Onderzoeksgroep
Expertise
Mijn onderzoeksactiviteiten vallen onder spectroscopie en medicinale chemie. Deze eerste omvatten spectroscopische metingen en computationele analyse van infrarood, Raman, UV-vis absorptie en hun chirale varianten vibrationeel circulair dichroïsme, Raman optische activiteit en elektronisch circulair dichroïsme. De belangrijkste toepassing waarin ik werk is conformationele analyse van kleine moleculen, absolute configuratiebepaling en analyse van macromoleculaire structuren. Binnen de medicinale chemie draait mijn expertise rond het implementeren van farmacofore scores/representaties als basis voor een generatief model (ML gebaseerd), gericht op hit-to-lead of lead optimalisatie.
Het ontrafelen van de driedimensionale structuur van antimicrobiële peptiden met behulp van optische activiteit spectroscopie.
Abstract
De toename van antimicrobiële resistentie kan leiden tot internationale onrust doordat het de wereldwijde maatschappij en economie in de toekomst bedreigt door een gebrek aan nieuwe antibiotica. Daarop gaan pharmaceutische bedrijven op zoek naar nieuwe antibiotica dat de bedreiging van antibiotica-resistente bacteriën neutraliseert. Tegenwoordig zoekt men naar een oplossing binnen de veelbelovende klasse van natuurlijke antimicorbiële peptiden (AMPs). Om de natuurlijke AMPs uit te buiten voor het ontwikkelen van nieuwe resistentie-vrije antibiotica voor mensen moet zijn activiteit gerelateerd worden aan zijn werkingsmechanisme. Voor de studie van de driedimensionale structuur van de AMPs in oplossing -wat cruciale informatie verschaft betreffende het werkingsmechanisme- gebruiken chemisten typisch kernspinresonantiespectrsocopie (NMR). Echter, indien NMR gebruikt wordt in combinatie met andere optische spectroscopische technieken, dan wordt er nog een gedetailleerder beeld gevormd van de molecule. Dit is van essentieel belang voor geneesmiddelontwikkeling op een rationele manier. Dit onderzoeksproject combineert Raman optische activiteit, vibrationeel circulair dichroisme en elektronisch circulair dichroisme met NMR resultaten vanuit de litartuur om AMPs te bestuderen. De AMPs vancomycine, ramoplanin en daptomycine zullen structureel volledig ontrafelt worden, zowel individueel in oplossing als interagerend met zijn biologisch doelwit in de bacteriële cel. De belangrijkste focus ligt daarbij op de relatie tussen spectrale observaties met de driedimensionale aspecten van de component. Dit zal ten slotte de ontwikkeling van een methodologie toelaten dat toepasbaar is op een brede waaier van AMPs die interessant zijn in de farmaceutische wereld.Onderzoeker(s)
- Promotor: Johannessen Christian
- Mandaathouder: Aerts Roy
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)
- Onderzoeksproject