Abstract
Ontwikkelings- en epileptische encefalopathieën (OEE's) zijn een heterogene groep neurologische ontwikkelingsstoornissen die worden gekenmerkt door ernstige aanvallen en ontwikkelingsachterstand, vaak met een genetische basis. Ondanks de vooruitgang in genetische testen blijft er een grote diagnostische kloof bestaan, waardoor advies en effectieve klinische behandeling niet mogelijk zijn. In onze groep hebben we trio long-read nanopore sequencing data gegenereerd in een cohort dat uiteindelijk 60 goed getypeerde OEE patiënten zal omvatten die momenteel geen moleculaire diagnose hebben. Hier voer ik een eerste trio analyse uit met behulp van native long-read nanopore sequencing en native methylatie analyse om imprinting defecten in OEE te onderzoeken. Daarnaast zal ik outlier methylatie analyse uitvoeren om potentiële verstoringen te identificeren die leiden tot OEE in ons cohort. Ten slotte stel ik de ontwikkeling voor van een nieuw multi-omics raamwerk om structurele varianten te detecteren, annoteren, filteren en prioriteren door het integreren van long-read sequencing, transcriptomics en methylomics. Dit raamwerk pakt de huidige beperkingen aan in de interpretatie van structurele varianten die vaak worden geclassificeerd als varianten van onbekende significantie (VOS). Door gebruik te maken van deze state-of-the-art verbeteringen, wil ik VOS geïdentificeerd in ons cohort herclassificeren en de diagnostische opbrengst voor OEE-patiënten verbeteren. Uiteindelijk zal mijn aanpak de diagnostische kloof bij OEE verkleinen en de weg vrijmaken voor meer gerichte therapieën.
Onderzoeker(s)
Onderzoeksgroep(en)
Project type(s)