​Het Ruusbroecgenootschap werd gesticht in 1925 door vier Jezuïeten met een achtergrond in de studie van de Nederlandse filologie: Desideer Stracke, Jozef Van Mierlo, Leonce Reypens en Jan-Baptist Poukens. Hun doel was het bestuderen van de geschiedenis van de spiritualiteit in de Nederlanden tot 1750. De stichters van het genootschap waren erg productief: ze stichtten een bibliotheek (1925) en publiceerden een tijdschrift (Ons Geestelijk Erf - 1927) en een reeks boeken (Studiën en Tekstuitgaven van Ons Geestelijk Erf).
Het Ruusbroecgenootschap bleef een onafhankelijk onderzoeksinstituut tot 1973. In dat jaar werd het opgenomen - zonder zijn identiteit te verliezen - in de eveneens door Jezuïeten gestichte Universitaire Faculteit Sint-Ignatius Antwerpen (UFSIA) en in 2003 in de huidige Universiteit Antwerpen. Het Ruusbroecgenootschap is geaffilieerd met de Faculteit Letteren en Wijsbegeerte en heeft binnen deze faculteit een semi-autonome positie.
Geschiedenis van het Ruusbroecgenootschap en zijn bibliotheek (1925-2000)
​In 2001 publiceerde bibliothecaris Frans Hendrickx een artikel over de geschiedenis van het Ruusbroecgenootschap en zijn bibliotheek in het tijdschrift Vlaanderen.
Meer informatie over de vroege jaren van het Ruusbroecgenootschap kan gevonden worden in:
- Christian de Borchgrave, Eerst Vlaanderen voor Christus: de pionierstijd van het Ruusbroecgenootschap. Averbode: Altiora, 2001.
Geschiedenis van het Ruusbroecgenootschap en zijn bibliotheek (2001-heden)
In het studiejaar 1998-1999, na een grote reorganisatie in de opleidingen aan de UFSIA, werd het Ruusbroecgenootschap de Vakgroep Religieuze Wetenschappen. Kort daarop gingen Paul Verdeyen S.J. en Paul Mommaers S.J. op emeritaat, respectievelijk in 2000 en 2001. Paul Verdeyen werd in de zomer van 2002 opgevolgd door germaniste Veerle Fraeters, reeds enkele jaren verbonden aan de vakgroep Nederlandse Letterkunde binnen de richting Germaanse Talen aan de UFSIA. De positie van Paul Mommaers werd uiteindelijk in de herfst van 2003 ingevuld door de aanstelling van twee deeltijds onderzoekers: kerkhistoricus Theo Clemens (0,7 fte) en neerlandicus en theoloog Rob Faesen S.J. (0,3 fte). Ondertussen werd het Ruusbroecgenootschap omgedoopt tot het Instituut voor de Geschiedenis van de Spiritualiteit in de Nederlanden tot ca. 1750 toen de drie Antwerpse universitaire instellingen (RUCA, UIA en UFSIA) fuseerden tot de Universiteit Antwerpen op 1 oktober 2003. Deze nieuwe structuur bracht een verruiming van het onderzoek naar spiritualiteit en tevens de zekerheid dat het onafhankelijke onderzoek van het Ruusbroecgenootschap, zoals dat was opgezet door zijn stichters, ongehinderd voortgezet kon worden. In de tijd dat de drie Antwerpse universitaire instellingen fuseerden, werd Thom Mertens directeur van het Ruusbroecgenootschap. Hij kreeg de moeilijke taak om het onderzoeksinstituut door het veranderende academische landschap te leiden.
Drie jaar na de fusie ging Guido de Baere S.J. met emeritaat, eind september 2006. Dit werd gevierd met de voltooiing van de kritische editie van Jan van Ruusbroecs Opera Omnia. Kees Schepers, gepromoveerd aan de Rijksuniversiteit Groningen en sinds 1990 als geassocieerd onderzoeker verbonden aan het Ruusbroecgenootschap, werd in 2007 aangenomen om de vrijgekomen positie te bekleden. In 2007 werd Frans Hendrickx, bibliothecaris van de bibliotheek van het Ruusbroecgenootschap sinds 1975, opgevolgd door historica Erna Van Looveren. Zij leidde de bibliotheek naar het lidmaatschap van de Vlaamse Erfgoedbibliotheek. Onder het directeurschap Theo Clemens en Thom Mertens betrad het onderzoeksinstituut het tweede decennium van de 21e eeuw. Na zijn emeritaat in 2012 werd Theo Clemens in 2012 tijdelijk opgevolgd door kerkhistoricus August den Hollander (tot september 2015).
2015, het jaar van de negentigste verjaardag van het Ruusbroecgenootschap, is het begin van een nieuwe periode in de geschiedenis van het onderzoeksinstituut. Met de verkiezing van Veerle Fraeters door de Instituutsraad kreeg het zijn eerste vrouwelijke directeur in zijn bestaan. Op hetzelfde moment markeerde de komst van Tine Van Osselaer, gespecialiseerd in religieuze geschiedenis, en haar onderzoeksteam een verandering in de missie van het Ruusbroecgenootschap. Door hun onderzoek naar 19e- en 20e-eeuwse stigmatici verschoof de einddatum van de periode die wordt bestudeerd aan het Ruusbroecgenootschap van 1750 tot aan de Tweede Wereldoorlog. Ter gelegenheid van zijn negentigste verjaardag organiseerde het Ruusbroecgenootschap bovendien vier interdisciplinaire colloquia: de zogenoemde Ruusbroec Encounters. Deze Encounters met onderzoekers van Joodse studies (IJS) en Islam studies (in samenwerking met UCSIA), boekhistorici (VWB) en onderzoekers die zich bezighouden met moderne Vlaamse literatuur (ISLN) bereikten een breed en veelzijdig publiek, en werden positief ontvangen.​
Tussen 2019 en 2022 was Pierre Delsaerdt directeur, vanaf 1 september 2022 werd hij opgevolgd door prof. dr. John Arblaster. Bij de pensionering van Erna Van Looveren werd Kara Verboven gekozen als nieuwe bibliothecaris.