Onderzoek Xaveer Van Ostade

Abstract

De incidentie van Dengue neemt wereldwijd toe, evenals de ernst van de ziekte. In 2022 werd Cuba getroffen door een van de grootste en moeilijkste Dengue-uitbraken van de afgelopen jaren, waarbij een aanzienlijk deel van de bevolking besmet raakte en vele patienten levensbedreigende complicaties vertoonden. In een eerder VLIR-SI-project hebben we een vragenlijst opgesteld en gevalideerd om te na te gaan hoe gewoonten, levensstijlen en omgevingsfactoren de klinische evolutie van virusziekten bij de Cubaanse bevolking beïnvloeden. De toepassing van deze lijst op Cubaanse patiënten met Dengue en COVID-19 stelde ons in staat een significant verband te leggen tussen slechte voedings-/levensstijlgewoonten en de ontwikkeling van een ernstige ziekte, waardoor het bewijs werd geleverd dat voeding een invloed kan hebben op de uitkomst van Dengue in Cuba. Met deze informatie in gedachten wensen we gebruik te maken van een vroeger klinisch onderzoek waaruit bleek dat een ontstekingsremmend/antioxidant Cubaans kruidengeneesmiddel, gewonnen uit Curcuma longa, een beschermend effect heeft op de uitkomst van COVID-19. We wensen daarom het vorige VLIR-SI-project voort te zetten door moleculaire proteomische en epigenetische veranderingen in Dengue-gastheerbloedcellen te identificeren die voortvloeien uit het gebruik van het Curcuma longa-extract bij Dengue-geïnfecteerde en niet-geïnfecteerde individuen, en zo bij te dragen tot het gebruik en de toepassing van alternatieve geneeskunde in Cuba. Om dit te bereiken zal de onderzoeks- en onderwijscapaciteit van twee Cubaanse medisch-wetenschappelijke centra worden versterkt door hen kennis en praktische vaardigheden te bieden voor state-of-the-art (OMICs) technologieën die onmisbaar zijn voor bovengenoemde studie. Hiervoor zullen in België verschillende trainingen worden georganiseerd voor onderzoekers en studenten van het Instituut voor Tropische Geneeskunde Pedro Kouri (IPK), het Cubaanse Nationale Referentiecentrum voor Infectieziekten (Havana), en de Faculteit Medische Wetenschappen Ernesto Che Guevara de la Serna (Pinar del Rio). Daarnaast zullen er in Cuba verschillende seminaries en cursussen over OMICS-onderwerpen worden gegeven.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

• Celdood signalisatie (CDS)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Ondanks de aanwezigheid van een sterke expertise is de structurele biologie als discipline nog niet goed ingebed aan de Universiteit van Antwerpen. Hierdoor zijn onderzoekers van de UAntwerpen afhankelijk van samenwerkingen met externe partners, hetgeen hun productiviteit en competitiviteit in dit domein belemmert. Structurele biologie aan de UAntwerpen kan enkel volledig tot haar recht komen door te investeren in basisinfrastructuur die de bestaande expertise op voldoende wijze kan ondersteunen. In dit projectvoorstel worden fondsen aangevraagd voor de aankoop van de "Mosquito Xtal3", de huidige standaard wat betreft kristallisatierobotten en een onmisbaar werkpaard in elk structurele biologie laboratorium. De "Mosquito Xtal3" laat toe om op robuuste wijze en met hoge doorvoer biologische macromoleculen te kristalliseren, hetgeen een absolute basisvereiste is voor structuurbepaling door middel van macromoleculaire X-stralenkristallografie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: De Meester Ingrid
• Co-promotor: Cappoen Davie
• Co-promotor: De Winter Hans
• Co-promotor: Sterckx Yann
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

• Medische biochemie

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Arbovirussen zoals Dengue (DENV) en Zika (ZIKV) zijn een belangrijk probleem in tropische en subtropische landen zoals Cuba waar de arthropode vector Aedes wijdverspreid is. Tevens bestaat er ook interesse voor deze virussen vanuit andere gebieden (Europa, VS...) aangezien klimaatsverandering en globalisatie de verspreiding van het virus bevorderen. Opmerkelijk is dat mensen zeer verschillend responderen op deze virussen, gaande van afwezigheid van symptomen tot hemorragische koorts (DENV) en neonatale misvormingen en/of neurologische aandoeningen (ZIKV). Belgische en Cubaanse onderzoekers zullen in dit project samenwerken om studie populaties te identificeren, gebaseerd op verwachte verschillen in symptomen bij de Cubaanse bevolking. Deze populaties wonen in verschillende provincies en zijn blootgesteld aan verschillende diëten en natuurlijke (medische) producten of giftige stoffen. Tevens zullen factoren worden gezocht waarvan verwacht wordt dat ze de infectie-evolutie beïnvloeden. Cubaanse wetenschappers van het IPK (Havana) of UO (Santiago de Cuba) zullen state-of-the-art epigenetische en proteoomanalytische technieken aanleren in België en zullen deze kennis verder verspreiden in Cuba door het organiseren van cursussen en seminaries door henzelf of in samenwerking met de Belgische partners.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Fysische en functionele interacties tussen biomoleculen spelen een doorslaggevende rol in alle aspecten van de humane fysio- en pathologie. Een beter inzicht in deze biomoleculaire interacties zou ons begrip van ziekten zoals kanker, metabole en neurodegeneratieve aandoeningen verbreden. Aan de UAntwerpen, hebben 7 onderzoeksgroepen de handen in mekaar geslagen om een Biomoleculair Interactie Platform (BIP) te bekomen, cruciaal voor het meten van deze interacties. Met een BIP kunnen bindingsaffiniteiten nauwkeurig worden bepaald tussen elk type molecule, van ionen en kleine moleculen tot hoogmoleculair gewicht en multi-eiwit complexen. Met een BIP kunnen ook off-targets worden gedetecteerd, tegenwoordig onmisbaar in het geneesmiddelenonderzoek. Toegang tot een BIP zou de lopende onderzoeksprojecten een belangrijke ondersteuning bieden en de impact van de bevindingen vergroten. Aangezien het meten van biomoleculaire interacties sterk afhangt van de methodologie, is het aangeraden om steeds te meten met verschillende technieken en vervolgens te optimaliseren met de meeste geschikte techniek. Daarom vraagt het consortium een BIP aan, bestaande uit verschillende complementaire toestellen die elk biomoleculaire interacties meten op basis van verschillende fysische principes. Het reeds aanwezige Isothermale Titratie Calorimetrie toestel zal worden uitgebreid met 2 complementaire state-of-the-art technieken: MicroScale Thermophoresis en Grating-Coupled waveguide Interferometrie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: De Meester Ingrid
• Co-promotor: Delputte Peter
• Co-promotor: De Wael Karolien
• Co-promotor: Dewilde Sylvia
• Co-promotor: De Winter Hans
• Co-promotor: Kooy Frank
• Co-promotor: Lambeir Anne-Marie
• Co-promotor: Maudsley Stuart
• Co-promotor: Van Der Veken Pieter
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

• Medische biochemie

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Baarmoederhalskanker blijft wereldwijd een groot probleem, in België sterven jaarlijks meer dan 200 vrouwen aan deze ziekte. Bijna alle gevallen van baarmoederhalskanker worden veroorzaakt door een infectie met hoog risico (hr) soorten van het humaan papillomavirus (HPV). Traditionele screeningsprogramma's op basis van cervicale uitstrijkjes (pap-uitstrijkjes) die abnormale cellen detecteren, hebben te maken met tal van beperkingen, wat de noodzaak van alternatieve screeningsbenaderingen benadrukt. Detectie van hrHPV-DNA in plaats van abnormale cervicale cellen is gevoeliger gebleken voor het detecteren van gevallen van baarmoederhalskanker, maar het mist klinische specificiteit, d.w.z. het vermogen om alleen die vrouwen te detecteren die follow-up of onmiddellijke verwijzing voor colposcopie vereisen. Daarom is de belangrijkste doelstelling van deze studie het analyseren van kandidaat-biomarkers voor de diagnose van cervicale (pre) kanker en ziektemonitoring in thuis-verzamelde first-void (FV) urinemonsters, gevolgd door translatie van de aanwezigheid van (1) hrHPV-DNA en (2) deze biomarkers in een nieuw screeningsalgoritme voor baarmoederhalskanker. Hiertoe zullen we twee klinische proefstudies uitvoeren, waarbij vrouwen (= 30 jaar) met een abnormale papuitstrijking gevraagd zullen worden om een ​​FV-ochtendurinemonster te verstrekken. In de eerste studie willen we nauwkeurige biomarkers identificeren voor respectievelijk laag- en hooggradige squameuze intra-epitheliale laesies. In een tweede onderzoek zullen in de loop van de tijd meerdere monsters worden verzameld (longitudinale monsterverzameling) om biomarkers te identificeren die pro- of regressie van HPV-infectie / precancereuze laesies kunnen voorspellen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Damme Pierre
• Co-promotor: Tjalma Wiebren
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Van Keer Severien

Onderzoeksgroep(en)

• Centrum voor Evaluatie van Vaccinaties (CEV)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project wordt een `matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight' (MALDI-TOF) massaspectrometer aangevraagd, die uitgerust is voor massaspectrometrie gebaseerde beeldvorming. Deze techniek is speciaal ontwikkeld voor de identificatie van biomoleculen waarbij de cytologische en histologische patronen bewaard blijven. Deze nieuwe techniek, afgekort MALDI-MSI, begeeft zich op het zeer interessante en productieve raakvlak tussen massaspectrometrie en beeldvormingstechnieken. Daardoor vormt dit project de brug tussen 3 CORE faciliteiten van Universiteit Antwerpen: Center for Proteomics, Bio-Imaging lab en de Biomedical Microscopic Imaging Core. Verschillende onderzoeksgroepen, die bij elkaar gebracht zijn door een gemeenschappelijke interesse in onderzoek naar de moleculaire schade die wordt veroorzaakt door afwijkende verouderingsprocessen, zullen door het gebruik van MALDI-MSI een ganse reeks van moleculen kunnen identificeren rechstreeks op de weefselcoupes en dit gaande van kleine molecules (peptiden en metabolieten) tot grotere eiwitten. Dit is onmogelijk met andere gebruikte proteomics, metabolomics technieken en zelf meer geavanceerde beeldvormingstechnieken.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Maudsley Stuart
• Co-promotor: Baggerman Geert
• Co-promotor: Blust Ronny
• Co-promotor: Bogers John-Paul
• Co-promotor: Dewilde Sylvia
• Co-promotor: Husson Steven
• Co-promotor: Laukens Kris
• Co-promotor: Lemière Filip
• Co-promotor: Mertens Inge
• Co-promotor: Sobott Frank
• Co-promotor: Valkenborg Dirk
• Co-promotor: Van Der Linden Annemie
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De voordelen van urine als klinisch staal – niet invasief, via zelf-afname en thuis afname – zijn algemeen aanvaard. Daarentegen is het gebruik van (eerste fractie) urine als bron van biomerkers voor aandoeningen van het urinair-genitale stelsel nog zeer weinig onderzocht. Dit project zal het potentieel van (eerste fractie) urine als 'liquid biopsy' aantonen a.d.h.v. drie concrete toepassingen: diagnose van voorstadia van baarmoederhalskanker, voorspelling van evolutie van een HPV infectie en bepalen van de immuniteit tegen een HPV infectie.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Damme Pierre
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Baarmoederhalskanker blijft wereldwijd een groot probleem, in België sterven jaarlijks meer dan 200 vrouwen aan deze ziekte. Bijna alle gevallen van baarmoederhalskanker worden veroorzaakt door een infectie met hoogrisico (hr) soorten van het humaan papillomavirus (HPV). Traditionele screeningsprogramma's op basis van cervicale uitstrijkjes (pap-uitstrijkjes) die abnormale cellen detecteren, hebben te maken met tal van beperkingen, en dringen aan op de noodzaak van alternatieve screeningbenaderingen. Detectie van hrHPV-DNA in plaats van abnormale cervicale cellen is gevoeliger gebleken voor het detecteren van gevallen van baarmoederhalskanker, maar het mist klinische specificiteit, d.w.z. het vermogen om alleen die vrouwen te detecteren die follow-up of onmiddellijke verwijzing voor colposcopie vereisen. Daarom is de belangrijkste doelstelling van deze studie het analyseren van kandidaat-biomerkers voor de diagnose van cervicale (pre) kanker en ziektemonitoring in thuis-verzamelde first-void (FV) urinemonsters, gevolgd door translatie van de aanwezigheid van (1) hrHPV-DNA en (2) deze biomerkers in een nieuw screeningsalgoritme voor baarmoederhalskanker. Hiertoe zullen we twee klinische proefstudies uitvoeren, waarbij vrouwen (= 30 jaar) met een abnormale papuitstrijking gevraagd zullen worden om een ​​FV-ochtendurinemonster te verstrekken. In de eerste studie willen we nauwkeurige biomerkers identificeren voor respectievelijk laag- en hooggradige squameuze intra-epitheliale laesies. In een tweede onderzoek zullen in de loop van de tijd meerdere monsters worden verzameld (longitudinale monsterverzameling) om biomerkers te identificeren die pro- of regressie van HPV-infectie / precancereuze laesies kunnen voorspellen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Damme Pierre
• Co-promotor: Tjalma Wiebren
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Van Keer Severien

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project wordt het productieproces van mannosylerythritollipiden (MELs) door Pseudozyma aphidis bestudeerd, met een specifieke focus op de productie uit goedkope afval- en nevenstromen, en een ecologische opzuivering. Hierdoor wordt getracht om de multifunctionele, ecologische maar dure biosurfactanten economisch rendabel te maken. Om dit project te verwezelijken wordt gebruik gemaakt van genetische knock-out mutanten, affiniteitschromatografie en fermentatieve testen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Co-promotor: D'aes Jolien
• Mandaathouder: Verstraete Ruben

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds de Herculesstichting. UA levert aan de Herculesstichting de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Kooy Frank
• Co-promotor: Lardon Filip
• Co-promotor: Pauwels Patrick
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project beoogt om dieper in te gaan op de moleculaire mechanismen die betrokken zijn bij de inductie van mannosylerythritollipiden (MEL)-synthese, met een specifieke focus op de studie van de relatie van de morfologische wissel van P. aphidis met de productie van MELs. Om dit project te verwezelijken zal voornamelijk gebruik gemaakt worden van genetische knock-out constructen, differentiële proteoom analyse welke met RT-qPCR gevalideerd worden en fermentatieve testen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Co-promotor: D'aes Jolien
• Mandaathouder: Verstraete Ruben

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

De snelle ontwikkeling van multidrug resistentie (MDR) is een universeel probleem bij de behandeling van kanker. Er bestaan echter toenemende bewijzen dat epigenetische veranderingen mee aan de basis van MDR zouden liggen. Dit gegeven doet de interesse stijgen voor de onwikkeling van multifunctionele chemotherapeutica welke verschillende aangrijpingspunten hebben binnen deze epigenetische pathways en daardoor de MDR omkeren.. Withaferine A (WA), afkomstig van de plant Withania Somnifera is een dergelijke veelbelovende molecule die antitumorale, anti- angiogenese en antimetastase eigenschappen bezit. Echter, in vivo vertoont WA een systemische toxiciteit die momenteel de ontwikkeling tot een efficiënte anti – kanker drug tegenhoudt. Bekomen data die het intracellulaire effect van WA op het proteoom van MDR cellen in kaart brengen kunnen gebruikt worden om gerichtere antitumorale componenten te ontwikkelen. Daarom zullen verschillende aspecten van het proteoom na behandeling van de cellen met Withaferine A onderzocht worden: 1. Veranderende eiwit SUMOylatie, 2. Veranderende eiwit expressiepatronen en 3. Identificatie van eiwitten welke associëren met WA.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Dom Martin

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Cervixcarcinomen worden veroorzaakt door het humaan papillomavirus (vnl. door "high risk" HPV-types 16, 18, 31, 45 en 58) en vormen wereldwijd de tweede meest frequente kanker die voorkomt bij vrouwen. Screening (i.e. de zogenaamde "Papanicolaou smeer") is gebaseerd op het opsporen van morfologische celveranderingen maar wordt echter gekenmerkt door een lage sensitiviteit. Vandaar zal binnen dit doctoraatsproject getracht worden om aan de hand van cervicovaginaal vocht (CVV) biomerkers te identificeren, met behulp van proteoomanalytische technieken, die gebruikt kunnen worden voor het vroegtijdig opsporen van premaligne cervicale laesies. Wegens de complexe compositie van het CVV zullen de stalen (lavages of swabs) chromatografisch over verschillende dimensies gescheiden worden en met behulp van differentiële massaspectrometrie worden gekarakteriseerd.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Van Raemdonck Geert

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds Hercules Stichting. UA levert aan Hercules Stichting de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Sobott Frank
• Co-promotor: Guisez Yves
• Co-promotor: Lemière Filip
• Co-promotor: Maes Bert
• Co-promotor: Moens Luc
• Co-promotor: Tavernier Serge
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer
• Co-promotor: Van Schil Paul
• Co-promotor: Wijnants Marc
• Co-promotor: Witters Erwin

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Therapieresistente metastatische tumoren met een slechte overlevingsprognose worden dikwijls gekenmerkt door een sterk inflammatoir genexpressieprofiel, zuurstof- en voedselschaarste (hypoxie- en hypoglycemie). In dit project zal in macrofagen en diverse kankercelmodellen de invloed worden nagegaan van gecombineerde hypoxie en inflammatie, op NFkB-, Stat3- en HIF-signalisatiemechanismen die inwerken op epigenetische programmering door PML, Jmjd3, LSD1 en SIRT1 chromatine-geassocieerde eiwitten

Onderzoeker(s)

• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Cervixcarcinomen worden veroorzaakt door het humaan papillomavirus (vnl. door "high risk" HPV-types 16, 18, 31, 45 en 58) en vormen wereldwijd de tweede meest frequente kanker die voorkomt bij vrouwen. Screening (i.e. de zogenaamde "Papanicolaou smeer") is gebaseerd op het opsporen van morfologische celveranderingen maar wordt echter gekenmerkt door een lage sensitiviteit. Vandaar zal binnen dit doctoraatsproject getracht worden om aan de hand van cervicovaginaal vocht (CVV) biomerkers te identificeren, met behulp van proteoomanalytische technieken, die gebruikt kunnen worden voor het vroegtijdig opsporen van premaligne cervicale laesies. Wegens de complexe compositie van het CVV zullen de stalen (lavages of swabs) chromatografisch over verschillende dimensies gescheiden worden en met behulp van differentiële massaspectrometrie worden gekarakteriseerd.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Van Raemdonck Geert

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds IWT. UA levert aan IWT de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Dit project kadert in een onderzoeksopdracht toegekend door de Universiteit Antwerpen. De promotor levert de Universiteit Antwerpen de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd door de universiteit.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Guisez Yves
• Co-promotor: Lambeir Anne-Marie
• Co-promotor: Lemière Filip
• Co-promotor: Maes Bert
• Co-promotor: Maes Louis
• Co-promotor: Moens Luc
• Co-promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

• Geïntegreerd Moleculair Plantenfysiologisch Onderzoek (IMPRES)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project wensen we na te gaan welke mechanismen aan de grondslag liggen van in vivo HIV-resistentie, zoals deze voorkomt bij Exposed SeroNegatives (ESNs). Daarom zal het CD4+ T-cel proteoom van ESN individuen en controles vergeleken worden dmv. differentiële proteoomanalyse, met het oog op detectie van nieuwe HIV resistentieproteïnen. Tevens zullen de expressieniveau's van gekende HIV-resistentie eiwitten bij ESNs geanalyseerd worden dmv. Western blot analyse.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Mous Kim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project wensen we de mechanismen te bestuderen welke aan de grondslag liggen van in vivo HIV-resistentie zoals deze voorkomt bij Exposed SeroNegatives (ESNs). Vaginale lavages van ESNs zullen door differentiële proteoomanalyse onderzocht worden op antimicrobiële peptiden, of combinaties hiervan, die efficiënt zijn in het in vivo bestrijden van HIV infectie in de vagina. Tevens verschaft dit werk ons een map van de verschillende eiwitten en peptiden die aanwezig zijn in de vagina, waardoor de basis gelegd wordt voor onderzoek naar cervicovaginale biomerkers welke corresponderen met aandoeningen van de vrouwelijke genitale tractus.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Zegels Geert

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het is de bedoeling van dit project de samenstelling en dynamiek van Promyelocytic Leukemia protein-Nuclear Bodies (PML-NBs) te bestuderen gedurende VSV of HIV virusinfectie en dit dmv de Tandem Affinity Purification (TAP) methodologie. Daarenboven wensen we zelf een techniek voor de identificatie van partnereiwitten te ontwikkelen welke een aantal nadelen van de huidige technologieën omzeilt en die tevens toegepast kan worden op de PML-NBs.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Van Damme Ellen

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project wensen we na te gaan welke mechanismen aan de grondslag liggen van in vivo HIV-resistentie, zoals deze voorkomt bij Exposed SeroNegatives (ESNs). Daarom zal het CD4+ T-cel proteoom van ESN individuen en controles vergeleken worden dmv. differentiële proteoomanalyse, met het oog op detectie van nieuwe HIV resistentieproteïnen. Tevens zullen de expressieniveau's van gekende HIV-resistentie eiwitten bij ESNs geanalyseerd worden dmv. Western blot analyse.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Mous Kim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In dit project wensen we de mechanismen te bestuderen welke aan de grondslag liggen van in vivo HIV-resistentie zoals deze voorkomt bij Exposed SeroNegatives (ESNs). Vaginale lavages van ESNs zullen door differentiële proteoomanalyse onderzocht worden op antimicrobiële peptiden, of combinaties hiervan, die efficiënt zijn in het in vivo bestrijden van HIV infectie in de vagina. Tevens verschaft dit werk ons een map van de verschillende eiwitten en peptiden die aanwezig zijn in de vagina, waardoor de basis gelegd wordt voor onderzoek naar cervicovaginale biomerkers welke corresponderen met aandoeningen van de vrouwelijke genitale tractus.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Zegels Geert

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

ALGEMEEN DOEL VAN DE STUDIE Identificatie en karakterisatie van de biologische factoren die potentieel verband houden met de bescherming tegen HIV infectie in Afrikaanse ESN personen. SPECIFIEKE DOELSTELLINGEN I. Het bestuderen van de frequentie en de functie van HIV-specifieke T-cellen in ESN personen en controles; II. Het bestuderen van de variatie en de associatie van KIR/HLA genotypische combinaties met de ESN status; III. Het analyseren van intrinsieke anti-HIV factoren, en in het bijzonder van TRIM5alpha, TRIM19, en APOBEC3G/F, in CD4+ cellen van ESN personen en controles.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het is de bedoeling van dit project de samenstelling en dynamiek van Promyelocytic Leukemia protein-Nuclear Bodies (PML-NBs) te bestuderen gedurende VSV of HIV virusinfectie en dit dmv de Tandem Affinity Purification (TAP) methodologie. Daarenboven wensen we zelf een techniek voor de identificatie van partnereiwitten te ontwikkelen welke een aantal nadelen van de huidige technologieën omzeilt en die tevens toegepast kan worden op de PML-NBs.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Van Damme Ellen

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Het is de bedoeling van dit project om de samenstelling en dynamiek van TRIM5- en 19 lichaampjes te bestuderen gedurende virusinfectie en dit door middel van de Tandem Affinity Purification (TAP) methodologie. Tevens wensen we na te gaan in hoeverre modificaties op eiwitniveau van TRIM5- en TRIM19 zijn opgetreden bij ESN individuen.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Mous Kim

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Promyelocytic Nuclear Bodies (PML-NBs) zijn nucleaire multieiwitcomplexen welk een voorname rol spelen in de cellulaire antivirale afweer. In dit project wensen we de dynamiek van PML-NBs te onderzoeken gedurende virus infectie, uitgaande van de interferon-geïnduceerde PML-NB eiwitten PML, PA28 en ISG20. Daarvoor zal de 'Tandem Affinity Purification' (TAP) methode worden toegepast en zal een nieuwe strategie, gebaseerd op intracellulaire modificatie van partnereiwitten, worden uitgetest.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Dewilde Sylvia
• Promotor: Moens Luc
• Promotor: Vanden Berghe Wim
• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Promyelocytic Leukemia Nuclear Bodies zijn multi-eiwitcomplexen die gelocaliseerd zijn in de kern en een rol spelen in verschillende cellulaire processen waaronder celcyclus regulatie, transcriptie en apoptose. Er is een sterk vermoeden dat PML-NB eiwitten betrokken zijn in antivirale resistentie, oa. omdat virale infectie resulteert in herlokalisatie van PML-NB eiwitten. In deze studie wensen we de eiwit dynamiek te bestuderen binnen de PML-NBs door de eiwitcompositie te bepalen in niet-geïnfecteerde cellen, en deze te vergelijken met PML-NBs uit HIV-1 en VSV-geïnfecteerde cellen. Eiwit-eiwit interacties zullen bepaald worden door affiniteitszuivering van het PML-NB complex, scheiding van de verschillende componenten door 1D- of 2D-gelelectroforese en identificatie van differentiële banden/spots door massaspectrometrie. Binaire eiwit-eiwit interacties kunnen geconfirmeerd en verder onderzocht worden met de `yeast-two-hybrid' techniek.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer
• Mandaathouder: Willemoens Tineke

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

In deze studie wensen we het moleculaire mechanisme van interferon antivirale activiteit tegen verschillende virussen, in kaart te brengen door toepassing van twee complementaire benaderingen. Enerzijds zal dit gebeuren door een systematisch gebruik van twee-hybriede technieken waarbij op analytische wijze associatie tussen gekende interferon-geinduceerde eiwitten met virale eiwitten wordt nagegaan. Anderzijds zullen interferon-geïnduceerde of virale eiwitten voorzien worden van een `tag' zodat co-immunoprecipitatie van de eiwitmengsels met anti-tag antilichamen, gevolgd door één- of tweedimensionale scheiding en identificatie van de associërende eiwitten door massaspectrometrie, mogelijk wordt.

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject

Abstract

Onderzoeker(s)

• Promotor: Van Ostade Xaveer

Onderzoeksgroep(en)

Project type(s)

• Onderzoeksproject