Onderzoeksgroep
Expertise
Mijn onderzoeksactiviteiten zijn gericht op theoretische chemie, met een bijzondere focus op de combinatie van state-of-the-art theoretische chemiemethoden met machine learning, met als doel de moleculaire eigenschappen van grote biologische systemen te voorspellen op basis van reactiviteit. Ik heb brede expertise in het modelleren van grote biologische systemen met behulp van hybride, klassieke en kwantummethoden, evenals structurele chemische methoden. Tijdens mijn wetenschappelijke carrière heb ik veel programmeerervaring opgedaan en ik geniet van het coderen in het HPC-framework.
Conceptuele DFT een nieuwe tool voor virtuele screening.
Abstract
Computerchemische methoden hebben bewezen essentiële hulpmiddelen te zijn voor de ontwikkeling van geneesmiddelen. In dit onderzoeksvoorstel zijn we van plan om op DFT gebaseerde methoden te ontwikkelen in combinatie met ML, die de activiteit van geneesmiddelen op bindingsplaatsen van virale proteasen nauwkeurig kunnen voorspellen door gebruik te maken van reactiviteitsindexen. Het belangrijkste doel is om de limiet van virtuele screening naar voren te schuiven, door de introductie van DFT-reactiviteitsdescriptoren die mogelijke kandidaat-geneesmiddelen nauwkeuriger kunnen classificeren. Zo wordt het aantal valse positieven sterk verminderd. Daarom zullen we conceptuele DFT-methoden (d.w.z. reactiviteitsdescriptoren) gebruiken om een neuraal netwerk te trainen dat met hoge nauwkeurigheid de reactiviteit tussen een medicijn en een actieve site kan voorspellen. Dit zal eerst worden toegepast op drie klassen van protease (serine, aspartyl, cysteïne) eiwitten en later worden uitgebreid naar gemuteerde actieve plaatsen.Onderzoeker(s)
- Promotor: Cunha Ana
- Mandaathouder: Rostami Pour Kiana
Onderzoeksgroep(en)
- Theorie en Spectroscopie van Moleculen en Materialen (TSM²)
Project type(s)
- Onderzoeksproject