in vitro en in vivo testmodellen werden hiervoor op punt gesteld. Het consortium "Drugs for Neglected Diseases Initiative (DNDi)" heeft toegang tot bibliotheken van stoffen welke nog nooit werden getest op de vermelde ziekten. In dit project hebben beide partners hun expertise en know-how samengebracht om een beter en meer productief 'drug discovery" platform te realiseren.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Maes Louis
• Co-promotor: Cos Paul
• Co-promotor: Delputte Peter

Onderzoeksgroep(en)

• Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Project type(s)

• Onderzoeksproject