Onderzoek Wim Cuypers

Onderzoeksgroep

• ADReM Data Lab (ADReM)

Expertise

Dr. Wim Cuypers is een postdoctoraal onderzoeker bij het Adrem Data Lab aan de Universiteit Antwerpen. Met een sterke achtergrond in microbiële genomica, transcriptoomanalyse en algemene bio-informatica richt zijn onderzoek zich op het gebruik van geavanceerde technieken om infectieziekten te begrijpen en te bestrijden. Binnen de afdeling van het Adrem Data Lab onder leiding van prof. Kris Laukens, ligt de voornaamste focus van Dr. Cuypers op het benutten van de revolutionaire mogelijkheden van nanopore sequencing technologie voor het monitoren van pathogenen. Na het veiligstellen van een competitieve FWO-SB onderzoeksbeurs, heeft Wim uitgebreid onderzoek gedaan naar microbiële genomica, antimicrobiële resistentie en genexpressie voor zijn promotieonderzoek vanaf 2018. Enkele belangrijke bijdragen die hij tijdens zijn doctoraaat heeft geleverd, zijn onder andere een review artikel over fluoroquinolonresistentie bij Salmonella dat meer dan 100 keer is geciteerd sinds publicatie in Microbial Genomics, en een groot collaboratief project over Salmonella Concord dat is gepubliceerd in Nature Communications. In 2023 heeft hij zijn proefschrift verdedigd getiteld: "Genomische adaptatie van Salmonella aan antimicrobiële middelen en de menselijke gastheer". Naast zijn computationele expertise, beheerst Wim ook verschillende laboratoriumtechnieken, waaronder het kweken van bacteriën, het uitvoeren van DNA-extracties en het uitvoeren van sequencing library preps. Deze praktische kennis stelt hem in staat om naadloos experimenten in het laboratorium te integreren met computationele analyses, waardoor een holistische en allesomvattende onderzoeksbenadering mogelijk is. Dankzij een sterke band met het Instituut voor Tropische Geneeskunde in Antwerpen, waar hij een deel van zijn doctoraal onderzoek heeft uitgevoerd, heeft Wim een solide partnerschap opgebouwd die zijn academische streven aanzienlijk verrijkt. Zijn diverse achtergrond en wetenschappelijk netwerk stellen hem in staat om actief samen te werken met interdisciplinaire teams en een omgeving te bevorderen die bevorderlijk is voor inclusief onderzoek. Gedreven door een passie voor effectieve communicatie, kan hij complexe wetenschappelijke concepten uitleggen aan zowel technische als niet-technische doelgroepen. Als een ware evangelist voor het vakgebied bio-informatica en computationele biologie bekleedt Wim de functie van vicevoorzitter in het uitvoerend team van de International Society for Computational Biology (ISCB) Student Council. Hij speelt een cruciale rol bij het bevorderen van connecties en het bouwen van bruggen binnen een divers wereldwijd netwerk van meer dan 2000 masterstudenten, doctorandi en jonge onderzoekers die zich diepgaand inzetten voor het verleggen van de grenzen van de computationele biologie. Gedreven door een sterk gevoel van maatschappelijke verantwoordelijkheid en door zijn actieve betrokkenheid bij de ISCB Student Council en zijn huidige onderzoekspositie, is Wim toegewijd aan het bieden van gelijke toegang tot sequencing capaciteit en hoogwaardige bio-informatica-training, met name voor die personen in laag- en middeninkomenslanden die beperkte kansen hebben in dit vakgebied.